seq1 = pF1KE4162.tfa, 1821 bp
seq2 = pF1KE4162/gi568815578f_38648479.tfa (gi568815578f:38648479_38871813), 223335 bp

>pF1KE4162 1821
>gi568815578f:38648479_38871813 (Chr20)

1-375  (100001-100375)   100% ->
376-605  (101532-101761)   100% ->
606-775  (103653-103822)   100% ->
776-993  (106479-106696)   100% ->
994-1176  (107379-107561)   100% ->
1177-1293  (116924-117040)   100% ->
1294-1433  (117760-117899)   100% ->
1434-1566  (118986-119118)   100% ->
1567-1821  (123081-123335)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGAACGTGTTCCCGTTCCGCGACGCCCGTGCCGCACCGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGAACGTGTTCCCGTTCCGCGACGCCCGTGCCGCACCGGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGCTGGAGGCCGGCCCGGTGGCACACGGGCCACTGCCGGTACCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGCTGGAGGCCGGCCCGGTGGCACACGGGCCACTGCCGGTACCGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGACAACGGGTCGTTCCAAGTCCGCGCTGGCTGGGCGTGTCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGACAACGGGTCGTTCCAAGTCCGCGCTGGCTGGGCGTGTCCCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGACCCAGGTCCCGAGCCGCGCCTGCAGTTCCGCGCGGTGTGCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGACCCAGGTCCCGAGCCGCGCCTGCAGTTCCGCGCGGTGTGCGCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGTCGTGGCGGGGCACGGGGCGCGTCGGGCCCGCAGGTGGGGAACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGTCGTGGCGGGGCACGGGGCGCGTCGGGCCCGCAGGTGGGGAACGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGCAGCCTGGAGCCACTGCGCTGGATGCTGCGCTCGCCCTTCGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGCAGCCTGGAGCCACTGCGCTGGATGCTGCGCTCGCCCTTCGACCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACGTGCCGGTCAACCTGGAGCTTCAGGAGTTGCTGCTGGACTACAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACGTGCCGGTCAACCTGGAGCTTCAGGAGTTGCTGCTGGACTACAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGCACCTGGGTGTCTCCTCACAG         GGCTGTGTTGATCATC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100351 CCAGCACCTGGGTGTCTCCTCACAGGTG...TAGGGCTGTGTTGATCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCATAGTTTTGACAGAAGCTGTGTGCAACCCACTGTATTCACGGCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 CCATAGTTTTGACAGAAGCTGTGTGCAACCCACTGTATTCACGGCAAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGTCTGAGCTTCTTTTTGAGTGCTACGGGATTCCCAAGGTTGCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101598 ATGTCTGAGCTTCTTTTTGAGTGCTACGGGATTCCCAAGGTTGCCTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AATAGACAGCCTCTTCAGCTTCTACCACAATAAGCCAAAGAACTCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101648 AATAGACAGCCTCTTCAGCTTCTACCACAATAAGCCAAAGAACTCGATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCAGTGGGCTAATCATTTCATCTGGATACCAGTGTACGCATGTTTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101698 GCAGTGGGCTAATCATTTCATCTGGATACCAGTGTACGCATGTTTTACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCTTAGAAGGGAG         ATTAGATGCTAAAAACTGCAAGCGCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101748 ATCTTAGAAGGGAGGTG...TAGATTAGATGCTAAAAACTGCAAGCGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAATCTTGGAGGAAGCCAAGCAGCTGGTTACCTCCAGCGTCTCCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103680 CAATCTTGGAGGAAGCCAAGCAGCTGGTTACCTCCAGCGTCTCCTCCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGAAGTACCCTGGGCACCTGGCAGCCATCACCCTCAGCCGCATGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103730 TGAAGTACCCTGGGCACCTGGCAGCCATCACCCTCAGCCGCATGGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATTCTGCATGAGCACAGCTACATCGCTGAGGATTATGTGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103780 ATTCTGCATGAGCACAGCTACATCGCTGAGGATTATGTGGAAGGTA...A

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776   AATTACACAAATGGCGGTGTCCTGATTATTATGAGAATAATGTCCACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106477 AGAATTACACAAATGGCGGTGTCCTGATTATTATGAGAATAATGTCCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGATGCAGCTCCCATTTTCCAGCAAGCTCCTGGGCAGCACTCTGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106527 AGATGCAGCTCCCATTTTCCAGCAAGCTCCTGGGCAGCACTCTGACCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGGAGAAACAAGAAAGGCGGCAGCAGCAATTGCGGCGGCTGCAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106577 GAGGAGAAACAAGAAAGGCGGCAGCAGCAATTGCGGCGGCTGCAGGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAATGCCCGGCGGCGGGAGGAGAAGCTGCAGCTGGATCAGGAGCGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106627 CAATGCCCGGCGGCGGGAGGAGAAGCTGCAGCTGGATCAGGAGCGTCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACCGACTGCTATATGTGCAG         GAACTTCTAGAGGATGGCCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106677 ACCGACTGCTATATGTGCAGGTA...CAGGAACTTCTAGAGGATGGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATGGATCAGTTTCACAAAGCTCTGATAGAGCTGAATATGGACTCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107400 ATGGATCAGTTTCACAAAGCTCTGATAGAGCTGAATATGGACTCCCCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGAGCTGCAGTCCTACATCCAGAAGCTCAGTATAGCAGTGGAGCAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107450 AGAGCTGCAGTCCTACATCCAGAAGCTCAGTATAGCAGTGGAGCAGGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGCAGAAAATCCTCCAAGCGGAAGTCAACCTCGAGGTGGATGTGGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107500 AGCAGAAAATCCTCCAAGCGGAAGTCAACCTCGAGGTGGATGTGGTAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AGCAAGCCAGAG         ACCCCTGACCTGGAGCAGCTGGAGCCGTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107550 AGCAAGCCAGAGGTA...TAGACCCCTGACCTGGAGCAGCTGGAGCCGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TTTGGAAGATGTGGAAAGCATGAATGATTTTGATCCCTTGTTTTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116953 TTTGGAAGATGTGGAAAGCATGAATGATTTTGATCCCTTGTTTTCAGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AAACACCTGGAGTGGAGAAGCCGGTCACCACTGTTCAG         CCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117003 AAACACCTGGAGTGGAGAAGCCGGTCACCACTGTTCAGGTT...AAGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GTGTTTAACTTGGCAGCATATCATCAGCTATTTGTTGGGACAGAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117763 GTGTTTAACTTGGCAGCATATCATCAGCTATTTGTTGGGACAGAAAGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TCGAGCTCCAGAGATTATTTTCCAGCCATCTCTCATAGGAGAAGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117813 TCGAGCTCCAGAGATTATTTTCCAGCCATCTCTCATAGGAGAAGAACAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CTGGGATTGCAGAGACTCTTCAGTACATTCTGGACAG         GTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117863 CTGGGATTGCAGAGACTCTTCAGTACATTCTGGACAGGTG...TAGGTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCAAAGGACATTCAGGAAATGCTGGTTCAGAACGTTTTCCTCACTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118990 CCAAAGGACATTCAGGAAATGCTGGTTCAGAACGTTTTCCTCACTGGCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CAACACGATGTATCCTGGCATGAAAGCCAGAATGGAGAAGGAACTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119040 CAACACGATGTATCCTGGCATGAAAGCCAGAATGGAGAAGGAACTGTTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AGATGAGACCCTTCCGGTCTTCTTTTCAG         GTTCAACTTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119090 AGATGAGACCCTTCCGGTCTTCTTTTCAGGTA...CAGGTTCAACTTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TCGAACCCTGTGCTGGATGCCTGGTACGGTGCTCGTGACTGGGCCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123093 TCGAACCCTGTGCTGGATGCCTGGTACGGTGCTCGTGACTGGGCCTTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CCACCTAGATGATAATGAAGTTTGGATCACCAGGAAAGAGTATGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123143 CCACCTAGATGATAATGAAGTTTGGATCACCAGGAAAGAGTATGAAGAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGGGAGGAGAGTACCTCAAGGAGCACTGTGCTTCCAACATCTATGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123193 AGGGAGGAGAGTACCTCAAGGAGCACTGTGCTTCCAACATCTATGTCCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 ATCCGCCTGCCGAAGCAGGCCTCCCGCTCCTCAGATGCCCAGGCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123243 ATCCGCCTGCCGAAGCAGGCCTCCCGCTCCTCAGATGCCCAGGCATCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CAAGGGCTCCGCTGCTGGTGGAGGTGGTGCTGGTGAGCAGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123293 CAAGGGCTCCGCTGCTGGTGGAGGTGGTGCTGGTGAGCAGGCA