seq1 = pF1KE4148.tfa, 1749 bp
seq2 = pF1KE4148/gi568815597f_178676765.tfa (gi568815597f:178676765_179006869), 330105 bp

>pF1KE4148 1749
>gi568815597f:178676765_179006869 (Chr1)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-162  (107654-107758)   100% ->
163-213  (108793-108843)   100% ->
214-297  (131281-131364)   100% ->
298-387  (134551-134640)   100% ->
388-480  (144848-144940)   100% ->
481-607  (156660-156786)   100% ->
608-745  (200734-200871)   100% ->
746-836  (202138-202228)   100% ->
837-904  (206702-206769)   100% ->
905-1040  (208312-208447)   100% ->
1041-1192  (209205-209356)   100% ->
1193-1247  (212878-212932)   100% ->
1248-1325  (215466-215543)   100% ->
1326-1431  (217155-217260)   100% ->
1432-1524  (220900-220992)   100% ->
1525-1630  (225342-225447)   100% ->
1631-1722  (230012-230103)   100% ->
1723-1749  (239566-239592)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTCAATATTGCAGCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCTAATGAACGGGCAGGCAAGCAGTGTCAATATTGCAGCTACTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTGAG         AAAAGTAGCAGCTCTGAATCCTTAAGTGACAAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGAGGTA...CAGAAAAGTAGCAGCTCTGAATCCTTAAGTGACAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTCTGAATTGAAGAAAAGCTTTGATGCTGTGGTATTCGATGTTCTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107688 GCTCTGAATTGAAGAAAAGCTTTGATGCTGTGGTATTCGATGTTCTTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTACACCAGAAGAATATGCG         GGTCAGATAACATTAATGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107738 GTTACACCAGAAGAATATGCGGTA...CAGGGTCAGATAACATTAATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTTCCAGTATTTAAAGCTATTCAACCAGAT         GAGCTTTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108813 TGTTCCAGTATTTAAAGCTATTCAACCAGATGTA...CAGGAGCTTTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATATAGTTCTGCACCAAATGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131291 GTTGTGGATGGAATAAAAAAGAAAAATATAGTTCTGCACCAAATGCAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCTTCACAAGAAGATTCAATCAT         GTAAGCTTTTGGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 131341 GCCTTCACAAGAAGATTCAATCATGTG...CAGGTAAGCTTTTGGGTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TAGAGAGATTCTTCATGCTCAAACATTAAAAATTAGAGCAGAAGTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134568 TAGAGAGATTCTTCATGCTCAAACATTAAAAATTAGAGCAGAAGTTTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCCACTATATTAAAACTGCTAAG         AAACTGTATGAGCTGAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 134618 GCCACTATATTAAAACTGCTAAGGTA...CAGAAACTGTATGAGCTGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AACCTTCATGCACTTATGGCAGTGGTTTCTGGCCTACAGAGTGCCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144866 AACCTTCATGCACTTATGGCAGTGGTTTCTGGCCTACAGAGTGCCCCAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTTCAGGTTGACTAAAACATGGGCG         TTATTAAGTCGAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 144916 TTTCAGGTTGACTAAAACATGGGCGGTG...TAGTTATTAAGTCGAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACAAAACTACCTTTGAAAAATTAGAATATGTAATGAGTAAAGAAGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156676 ACAAAACTACCTTTGAAAAATTAGAATATGTAATGAGTAAAGAAGATAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TACAAAAGACTCAGAGACTATATAAGTAGCTTAAAGATGACACCTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156726 TACAAAAGACTCAGAGACTATATAAGTAGCTTAAAGATGACACCTTGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCCCTATTTAG         GTATCTATTTGTCAGATTTAACATACATCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 156776 TCCCTATTTAGGTG...CAGGTATCTATTTGTCAGATTTAACATACATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATTCAGCATACCCATCAACTGGCAGCATTCTAGAAAATGAGCAAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200764 ATTCAGCATACCCATCAACTGGCAGCATTCTAGAAAATGAGCAAAGATCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AATTTAATGAATAATATCCTTCGAATAATTTCTGATTTACAGCAGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200814 AATTTAATGAATAATATCCTTCGAATAATTTCTGATTTACAGCAGTCTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAATATG         ATATTCCCATGTTGCCTCATGTCCAAAAATATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 200864 TGAATATGGTA...TAGATATTCCCATGTTGCCTCATGTCCAAAAATATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCAACTCTGTTCAGTATATAGAAGAACTACAAAAATTTGTGGAAGACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202171 TCAACTCTGTTCAGTATATAGAAGAACTACAAAAATTTGTGGAAGACGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AATTACAA         GCTTTCATTAAAGATAGAACCAGGGACAAGCAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 202221 AATTACAAGTA...CAGGCTTTCATTAAAGATAGAACCAGGGACAAGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCCACGTTCTGCTGCTTCCAGAGAAGATTTAGTAG         GTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 206735 CCCACGTTCTGCTGCTTCCAGAGAAGATTTAGTAGGTC...TAGGTCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AAGTAGGAGCGTCTCCACAGAGTGGACGAAAAAGTGTGGCAGCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208318 AAGTAGGAGCGTCTCCACAGAGTGGACGAAAAAGTGTGGCAGCTGAAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCCTTGCTCCCACAGACACCGCCATCCCCTCGGAATCTGATTCCACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208368 GCCTTGCTCCCACAGACACCGCCATCCCCTCGGAATCTGATTCCACATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ACATAGGAAGTGCCATAGTTTGGGTTATAA         TTTCATTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 208418 ACATAGGAAGTGCCATAGTTTGGGTTATAAGTC...TAGTTTCATTCATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AAATGAACACAGCAGAATTTAAGAGTGCAACGTTTCCAAATGCAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209216 AAATGAACACAGCAGAATTTAAGAGTGCAACGTTTCCAAATGCAGGACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AGACATCTGTTAGATGATAGCGTCATGGAGCCCCATGCGCCATCTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209266 AGACATCTGTTAGATGATAGCGTCATGGAGCCCCATGCGCCATCTCGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCAAGCTGAAAGTTCTACTCTTTCTAGTGGAATATCAATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 209316 CCAAGCTGAAAGTTCTACTCTTTCTAGTGGAATATCAATAGGTG...TAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GTAGCAGCGATGGTTCTGAACTAAGTGAAGAGACCTCATGGCCTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212878 GTAGCAGCGATGGTTCTGAACTAAGTGAAGAGACCTCATGGCCTGCTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAAAG         GAACAGATTATACCATTCTCTCGGCCCGGTGACAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212928 GAAAGGTA...CAGGAACAGATTATACCATTCTCTCGGCCCGGTGACAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGTGGCACGAAATGGCTATCGAAGTCACATGAAGGCCAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 215502 AGTGGCACGAAATGGCTATCGAAGTCACATGAAGGCCAGCAGGTA...TA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1326  TTCTGCAGAATCAGAAGATTTGGCAGTACATTTATATCCAGGAGCTGTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217154 GTTCTGCAGAATCAGAAGATTTGGCAGTACATTTATATCCAGGAGCTGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 ACTATTCAAGGTGTTCTCAGGAGAAAAACTTTGTTAAAAGAAGGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217204 ACTATTCAAGGTGTTCTCAGGAGAAAAACTTTGTTAAAAGAAGGCAAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GCCTACA         GTAGCATCTTGGACAAAATATTGGGCAGCTTTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217254 GCCTACAGTA...CAGGTAGCATCTTGGACAAAATATTGGGCAGCTTTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GTGGGACACAGCTTTTTTACTATGCTGCCAAATCTCTAAAGGCTACCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220934 GTGGGACACAGCTTTTTTACTATGCTGCCAAATCTCTAAAGGCTACCGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 AGAAAACAT         TTCAAATCAACATCCAATAAGAACGTATCTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 220984 AGAAAACATGTA...CAGTTCAAATCAACATCCAATAAGAACGTATCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 GATAGGATGGATGGTGATGATGGCTGATGACCCTGAACATCCTGATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225374 GATAGGATGGATGGTGATGATGGCTGATGACCCTGAACATCCTGATCTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TCCTGCTGACTGACTCTGAGAAAG         GAAATTCGTACAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 225424 TCCTGCTGACTGACTCTGAGAAAGGTG...TAGGAAATTCGTACAAGTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 CAAGCTGGCAATAGAATGAATGCAATGTTATGGTTTAAGCATTTGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230029 CAAGCTGGCAATAGAATGAATGCAATGTTATGGTTTAAGCATTTGAGTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 AGCCTGCCAAAGTAACAAACAACAG         GTTCCTACAAACTTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 230079 AGCCTGCCAAAGTAACAAACAACAGGTA...TAGGTTCCTACAAACTTGA

   1900     .    :
   1739 TGACTTTTGAG
        |||||||||||
 239582 TGACTTTTGAG