seq1 = pF1KE4141.tfa, 1674 bp
seq2 = pF1KE4141/gi568815596f_169635015.tfa (gi568815596f:169635015_169849729), 214715 bp

>pF1KE4141 1674
>gi568815596f:169635015_169849729 (Chr2)

1-1213  (100001-101213)   100% ->
1214-1366  (106371-106523)   100% ->
1367-1674  (114408-114715)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTAAAAGGACAAGAAGATTATATTTATCTTTTCAAGGATTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTAAAAGGACAAGAAGATTATATTTATCTTTTCAAGGATTCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATCCAGTGGATTTTCTGGATGCATTCAGAACATTTTACTTGGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACATCCAGTGGATTTTCTGGATGCATTCAGAACATTTTACTTGGATGGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATTTACTGATATTACTCTTCAGTGTCCTTCAGGCATAATTTTCCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATTTACTGATATTACTCTTCAGTGTCCTTCAGGCATAATTTTCCATTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACCGAGCCGTTTTAGCTGCTTGCAGCAATTATTTTAAGGCAATGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACCGAGCCGTTTTAGCTGCTTGCAGCAATTATTTTAAGGCAATGTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCTGACATGAAAGAAAAATTTAAAAATAAAATAAAACTCTCTGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCTGACATGAAAGAAAAATTTAAAAATAAAATAAAACTCTCTGGCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCATGATATTCTGGAAGGCCTTGTAAATTATGCATACACTTCCCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCATGATATTCTGGAAGGCCTTGTAAATTATGCATACACTTCCCAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAATAACTAAAAGAAATGTTCAAAGCCTGCTTGAGGCAGCGGATCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAATAACTAAAAGAAATGTTCAAAGCCTGCTTGAGGCAGCGGATCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACAGTTCCTTTCAGTAAAGAAGGCTTGTGAGCGGTTTTTGGTAAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACAGTTCCTTTCAGTAAAGAAGGCTTGTGAGCGGTTTTTGGTAAGGCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGATATTGATAATTGTATTGGAATGCACTCCTTTGCAGAATTTCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGATATTGATAATTGTATTGGAATGCACTCCTTTGCAGAATTTCATGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTCCAGAACTAGAGAAGGAATCTCGAAGAATTCTATGTTCAAAGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTCCAGAACTAGAGAAGGAATCTCGAAGAATTCTATGTTCAAAGTTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAAGTGTGGCAACAAGAAGAATTTCTGGAAATCAGCCTTGAAAAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAAGTGTGGCAACAAGAAGAATTTCTGGAAATCAGCCTTGAAAAGTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTTTATCTTGTCCAGAAAGAATCTCAGTGTTTGGAAAGAAGAAGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTTTATCTTGTCCAGAAAGAATCTCAGTGTTTGGAAAGAAGAAGCTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATAGAGCCAGTTATTAAGTGGACTGCTCATGATGTAGAAAATCGAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATAGAGCCAGTTATTAAGTGGACTGCTCATGATGTAGAAAATCGAATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATGCCTCTATAATCTACTGAGCTATATCAACATTGATATAGATCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATGCCTCTATAATCTACTGAGCTATATCAACATTGATATAGATCCAGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACTTAAAAACAGCCTTAGGCCTTCAAAGAAGCTGCCTGCTCACCGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACTTAAAAACAGCCTTAGGCCTTCAAAGAAGCTGCCTGCTCACCGAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGATCCGCTCCCTAATATACAATGCCTTGAATCCCATGCATAAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGATCCGCTCCCTAATATACAATGCCTTGAATCCCATGCATAAAGAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCCCAGAGGTCCACAGCCACAATGTATATAATTGGAGGCTATTACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCCCAGAGGTCCACAGCCACAATGTATATAATTGGAGGCTATTACTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATCCTTTATCAGAGGTTCACATATGGGATCCTTTGACAAATGTTTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATCCTTTATCAGAGGTTCACATATGGGATCCTTTGACAAATGTTTGGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGGGAGCAGAAATACCAGATTATACCAGGGAGAGCTATGGTGTTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGGGAGCAGAAATACCAGATTATACCAGGGAGAGCTATGGTGTTACATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTTAGGACCCAACATTTATGTAACTGGGGGCTACAGGACGGATAACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTTAGGACCCAACATTTATGTAACTGGGGGCTACAGGACGGATAACATAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAGCTCTTGACACAGTGTGGATCTATAACAGTGAAAGTGATGAATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAGCTCTTGACACAGTGTGGATCTATAACAGTGAAAGTGATGAATGGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAAGGTTTGCCAATGCTCAATGCCAGGTATTACCACTGTGCAGTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAAGGTTTGCCAATGCTCAATGCCAGGTATTACCACTGTGCAGTCACCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGGTGGCTGTGTCTATGCTTTAGGTGGTTACAGAAAAGGGGCTCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGGTGGCTGTGTCTATGCTTTAGGTGGTTACAGAAAAGGGGCTCCAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AAGAGGCTGAGTTCTATGATCCTTTAAAAGAGAAATGGATTCCTATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AAGAGGCTGAGTTCTATGATCCTTTAAAAGAGAAATGGATTCCTATTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AACATGATTAAAG         GTGTGGGAAATGCTACTGCCTGTGTCTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AACATGATTAAAGGTA...TAGGTGTGGGAAATGCTACTGCCTGTGTCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 ACATGATGTTATCTACGTCATTGGTGGCCACTGTGGCTACAGAGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106399 ACATGATGTTATCTACGTCATTGGTGGCCACTGTGGCTACAGAGGAAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GCACCTATGACAAAGTTCAGAGCTACAATTCCGATATCAACGAATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106449 GCACCTATGACAAAGTTCAGAGCTACAATTCCGATATCAACGAATGGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CTCATCACCTCCAGTCCACATCCAG         AATATGGATTGTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106499 CTCATCACCTCCAGTCCACATCCAGGTA...AAGAATATGGATTGTGCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AGTTCCGTTTGAAAATAAGCTCTATCTAGTCGGTGGACAAACTACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 114424 AGTTCCGTTTGAAAATAAGCTCTATCTAGTCGGCGGACAAACTACAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CAGAATGCTATGACCCTGAACAAAATGAATGGAGAGAGATAGCTCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114474 CAGAATGCTATGACCCTGAACAAAATGAATGGAGAGAGATAGCTCCCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 ATGGAAAGGAGGATGGAGTGCGGTGCCGTCATCATGAATGGATGTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114524 ATGGAAAGGAGGATGGAGTGCGGTGCCGTCATCATGAATGGATGTATTTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TGTCACTGGAGGATACTCCTACTCAAAGGGAACGTATCTTCAGAGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114574 TGTCACTGGAGGATACTCCTACTCAAAGGGAACGTATCTTCAGAGCATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 AGAAATATGATCCAGATCTTAATAAGTGGGAAATAGTGGGTAATCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114624 AGAAATATGATCCAGATCTTAATAAGTGGGAAATAGTGGGTAATCTTCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 AGTGCCATGCGGTCTCATGGGTGTGTTTGTGTGTATAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114674 AGTGCCATGCGGTCTCATGGGTGTGTTTGTGTGTATAATGTC