seq1 = pF1KE4138.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KE4138/gi568815581f_38029496.tfa (gi568815581f:38029496_38238550), 209055 bp

>pF1KE4138 1647
>gi568815581f:38029496_38238550 (Chr17)

(complement)

1-72  (171485-171556)   100% ->
73-158  (171719-171804)   100% ->
159-198  (173088-173127)   100% ->
199-279  (173610-173690)   100% ->
280-387  (174134-174241)   100% ->
388-497  (174571-174680)   100% ->
498-546  (175936-175984)   97% ->
547-667  (176528-176648)   100% ->
668-762  (177362-177456)   100% ->
763-828  (177842-177907)   100% ->
829-928  (178371-178470)   100% ->
929-1081  (178841-178993)   98% ->
1082-1647  (179975-180540)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171485 ATGGACGTGGTAGAGGTCGCGGGCAGTTGGTGGGCACAAGAGCGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATTATGAAATACGAAAAG         GGACACCGAGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 171535 CATCATTATGAAATACGAAAAGGTA...CAGGGACACCGAGCTGGGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171738 CAGAGGACAAGGGGCCTAAGCCTTTTCGAAGCTACAACAACAACGTCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTTGGGGATTGTACA         TGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 171788 CATTTGGGGATTGTACAGTG...CAGTGAGACGGAGCTGCCTCCTCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCGCGGGAGGCGAAG         CAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 173112 TGCGCGGGAGGCGAAGGTA...CAGCAAATTCGGCGGGAGATCAGCCGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173635 AGAGCAAGTGGGTGGATATGCTGGGAGACTGGGAGAAATACAAAAGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAAAG         CTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173685 AGAAAGGTA...CAGCTCATAGATCGAGCGTACAAGGGAATGCCCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174169 CATCCGGGGCCCGATGTGGTCAGTCCTCCTGAACACTGAGGAAATGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAG         ATCATGAAGGAGAAGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 174219 TGAAAAACCCCGGAAGATACCAGGTA...CAGATCATGAAGGAGAAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAGAGGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174589 AAGAGGTCATCTGAGCACATCCAGCGCATCGACCGGGACGTAAGCGGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 174639 ATTAAGGAAGCATATATTCTTCAGGGATCGATACGGAACCAAGTA...TA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  GCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTATAACCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 175935 GGCAGCGGGAACTACTCCACATCCTCCTGGCATATGAGGAGTACAACCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547          GAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175985 GTG...CAGGAGGTGGGCTACTGCAGGGACCTGAGCCACATCGCCGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176569 GTTCCTCCTCTATCTTCCTGAGGAGGATGCATTCTGGGCACTGGTGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGG         GATTTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 176619 TGCTGGCCAGTGAGAGGCACTCCCTGCAGGGTA...CAGGATTTCACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177373 CCAAATGGCGGGACCGTCCAGGGGCTCCAAGACCAACAGGAGCATGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAG         GACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 177423 AGCCACGTCACAACCCAAGACCATGGGGCATCAGGTG...CAGGACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177849 AAGATCTATGTGGGCAGTGTTCCCCGTTAGGCTGCCTCATCCGGATATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATTGACGGG         ATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 177899 ATTGACGGGGTA...CAGATCTCTCTCGGGCTCACCCTGCGCCTGTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGTTGATGCCGATAACAAGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178403 CGTGTATCTGGTAGAAGGCGAACAGGCGTTGATGCCGATAACAAGAATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCTTTAAGGTTCAGCAGA         AGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 178453 CCTTTAAGGTTCAGCAGAGTA...TAGAGCGCCTCACGAAGACGTCCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178864 TGTGGCCCGTGGGCACGTTTTTGCAACCGGTTCGTTGATACCTGGGCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178914 GGATGAGGACACTGTGCTCAAGCATCTTAGGGCCTCTATGAAGAAACTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CAAGAAAGCAGGGGGACCTGCAACCCCCAG         CCAAACCCGAG
        |||||||| |||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||||||||
 178964 CAAGAAAGAAGGGGGACCTGCCACCCCCAGGTG...CAGCCAAACCCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179986 CAAGGGTCGTCGGCATCCAGGCCTGTGCCGGCTTCACGTGGCGGGAAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180036 CCTCTGCAAGGGGGACAGGCAGGCCCCTCCAGGCCCACCAGCCCGGTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180086 CGCGGCCCATTTGGTCAGCTTCCCCGCCACGGGCACCTCGTTCTTCCACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180136 CCCTGTCCTGGTGGGGCTGTCCGGGAAGACACCTACCCTGTGGGCACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180186 GGGTGTGCCCAGCCCGGCCCTGGCTCAGGGAGGACCTCAGGGTTCCTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180236 GATTCCTGCAGTGGAACTCCATGCCCCGCCTCCCAACGGACCTGGACGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180286 GAGGGCCCTTGGTTCCGCCATTATGATTTCAGACAGAGCTGCTGGGTCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180336 TGCCATATCCCAGGAGGACCAGCTGGCCCCCTGCTGGCAGGCTGAACACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180386 CTGCGGAGCGGGTGAGATCGGCTTTCGCTGCACCCAGCACTGATTCCGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCCGTGTGCTCCCACCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 180436 CAGGGCACCCCCTTCAGAGCTAGGGACGAACAGCAGTGTGCTCCCACCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180486 AGGGCCTTGCCTCTGCGGCCTCCACTTGGAAAGTTCTCAGTTCCCTCCAG

   1750     .
   1643 GCTTC
        |||||
 180536 GCTTC