seq1 = pF1KE4138.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KE4138/gi568815581r_59908440.tfa (gi568815581r:59908440_60117498), 209059 bp

>pF1KE4138 1647
>gi568815581r:59908440_60117498 (Chr17)

(complement)

1-72  (100001-100072)   98% ->
73-158  (100235-100320)   97% ->
159-198  (101606-101645)   97% ->
199-279  (102128-102208)   91% ->
280-387  (102652-102759)   96% ->
388-497  (103090-103199)   94% ->
498-546  (104408-104456)   93% ->
547-667  (105000-105120)   99% ->
668-762  (105835-105929)   96% ->
763-828  (106314-106379)   95% ->
829-928  (106847-106946)   99% ->
929-1081  (107317-107469)   97% ->
1082-1529  (108451-108897)   97% ->
1530-1647  (108942-109059)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGTAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATTATGAAATACGAAAAG         GGACACCGAGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 CATCATTATGAAATACGAAAAGGTA...CAGGGACACCGAGCTGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT
        |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
 100254 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGTCTTTTGGAAGCTACAACAACAACGTCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTTGGGGATTGTACA         TGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100304 CATTTGGGGATTGTACAGTG...CAGTGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCGCGGGAGGCGAAG         CAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA
        ||||||||||| ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101630 TGCGCGGGAGGTGAAGGTA...CAGCAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC
        |||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |  ||||||| ||||
 102153 AGAGCAAGTGGGTGAAAATGCTGGGAGAATGGGACACCTACAAAAACAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAAAG         CTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
 102203 AGAAAGGTA...CAGCTCATAGATCGAGCGTACCAGGGAATTCCCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
 102687 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACATTGAGGAAATCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAG         ATCATGAAGGAGAAGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102737 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAGGTA...CAGATCATGAAGGAGAAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGAGGTCATCTGAGCACATCCAGC GCATCGACCGGGACGTAAGCGGGA
        |||||||||||||| ||||||||||-|-|| |||| ||||||||||||||
 103108 AAGAGGTCATCTGAACACATCCAGCAG ATGGACCTGGACGTAAGCGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 CATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAA       
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103157 CATTAAGGAGGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAAGTA...T

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498   GCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTATAACCC
        >>|||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||
 104406 AGGCAGCGGGAACTACTTTACATCCTCCTGGCGTATGAGGAGTATAACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 G         GAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104456 GGTG...CAGGAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 TGTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105040 TGTTCCTCCTTTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637 CTGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGG         GATTTCACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105090 CTGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGGGTA...CAGGATTTCACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 CCCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105845 CCCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 TAGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAG         GACAAG
        |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||>>>...>>>||||||
 105895 TAGCCACGTCACTACCCAACACCATGTGGCATCAGGTG...CAGGACAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769 AAAGATCTATGTGGGCAGTGTTC CCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATAT
        |||||||||||||||||||||||- ||-||||||||||||||||||||||
 106320 AAAGATCTATGTGGGCAGTGTTCGTCC TTAGGCTGCCTCATCCGGATAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    818 TGATTGACGGG         ATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106369 TGATTGACGGGGTA...CAGATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859 GACGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGTTGATGCCGATAACAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106877 GACGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGTTGATGCCGATAACAAGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909 CGCCTTTAAGGTTCAGCAGA         AGCGCCTCACGAAGACGTCCA
        |||||||||||||||| |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106927 CGCCTTTAAGGTTCAGTAGAGTA...TAGAGCGCCTCACGAAGACGTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 GGTGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
 107338 GGTGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGGAACCGGTTCGTTGATGCCTGGGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 AGGGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107388 AGGGATGATGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 AACAAGAAAGCAGGGGGACCTGCAACCCCCAG         CCAAACCCG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||||||
 107438 AACAAGAAAGCAGGGGGACCTGCCACCCCCAGGTG...CAGCCAAACCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 AGCAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 108460 AGCAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCAGCTTCACGTGGCGGGAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 ACCCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108510 ACCCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 CCCGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCA
        |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108560 CCCATGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 CACCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108610 CACCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1291 CAGGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108660 CAGGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1341 GAGATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108710 GAGATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1391 TAGAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTC
        ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 108760 TAGGGGACCCTTGGTTCCGCCGTTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1441 CGTGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
 108810 CGTGCCATATCCCAGGAGGACCAGCCGGCCACCTGCTGGCAGGCTGAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1491 CCCTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |->>>...>>>||
 108860 CCCTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCACTGCACTGA GCC...CAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1532 CTGATTCCGACCAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 108944 CTGATTCCGACCAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1582 GCTCCCACCTCAGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108994 GCTCCCACCTCAGGACCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCA

   1750     .    :    .
   1632 GTTCCCTCCAGGCTTC
        ||||||||||||||||
 109044 GTTCCCTCCAGGCTTC