seq1 = pF1KE4152.tfa, 1761 bp
seq2 = pF1KE4152/gi568815595r_57176553.tfa (gi568815595r:57176553_57392033), 215481 bp

>pF1KE4152 1761
>gi568815595r:57176553_57392033 (Chr3)

(complement)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-183  (102911-102970)   96% ->
184-310  (103753-103879)   100% ->
311-469  (103975-104133)   100% ->
470-715  (108595-108840)   100% ->
716-887  (111561-111732)   100% ->
888-1431  (113114-113657)   100% ->
1432-1585  (114114-114267)   100% ->
1586-1761  (115306-115481)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAATTACACCAGCGATGAAGACATAGATGAAGACTTTGACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAATTACACCAGCGATGAAGACATAGATGAAGACTTTGACACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCATCATTCAACAGAGTTTGCAGGATATTTATAAGCCAGGAACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCATCATTCAACAGAGTTTGCAGGATATTTATAAGCCAGGAACAGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACATGCACCTAAGGATGAGAG         TTTGCATTCCTTTTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 AACATGCACCTAAGGATGAGAGGTA...CAGTTTGCATTCCTTTTTGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGACTATAAGAAGATAGTTGAAACAATAGAGAAAGGTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||->>>...>>
 102930 GCTGACTATAAGAAGATAGTTGAAACAATAGAGAAAGTTAA GTA...AA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  GAAGATGCATTGTCACACTTAACCAAGTACCATTCCGCATTTGGTGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103752 GGAAGATGCATTGTCACACTTAACCAAGTACCATTCCGCATTTGGTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGATGAGATAGGCTGGATTCCTCTGCATAAGGCTGCAGTGCAATTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103802 CAGATGAGATAGGCTGGATTCCTCTGCATAAGGCTGCAGTGCAATTAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGAAAATTTTGGAAATAACCCTAAGCG         CTTCAGACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103852 AGGAAAATTTTGGAAATAACCCTAAGCGGTA...CAGCTTCAGACCCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGTGGGAGCAAACCACTCACAATGGTGAAACGCCACTTTTTTTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103988 TCTGTGGGAGCAAACCACTCACAATGGTGAAACGCCACTTTTTTTGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAGCAGTTGCCTCTTAGAAAATGCCACTTTTCTTCTTCTCAATGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104038 TCAGCAGTTGCCTCTTAGAAAATGCCACTTTTCTTCTTCTCAATGGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATCCAAATGCTAAGAATTTCGAAGGCAATTCTCCTCTTCTTGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104088 AATCCAAATGCTAAGAATTTCGAAGGCAATTCTCCTCTTCTTGCAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470      CTGTGCTGCGTGACTGCTATGACATGGCTGCCTTGCTGATCAACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104138 ..CAGCTGTGCTGCGTGACTGCTATGACATGGCTGCCTTGCTGATCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGAGCAGATGTCAATCTGCGTTGTGCCAACGAGAGGACAGCTCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108640 ATGGAGCAGATGTCAATCTGCGTTGTGCCAACGAGAGGACAGCTCTCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGCAGCCAAACTGGGCAGAGAGGACATGGTGAAGCTTATGCTGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108690 GAAGCAGCCAAACTGGGCAGAGAGGACATGGTGAAGCTTATGCTGGTTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGGGCACACCCTGACCCACAGAGCACGTATGGATTCACTCCTCTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108740 TGGGGCACACCCTGACCCACAGAGCACGTATGGATTCACTCCTCTTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGCTGCCCAAAGTGGACACACTGAAATCATGGAAATGTTACTGCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108790 TTGCTGCCCAAAGTGGACACACTGAAATCATGGAAATGTTACTGCGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         GAGCTAATGCTCATGGTCAGGCCTCTGATTCTTCTTCCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108840 GGCA...TAGGAGCTAATGCTCATGGTCAGGCCTCTGATTCTTCTTCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTACTTGAAGCCGCAAGTGGAGGAAATCCAGATGCTGTGGCTCTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111601 CTTACTTGAAGCCGCAAGTGGAGGAAATCCAGATGCTGTGGCTCTCTTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGAGTATGGAGCTGATGCCAACATCCCTAAGAATTCAGGCCACCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111651 TGGAGTATGGAGCTGATGCCAACATCCCTAAGAATTCAGGCCACCTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCCATGTGGCAGCTGACAGGGGCCACTTACT         AGCTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111701 ATCCATGTGGCAGCTGACAGGGGCCACTTACTGTT...CAGAGCTCTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATACTGATTCCAGTTACGGATCTTGCTGCCATTAAGCAGAGTGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113123 GATACTGATTCCAGTTACGGATCTTGCTGCCATTAAGCAGAGTGGGATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTCCAGTTCACTGTGCAGCAGCAGGAGCACATCCTCAGTGCCTGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113173 GTCCAGTTCACTGTGCAGCAGCAGGAGCACATCCTCAGTGCCTGGAACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCATCCAGGCTGGATTTGATGTGAACTTCATGCTGGATCAGAGAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113223 CTCATCCAGGCTGGATTTGATGTGAACTTCATGCTGGATCAGAGAATTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAAACACTACGATGACCACAGGAAGTCAGCTTTGTATTTTGCTGTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113273 CAAACACTACGATGACCACAGGAAGTCAGCTTTGTATTTTGCTGTATCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAGTGACCTCTCTTCAGTCAAGCTGCTTCTGAGTGCTGGAGCTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113323 ACAGTGACCTCTCTTCAGTCAAGCTGCTTCTGAGTGCTGGAGCTCTGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AATCAAGACCCGGTTAACTGCCTCCAGATAGCCCTCAGGATGGGCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113373 AATCAAGACCCGGTTAACTGCCTCCAGATAGCCCTCAGGATGGGCAACTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGAGCTGATCAGTCTGCTGCTAAGGCATGGGGCCAATGTCAATTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113423 TGAGCTGATCAGTCTGCTGCTAAGGCATGGGGCCAATGTCAATTACTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GCAGAGTTAACCCTTTACATTTCCCATCAGCACTGCAATACACTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113473 GCAGAGTTAACCCTTTACATTTCCCATCAGCACTGCAATACACTCTGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GATGAAGTCATGCTCAGGATGCTGCTGAACTATGGGTATGACACAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113523 GATGAAGTCATGCTCAGGATGCTGCTGAACTATGGGTATGACACAGAGCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ATGTTTTGATTGCCCACATGGAGACAAAGTCCATCCTTCCTATACTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113573 ATGTTTTGATTGCCCACATGGAGACAAAGTCCATCCTTCCTATACTGTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AAGGCTGGACATCTACAGTTATCAAAGATACTAAG         TTCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113623 AAGGCTGGACATCTACAGTTATCAAAGATACTAAGGTA...CAGTTCTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GAAGTAATAACTTTGTCATGGCTGCAACATCTCTCTGGAAAGGTTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114120 GAAGTAATAACTTTGTCATGGCTGCAACATCTCTCTGGAAAGGTTGTTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AGTGATGCTTGATTATGTTGATCAAGTTCGGATCTGTTCAAAGTTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114170 AGTGATGCTTGATTATGTTGATCAAGTTCGGATCTGTTCAAAGTTGAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CTGTGCTCCAAAAACAGGGGATCTGGTCAGAAATACATTTTATCTTAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114220 CTGTGCTCCAAAAACAGGGGATCTGGTCAGAAATACATTTTATCTTAAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1586        CAAACCCTCGCTCCCTAAAACATTTGTGCCGCCTAAAGATCCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114270 A...TAGCAAACCCTCGCTCCCTAAAACATTTGTGCCGCCTAAAGATCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GAAATGCATGGGACGGTTACATTTGCGCTGCCCTGTCTTCATGTCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115349 GAAATGCATGGGACGGTTACATTTGCGCTGCCCTGTCTTCATGTCATTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TTCCATTACCCAATCGTCTAAAAGCATATGTCCTTTACAAAGAATACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115399 TTCCATTACCCAATCGTCTAAAAGCATATGTCCTTTACAAAGAATACGAC

   1800     .    :    .    :    .    :
   1729 CTTTATGGACAAGGAATTTTTACAGGAACCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 115449 CTTTATGGACAAGGAATTTTTACAGGAACCTGG