seq1 = pF1KE4159.tfa, 1800 bp
seq2 = pF1KE4159/gi568815595f_183550357.tfa (gi568815595f:183550357_183779283), 228927 bp

>pF1KE4159 1800
>gi568815595f:183550357_183779283 (Chr3)

1-920  (100001-100920)   100% ->
921-1105  (113102-113286)   100% ->
1106-1224  (114565-114683)   100% ->
1225-1413  (120678-120866)   100% ->
1414-1602  (121940-122128)   100% ->
1603-1800  (128730-128927)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTACTAATATTGGGACGCAGACTAAACAGAGAGGATCTTGGGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTACTAATATTGGGACGCAGACTAAACAGAGAGGATCTTGGGGTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATTCCCCAGCAACTAAGCGAAAAGTTTTTGAAATGGACCCCAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATTCCCCAGCAACTAAGCGAAAAGTTTTTGAAATGGACCCCAAATCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACAGGTCATGAGTTTTTTGACTTCTCTTCAGGATCATCCCATGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGACAGGTCATGAGTTTTTTGACTTCTCTTCAGGATCATCCCATGCCGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACATACTCCAGATATTTAATGAATTTCGTGATAGCCGCTTATTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACATACTCCAGATATTTAATGAATTTCGTGATAGCCGCTTATTCACAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTTATCATTTGTGTGGAAGGAAAAGAATTTCCTTGCCATAGAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTTATCATTTGTGTGGAAGGAAAAGAATTTCCTTGCCATAGAGCTGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCAGCCTGTAGCAGCTACTTCAGAGCTATGTTTTGTAATGACCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTCAGCCTGTAGCAGCTACTTCAGAGCTATGTTTTGTAATGACCACAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAAGCCGAGAAATGTTGGTTGAGATCAATGGTATTTTAGCTGAAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAAGCCGAGAAATGTTGGTTGAGATCAATGGTATTTTAGCTGAAGCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAATGTTTTTTGCAGTATGTTTATACTGGAAAGGTGAAGATCACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAATGTTTTTTGCAGTATGTTTATACTGGAAAGGTGAAGATCACTACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAATGTACAGTATCTCTTTGAGACATCAAGCCTCTTTCAGATTAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAATGTACAGTATCTCTTTGAGACATCAAGCCTCTTTCAGATTAGTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCCGTGATGCATGTGCCAAGTTCTTGGAGGAGCAACTTGATCCTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCCGTGATGCATGTGCCAAGTTCTTGGAGGAGCAACTTGATCCTTGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTGCTTAGGAATCCAGCGCTTTGCTGATACCCATTCACTCAAAACACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTGCTTAGGAATCCAGCGCTTTGCTGATACCCATTCACTCAAAACACTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCACAAAATGCAAAAATTTTGCGTTACAGACTTTTGAGGATGTATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCACAAAATGCAAAAATTTTGCGTTACAGACTTTTGAGGATGTATCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACGAAGAATTTCTTGAGCTTGACAAAGATGAACTTATTGATTATATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACGAAGAATTTCTTGAGCTTGACAAAGATGAACTTATTGATTATATTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TAGTGATGAACTTGTTATTGGTAAAGAGGAGATGGTTTTTGAAGCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TAGTGATGAACTTGTTATTGGTAAAGAGGAGATGGTTTTTGAAGCCGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCGTTGGGTCTATCGTGCCGTTGATCTGAGAAGACCACTGTTACACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCGTTGGGTCTATCGTGCCGTTGATCTGAGAAGACCACTGTTACACGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCCTGACACATGTGAGACTCCCTCTGTTGCATCCCAACTACTTTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCCTGACACATGTGAGACTCCCTCTGTTGCATCCCAACTACTTTGTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AACAGTTGAAGTGGACCAATTGATCCAGAATTCTCCTGAGTGTTATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AACAGTTGAAGTGGACCAATTGATCCAGAATTCTCCTGAGTGTTATCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTTGCATGAAGCAAGACGGTACCACATACTTGGGAATGAAATGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTTGCATGAAGCAAGACGGTACCACATACTTGGGAATGAAATGATGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCAAGGACTAGGCCACGCAG         GTCCACTGGCTATTCTGAGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100901 CCAAGGACTAGGCCACGCAGGTG...TAGGTCCACTGGCTATTCTGAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GATAGTTGTCGTTGGAGGATGTGAGCGAGTTGGAGGATTTAATCTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113123 GATAGTTGTCGTTGGAGGATGTGAGCGAGTTGGAGGATTTAATCTTCCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACACTGAGTGCTACGATCCTGTAACAGGAGAATGGAAGTCTTTGGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113173 ACACTGAGTGCTACGATCCTGTAACAGGAGAATGGAAGTCTTTGGCTAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTTCCAGAATTTACCAAATCAGAGTATGCAGTCTGTGCTCTAAGGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113223 CTTCCAGAATTTACCAAATCAGAGTATGCAGTCTGTGCTCTAAGGAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CATTCTTGTTTCAG         GTGGAAGAATCAACAGCCGTGATGTCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113273 CATTCTTGTTTCAGGTA...AAGGTGGAAGAATCAACAGCCGTGATGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GGATTTATAACTCACAGTTAAATATTTGGATCAGAGTTGCCTCTCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114592 GGATTTATAACTCACAGTTAAATATTTGGATCAGAGTTGCCTCTCTCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAAGGCAGATGGCGTCACAAAATGGCTGTCCTCCTTGGTAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114642 AAAGGCAGATGGCGTCACAAAATGGCTGTCCTCCTTGGTAAAGTA...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225  GTATATGTTGTCGGTGGCTATGATGGGCAAAACAGACTTAGCAGCGTAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120677 GGTATATGTTGTCGGTGGCTATGATGGGCAAAACAGACTTAGCAGCGTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AATGTTATGATTCCTTTTCAAATCGATGGACTGAAGTTGCTCCCCTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120727 AATGTTATGATTCCTTTTCAAATCGATGGACTGAAGTTGCTCCCCTTAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAAGCCGTGAGTTCTCCTGCAGTGACTAGCTGTGTAGGCAAACTGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120777 GAAGCCGTGAGTTCTCCTGCAGTGACTAGCTGTGTAGGCAAACTGTTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GATTGGTGGAGGACCTGATGATAATACTTGTTCTGATAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120827 GATTGGTGGAGGACCTGATGATAATACTTGTTCTGATAAGGTA...TAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTCAATCTTATGATCCAGAAACCAATTCTTGGCTACTTCGTGCAGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121941 TTCAATCTTATGATCCAGAAACCAATTCTTGGCTACTTCGTGCAGCTATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCAATTGCCAAAAGGTGTATAACAGCTGTATCCCTAAACAACCTGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121991 CCAATTGCCAAAAGGTGTATAACAGCTGTATCCCTAAACAACCTGATCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TGTTGCCGGTGGACTGACCAAGGCAATATACTGTTACGATCCAGTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122041 TGTTGCCGGTGGACTGACCAAGGCAATATACTGTTACGATCCAGTTGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 ATTACTGGATGCACGTACAGAATACATTCAGCCGTCAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122091 ATTACTGGATGCACGTACAGAATACATTCAGCCGTCAGGTA...CAGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 AACTGTGGTATGTCTGTGTGTAATGGTAAAATATATATCCTGGGCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128733 AACTGTGGTATGTCTGTGTGTAATGGTAAAATATATATCCTGGGCGGAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 ACGGGAAAATGGAGAAGCCACAGACACTATTCTCTGTTATGATCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128783 ACGGGAAAATGGAGAAGCCACAGACACTATTCTCTGTTATGATCCTGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CAAGTATCATCACAGGGGTAGCTGCAATGCCAAGGCCAGTGTCCTATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 128833 CAAGTATCATCACAGGGGTAGCTGCAATGCCCAGGCCAGTGTCCTATCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1756 GGCTGTGTGACTATTCATAGATACAATGAGAAATGCTTTAAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128883 GGCTGTGTGACTATTCATAGATACAATGAGAAATGCTTTAAACTC