seq1 = pF1KE4153.tfa, 1764 bp
seq2 = pF1KE4153/gi568815591f_123514503.tfa (gi568815591f:123514503_123736978), 222476 bp

>pF1KE4153 1764
>gi568815591f:123514503_123736978 (Chr7)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-160  (101719-101771)   100% ->
161-292  (101862-101993)   99% ->
293-451  (103077-103235)   100% ->
452-697  (110067-110312)   100% ->
698-869  (112608-112779)   100% ->
870-1440  (114362-114932)   99% ->
1441-1594  (115464-115617)   100% ->
1595-1764  (122307-122476)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATACTAATGATGACCCTGATGAAGACCATCTTACAAGTTATGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATACTAATGATGACCCTGATGAAGACCATCTTACAAGTTATGATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGCTAAGTATTCAAGAATCCATTGAAGCCAGCAAGACTGCACTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGCTAAGTATTCAAGAATCCATTGAAGCCAGCAAGACTGCACTTTGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAAAG         ATTTGTACCCCTAAGTGCTCAAAACAGAAAACTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGAAAGGTA...TAGATTTGTACCCCTAAGTGCTCAAAACAGAAAACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAGGCCATAAAACAAG         GTCACATTCTTGAGCTCCAGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||| ||||||||||||
 101753 GTGGAGGCCATAAAACAAGGTA...TAGGTCACATTCCTGAGCTCCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTATGTAAAATATAAATATGCAATGGATGAAGCTGATGAAAAAGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101884 GTATGTAAAATATAAATATGCAATGGATGAAGCTGATGAAAAAGGATGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCATTGCATGAAGCTGTTGTTCAACCCATTCAACAAATACTTGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101934 TTCCATTGCATGAAGCTGTTGTTCAACCCATTCAACAAATACTTGAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTCTGGATG         CATCCTATAAGACACTCTGGGAATTCAAGAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101984 GTTCTGGATGGTA...CAGCATCCTATAAGACACTCTGGGAATTCAAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGTGATGGAGAAACACCCTTGACTTTGGCAGTCAAAGCTGGTCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103108 CTGTGATGGAGAAACACCCTTGACTTTGGCAGTCAAAGCTGGTCTGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAATGTAAGAACTTTATTAGAAAAGGGAGTGTGGCCCAACACAAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103158 AAAATGTAAGAACTTTATTAGAAAAGGGAGTGTGGCCCAACACAAAAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATAAAGGAGAGACCCCCCTTCTGATTG         CTGTGAAAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103208 GATAAAGGAGAGACCCCCCTTCTGATTGGTA...AAGCTGTGAAAAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCTATGACATGGTGTCGACTCTGATCAAACATAACACTAGCCTAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110080 CTCCTATGACATGGTGTCGACTCTGATCAAACATAACACTAGCCTAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCCCTGTGTCAAGCGATGGTCAGCAATGCATGAAGCAGCCAAGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110130 AGCCCTGTGTCAAGCGATGGTCAGCAATGCATGAAGCAGCCAAGCAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGAAAAGATATCGTAGCTCTGCTGCTGAAACATGGAGGCAATGTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110180 CGAAAAGATATCGTAGCTCTGCTGCTGAAACATGGAGGCAATGTCCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGAGATGGATTTGGAGTCACACCACTAGGCGTCGCTGCCGAGTATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110230 GAGAGATGGATTTGGAGTCACACCACTAGGCGTCGCTGCCGAGTATGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTGTGACGTGTTAGAACATCTAATCCACAAAG         GTGGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110280 ACTGTGACGTGTTAGAACATCTAATCCACAAAGGTA...CAGGTGGTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCTTGCTTTGGCGGATGATGGGGCGTCGGTGCTGTTTGAGGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112616 GTGCTTGCTTTGGCGGATGATGGGGCGTCGGTGCTGTTTGAGGCAGCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGGTGGCAATCCCGACTGCATTTCCCTCCTGCTGGAATATGGAGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112666 AGGTGGCAATCCCGACTGCATTTCCCTCCTGCTGGAATATGGAGGAAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GAAATGTACCTAACCGAGCAGGACATCTTCCTATACACCGAGCTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112716 GAAATGTACCTAACCGAGCAGGACATCTTCCTATACACCGAGCTGCCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGGGGCATTATCT         TGCACTGAAATATCTTATCCCAGTAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112766 GAGGGGCATTATCTGTG...TAGTGCACTGAAATATCTTATCCCAGTAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATCTAAAAATGCAATTCGGAAAAGTGGGCTAACACCAATTCACTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114389 ATCTAAAAATGCAATTCGGAAAAGTGGGCTAACACCAATTCACTCAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGATGGACAAAATGCACAGTGTCTAGAACTGCTCATTGAAAATGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114439 CAGATGGACAAAATGCACAGTGTCTAGAACTGCTCATTGAAAATGGTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATGTCAACACTCTACTTGCTGACCACATTTCCCAGAGCTATGACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114489 GATGTCAACACTCTACTTGCTGACCACATTTCCCAGAGCTATGACGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAGGAAGACTGCGCTGTATTTTGCCGTTTCTAATAATGACGTTCATTGCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 114539 GAGGAAGACTGCGCTGTATTTTGGCGTTTCTAATAATGACGTTCATTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAGAAGTCCTTCTGGCTGCAGGTGCAGACCCAAACTTAGATCCCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114589 CAGAAGTCCTTCTGGCTGCAGGTGCAGACCCAAACTTAGATCCCCTCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TGTCTACTTGTTGCAGTGAGGGCCAATAATTATGAAATTGTCAGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114639 TGTCTACTTGTTGCAGTGAGGGCCAATAATTATGAAATTGTCAGGCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTCTCCCATGGAGCTAATGTCAATTGTTATTTTATGCATGTGAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114689 TCTCTCCCATGGAGCTAATGTCAATTGTTATTTTATGCATGTGAATGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTCGTTTCCCCAGTGTCATTCAATATGCTCTAAACGACGAGGTAATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114739 CTCGTTTCCCCAGTGTCATTCAATATGCTCTAAACGACGAGGTAATGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGGCTATTGCTGAATAATGGCTATCAAGTGGAGATGTGCTTTGACTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114789 AGGCTATTGCTGAATAATGGCTATCAAGTGGAGATGTGCTTTGACTGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GCATGGTGACATCTTTGGAAATTCATTTGTGTGGTCAGAGATACAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114839 GCATGGTGACATCTTTGGAAATTCATTTGTGTGGTCAGAGATACAGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGGTGCTGCCAGGATGGACATCTTGTGTAATAAAAGATAACCCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114889 AGGTGCTGCCAGGATGGACATCTTGTGTAATAAAAGATAACCCGGTG...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1441    TTCTGTGAGTTTATTACAGTTCCTTGGATGAAGCACTTGGTAGGCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115461 CAGTTCTGTGAGTTTATTACAGTTCCTTGGATGAAGCACTTGGTAGGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AGTTACTCGTGTACTAATAGATTACATGGATTATGTTCCTCTGTGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115511 AGTTACTCGTGTACTAATAGATTACATGGATTATGTTCCTCTGTGTGCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AACTGAAGTCTGCACTAGAAGTACAGAGAGAATGGCCAGAAATCCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115561 AACTGAAGTCTGCACTAGAAGTACAGAGAGAATGGCCAGAAATCCGCCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 ATACTAG         AGAATCCTTGTTCATTGAAGCATTTGTGTCGGTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115611 ATACTAGGTA...TAGAGAATCCTTGTTCATTGAAGCATTTGTGTCGGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AAAAATTCGAAGGCTTATGGGTCTCCAGAAACTCTGCCAGCCAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122341 AAAAATTCGAAGGCTTATGGGTCTCCAGAAACTCTGCCAGCCAGCCTCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TGGAGAAGCTTCCTCTACCACCAGCTATTCAAAGATACATATTATTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122391 TGGAGAAGCTTCCTCTACCACCAGCTATTCAAAGATACATATTATTTAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1729 GAGTATGATCTCTATGGACAAGAGCTAAAATTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122441 GAGTATGATCTCTATGGACAAGAGCTAAAATTGACA