seq1 = pF1KE4144.tfa, 1716 bp
seq2 = pF1KE4144/gi568815589f_130479681.tfa (gi568815589f:130479681_130736127), 256447 bp

>pF1KE4144 1716
>gi568815589f:130479681_130736127 (Chr9)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-190  (115803-115908)   100% ->
191-224  (130274-130307)   100% ->
225-274  (132776-132825)   100% ->
275-346  (133276-133347)   100% ->
347-404  (134608-134665)   100% ->
405-567  (136675-136837)   100% ->
568-666  (138117-138215)   100% ->
667-771  (140674-140778)   100% ->
772-874  (143028-143130)   99% ->
875-975  (143931-144031)   100% ->
976-1117  (146684-146825)   100% ->
1118-1278  (150948-151108)   100% ->
1279-1352  (151877-151950)   100% ->
1353-1433  (152262-152342)   98% ->
1434-1510  (152522-152598)   100% ->
1511-1582  (154987-155058)   100% ->
1583-1716  (156319-156451)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCTGGTGCAGGGGCAGAGCGCTCCTGTGGGGATGAAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCTGGTGCAGGGGCAGAGCGCTCCTGTGGGGATGAAGGCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCTTCGTGGATGCCCTGCACCGGGTCCGGCAG         ATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 GGGCTTCGTGGATGCCCTGCACCGGGTCCGGCAGGTA...TAGATTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTAAAATTGATTCAATTCCTCACTTGAATAATTCCACACCTCTAGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115810 CTAAAATTGATTCAATTCCTCACTTGAATAATTCCACACCTCTAGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTCAGTATATGGATACGGAGTACAAAAACGGCCCTTGGATGATGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115860 CCCTCAGTATATGGATACGGAGTACAAAAACGGCCCTTGGATGATGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         TAGGTAACCAGTTAGGGGCCTTGGTACATCAAAG        
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115910 TA...CAGTAGGTAACCAGTTAGGGGCCTTGGTACATCAAAGGTA...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    225  GACGGTAATAACGGAAGAATTCAAAGTGCCTGACAAAATGGTTGGATTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132775 GGACGGTAATAACGGAAGAATTCAAAGTGCCTGACAAAATGGTTGGATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 A         TTATCGGCAGGGGAGGTGAGCAGATTTCACGGATTCAAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132825 AGTA...CAGTTATCGGCAGGGGAGGTGAGCAGATTTCACGGATTCAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAATCTGGTTGCAAAATTCAGATTGCTTCAG         AGAGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 133316 AGAATCTGGTTGCAAAATTCAGATTGCTTCAGGTA...TAGAGAGTTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GGATTCCAGAGAGGCCCTGTGTACTTACCGGAACCCCAGAAAGTATTGA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 134617 GGATTCCAGAGAGGCCCTGTGTACTTACCGGAACCCCAGAAAGTATTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    405         ACAAGCCAAACGGCTCCTGGGACAGATTGTGGACCGCTGTCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134667 TA...AAGACAAGCCAAACGGCTCCTGGGACAGATTGTGGACCGCTGTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AAATGGACCTGGCTTTCATAATGACATAGACAGCAACAGCACAATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136717 AAATGGACCTGGCTTTCATAATGACATAGACAGCAACAGCACAATCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGATTCTCATTCCCGCATCTAAAGTGGGTCTGGTCATCGGCAGAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136767 AGATTCTCATTCCCGCATCTAAAGTGGGTCTGGTCATCGGCAGAGGAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAAACAATCAAGCAGTTGCAG         GAGCGGACAGGGGTGAAGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136817 GAAACAATCAAGCAGTTGCAGGTG...CAGGAGCGGACAGGGGTGAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGTCATGATCCAGGATGGCCCATTGCCCACGGGAGCAGACAAGCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138137 GGTCATGATCCAGGATGGCCCATTGCCCACGGGAGCAGACAAGCCTCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTATCACTGGAGATGCATTTAAAGTACAG         CAAGCAAGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 138187 GTATCACTGGAGATGCATTTAAAGTACAGGTA...CAGCAAGCAAGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ATGGTACTAGAGATTATCCGAGAAAAAGACCAAGCTGACTTTCGGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140686 ATGGTACTAGAGATTATCCGAGAAAAAGACCAAGCTGACTTTCGGGGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ACGCGGCGATTTCAACTCTCGAATGGGAGGAGGCAGTATAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 140736 ACGCGGCGATTTCAACTCTCGAATGGGAGGAGGCAGTATAGAGGTA...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772   GTATCTGTGCCTAGGTTTGCTGTGGGGATTGTAATAGGAAGAAACGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143026 AGGTATCTGTGCCTAGGTTTGCTGTGGGGATTGTAATAGGAAGAAACGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GAAATGATCAAAAAGATCCAGAATGATGCTGGTGTGAGGATTCAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 143076 GAAATGATCAAAAAGATCCAGAATGATGCTGGTGTGAGGATTCAGTTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACCAG         ATGATGGGATTAGTCCAGAAAGAGCTGCCCAGGTCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143126 ACCAGGTG...CAGATGATGGGATTAGTCCAGAAAGAGCTGCCCAGGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TGGGCCCTCCGGATCGGTGTCAGCATGCAGCGCATATCATCAGCGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143967 TGGGCCCTCCGGATCGGTGTCAGCATGCAGCGCATATCATCAGCGAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATTCTTACAGCCCAG         GAAAGAGACGGCTTTGGAGGCCTGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 144017 ATTCTTACAGCCCAGGTG...CAGGAAAGAGACGGCTTTGGAGGCCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 AGCAGCCAGAGGAAGAGGTCGTGGCCGTGGCGACTGGAGCGTGGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146710 AGCAGCCAGAGGAAGAGGTCGTGGCCGTGGCGACTGGAGCGTGGGAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CTGGTGGCGTCCAGGAGATAACATACACGGTGCCAGCCGATAAGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146760 CTGGTGGCGTCCAGGAGATAACATACACGGTGCCAGCCGATAAGTGTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTCGTCATAGGCAAAG         GGGGTGAGAACATCAAAAGCATCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 146810 CTCGTCATAGGCAAAGGTA...CAGGGGGTGAGAACATCAAAAGCATCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCAGCAGTCAGGGGCGCACGTGGAGCTTCAGAGGAACCCCCCTCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150973 CCAGCAGTCAGGGGCGCACGTGGAGCTTCAGAGGAACCCCCCTCCCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GCGACCCCAACCTGCGGAGATTCACCATCAGGGGGGTTCCCCAGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151023 GCGACCCCAACCTGCGGAGATTCACCATCAGGGGGGTTCCCCAGCAGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAGGTGGCCAGGCAGCTCATAGATGAGAAAGTTGGC         GGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 151073 GAGGTGGCCAGGCAGCTCATAGATGAGAAAGTTGGCGTA...CAGGGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CAATCTCGGAGCACCTGGAGCCTTCGGACAGAGTCCATTCAGCCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151882 CAATCTCGGAGCACCTGGAGCCTTCGGACAGAGTCCATTCAGCCAGCCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CTGCCCCACCTCATCAAAA         TACCTTTCCTCCAAGGAGCTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 151932 CTGCCCCACCTCATCAAAAGTG...CAGTACCTTTCCTCCAAGGAGCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GGTTGCTTCCCAAACATGGCTGCCAAGGTGAATGGGAACCCCCACAGCAC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152284 GGGTGCTTCCCAAACATGGCTGCCAAGGTGAATGGGAACCCCCACAGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CCCTGTGAG         TGGTCCTCCGGCCTTTCTGACCCAGGGCTGGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 152334 CCCTGTGAGGTA...CAGTGGTCCTCCGGCCTTTCTGACCCAGGGCTGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GCAGCACCTACCAGGCGTGGCAGCAGCCCACACAGCAGGTCCCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 152554 GCAGCACCTACCAGGCGTGGCAGCAGCCCACACAGCAGGTCCCAAGTA..

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511     GCCAGCAGAGCCAGCCGCAGAGCAGCCAGCCCAACTACAGCAAGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152604 .CAGGCCAGCAGAGCCAGCCGCAGAGCAGCCAGCCCAACTACAGCAAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CTGGGAAGACTATTACAAAAAACAGA         GTCACGCCGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 155033 CTGGGAAGACTATTACAAAAAACAGAGTG...CAGGTCACGCCGCCAGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 CTGCTCCTCAGGCCAGCTCCCCACCGGACTACACAATGGCCTGGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156334 CTGCTCCTCAGGCCAGCTCCCCACCGGACTACACAATGGCCTGGGCAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 TATTACAGACAGCAGGTCGCTTTCTACGGACAGACGTTAGGGCAGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156384 TATTACAGACAGCAGGTCGCTTTCTACGGACAGACGTTAGGGCAGGCGCA

   1850     .    :    .
   1698 GGCCCACAGCCAGGAGCAG
        |||||||||||||| -| |
 156434 GGCCCACAGCCAGGT CTG