seq1 = pF1KE4137.tfa, 1356 bp
seq2 = pF1KE4137/gi568815590f_66027269.tfa (gi568815590f:66027269_66274590), 247322 bp

>pF1KE4137 1356
>gi568815590f:66027269_66274590 (Chr8)

1-168  (100001-100168)   100% ->
169-341  (101036-101208)   100% ->
342-507  (107722-107887)   100% ->
508-603  (109827-109922)   100% ->
604-837  (122377-122610)   100% ->
838-860  (122949-122971)   100% ->
861-985  (123074-123198)   100% ->
986-1236  (125109-125359)   100% ->
1237-1356  (147203-147322)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGCATCTCTGAATTACAAATCTTTTTCCAAAGAGCAGCAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGCATCTCTGAATTACAAATCTTTTTCCAAAGAGCAGCAGACCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATAACTTAGAGAAGCAACTCATCTGTCCCATCTGCTTAGAGATGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATAACTTAGAGAAGCAACTCATCTGTCCCATCTGCTTAGAGATGTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAAACCTGTGGTGATTCTCCCTTGTCAGCACAACCTGTGTAGGAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGAAACCTGTGGTGATTCTCCCTTGTCAGCACAACCTGTGTAGGAAATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAGTGATATTTTCCAG         GCCTCTAACCCGTATTTGCCCAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAGTGATATTTTCCAGGTA...CAGGCCTCTAACCCGTATTTGCCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGAGGAGGTACCACCATGGCATCAGGGGGCCGATTCCGCTGCCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 AAGAGGAGGTACCACCATGGCATCAGGGGGCCGATTCCGCTGCCCATCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTAGACATGAAGTGGTTTTGGATAGACATGGGGTATATGGACTTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 GTAGACATGAAGTGGTTTTGGATAGACATGGGGTATATGGACTTCAGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACCTGCTGGTGGAAAATATCATTGACATCTACAAGCAGGAGTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 AACCTGCTGGTGGAAAATATCATTGACATCTACAAGCAGGAGTCCACCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          GCCAGAAAAGAAATCCGACCAGCCCATGTGCGAGGAACATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 GTA...CAGGCCAGAAAAGAAATCCGACCAGCCCATGTGCGAGGAACATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGAGGAGCGCATCAACATCTACTGTCTGAACTGCGAAGTACCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107763 AAGAGGAGCGCATCAACATCTACTGTCTGAACTGCGAAGTACCCACCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCTCTGTGCAAGGTGTTTGGTGCACACAAAGACTGCCAGGTGGCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107813 TCTCTGTGCAAGGTGTTTGGTGCACACAAAGACTGCCAGGTGGCTCCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACTCATGTGTTCCAGAGACAGAAG         TCTGAGCTCAGTGATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107863 CACTCATGTGTTCCAGAGACAGAAGGTA...TAGTCTGAGCTCAGTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCATCGCCATCCTCGTGGGCAGCAACGATCGAGTCCAGGGAGTGATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109843 GCATCGCCATCCTCGTGGGCAGCAACGATCGAGTCCAGGGAGTGATCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGCTGGAAGACACCTGCAAAACTATCGAG         GAATGTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109893 CAGCTGGAAGACACCTGCAAAACTATCGAGGTG...TAGGAATGTTGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAAACAGAAACAAGAGCTTTGTGAGAAGTTTGATTACCTGTATGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122388 AAAACAGAAACAAGAGCTTTGTGAGAAGTTTGATTACCTGTATGGCATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGAGGAGAGGAAGAATGAAATGACCCAAGTCATTACCCGAACCCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122438 TGGAGGAGAGGAAGAATGAAATGACCCAAGTCATTACCCGAACCCAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGAAACTGGAACATGTCCGTGCTCTGATCAAAAAGTATTCTGATCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122488 GAGAAACTGGAACATGTCCGTGCTCTGATCAAAAAGTATTCTGATCATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAGAACGTCTCAAAGTTGGTTGAGTCAGGAATTCAGTTTATGGATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122538 GGAGAACGTCTCAAAGTTGGTTGAGTCAGGAATTCAGTTTATGGATGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGAAATGGCAGTGTTTCTGCAG         AATGCCAAAACCCTGCTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122588 CAGAAATGGCAGTGTTTCTGCAGGTA...CAGAATGCCAAAACCCTGCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAAAA         AATCTCGGAAGCATCAAAGGCATTTCAGATGGAGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122967 AAAAAGTA...CAGAATCTCGGAAGCATCAAAGGCATTTCAGATGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATAGAACATGGCTATGAGAACATGAACCACTTCACAGTCAACCTCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123110 AATAGAACATGGCTATGAGAACATGAACCACTTCACAGTCAACCTCAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGAAGAAAAGATAATACGTGAAATTGACTTTTACAGAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 123160 GAGAAGAAAAGATAATACGTGAAATTGACTTTTACAGAGGTT...CAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GATGAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGGCGGAGAAGGAGAAAAAGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125111 GATGAAGATGAAGAAGAAGAAGAAGGCGGAGAAGGAGAAAAAGAAGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGGAGAAGTGGGAGGAGAAGCAGTAGAAGTGGAAGAGGTAGAAAATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125161 AGGAGAAGTGGGAGGAGAAGCAGTAGAAGTGGAAGAGGTAGAAAATGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAACAGAGTTTCCAGGAGAAGATGAAAACCCAGAAAAAGCTTCAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125211 AAACAGAGTTTCCAGGAGAAGATGAAAACCCAGAAAAAGCTTCAGAGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTCAGGTGGAGCTGCAGGCTGCCCCTGGGGCACTTCCAGTTTCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125261 TCTCAGGTGGAGCTGCAGGCTGCCCCTGGGGCACTTCCAGTTTCCTCTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGAGCCACCTCCAGCCCTGCCACCTGCTGCGGATGCCCCTGTGACACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 125311 AGAGCCACCTCCAGCCCTGCCACCTGCTGCGGATGCCCCTGTGACACAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237         ATTGGATTTGAGGCTCCTCCCCTCCAGGGACAGGCTGCAGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125361 TA...CAGATTGGATTTGAGGCTCCTCCCCTCCAGGGACAGGCTGCAGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCAGCGAGTGGCAGTGGAGCTGATTCTGAGCCAGCTCGCCATATCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147245 CCAGCGAGTGGCAGTGGAGCTGATTCTGAGCCAGCTCGCCATATCTTCTC

   1400     .    :    .    :    .
   1329 CTTTTCCTGGTTGAACTCCCTAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||
 147295 CTTTTCCTGGTTGAACTCCCTAAATGAA