seq1 = pF1KE4136.tfa, 1641 bp
seq2 = pF1KE4136/gi568815575f_130981666.tfa (gi568815575f:130981666_131188782), 207117 bp

>pF1KE4136 1641
>gi568815575f:130981666_131188782 (ChrX)

1-253  (100001-100253)   100% ->
254-319  (101500-101565)   100% ->
320-555  (102069-102304)   100% ->
556-748  (102550-102742)   100% ->
749-804  (102961-103016)   100% ->
805-955  (103249-103399)   100% ->
956-1104  (103923-104071)   100% ->
1105-1281  (104248-104424)   100% ->
1282-1379  (104664-104761)   100% ->
1380-1486  (104894-105000)   100% ->
1487-1641  (106963-107117)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGGCTGCATTCCTTTTCTGAAGGCAGCAAGGGCACTGTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGGCTGCATTCCTTTTCTGAAGGCAGCAAGGGCACTGTGCCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATCATGCCCCCTTTGCTGTTGTTGTCCGCCTTCATTTTTTTAGTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATCATGCCCCCTTTGCTGTTGTTGTCCGCCTTCATTTTTTTAGTGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGGGAGGAGCCCCAGGACACAACCCCGACCGCAGGACGAAGATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGGGAGGAGCCCCAGGACACAACCCCGACCGCAGGACGAAGATGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGATACACAGCCTCTCTGAGCTGGAGCGTCTGAAGCTGCAAGAGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGATACACAGCCTCTCTGAGCTGGAGCGTCTGAAGCTGCAAGAGACTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTACCACGAACTCGTGGCCAGACATTTCCTCTCCGAATTCAAACCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTACCACGAACTCGTGGCCAGACATTTCCTCTCCGAATTCAAACCTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAG         CTCTGCCTATTGACCGTCCGAACACCTTGGATAAGTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGGTA...TAGCTCTGCCTATTGACCGTCCGAACACCTTGGATAAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTCTGATTTTGAGAGGACAGCAGAGGG         CTGTATCACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101538 TTTCTGATTTTGAGAGGACAGCAGAGGGGTG...CAGCTGTATCACACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACATTTGGCATTAGCCTGGAAGAGGTCCTGGTGAACGAGTTTACCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102082 GACATTTGGCATTAGCCTGGAAGAGGTCCTGGTGAACGAGTTTACCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAAGCATCTTGAACTGACAGCCACGATGCAGGTTGAAGAAGCCACCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102132 GCAAGCATCTTGAACTGACAGCCACGATGCAGGTTGAAGAAGCCACCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGCTGCGGGCCGTCGTCGGGGAAACGTGGTGCGAAGGGTGTTTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102182 CAGGCTGCGGGCCGTCGTCGGGGAAACGTGGTGCGAAGGGTGTTTGGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATCCGGCGCTTTTTCAGTCGCAGGCGGAATGAGCCCACCTTGCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102232 CATCCGGCGCTTTTTCAGTCGCAGGCGGAATGAGCCCACCTTGCCCCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGTTCACTCGCCGTGGGCGTCGA         GGTGCAGTGTCTGTGGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102282 AGTTCACTCGCCGTGGGCGTCGAGTG...CAGGGTGCAGTGTCTGTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGTCTGGCTGAGCTGGAAGACGGAGCCCTGCTGCTGCAGACCCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102568 AGTCTGGCTGAGCTGGAAGACGGAGCCCTGCTGCTGCAGACCCTGCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCAAAAATTTCCTTTCCAATTGGCCAACGACTTCTGGGATCCAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102618 TTCAAAAATTTCCTTTCCAATTGGCCAACGACTTCTGGGATCCAAAAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGATGAGTCTCAATCCGATTGCGAAACAAATCCCCCAGGTTGTTGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102668 AGATGAGTCTCAATCCGATTGCGAAACAAATCCCCCAGGTTGTTGAGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGCTGCCAATTCATTGAAAAACATG         GCTTAAGCGCAGTGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102718 TGCTGCCAATTCATTGAAAAACATGGTA...CAGGCTTAAGCGCAGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATTTTTACCCTTGAATACTCCGTGCAGCGAGTGCGTCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102977 GATTTTTACCCTTGAATACTCCGTGCAGCGAGTGCGTCAGGTA...TAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCGTGAAGAATTTGATCAAGGTCTGGATGTAGTGCTGGATGACAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103250 TCCGTGAAGAATTTGATCAAGGTCTGGATGTAGTGCTGGATGACAATCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATGTGCATGATGTGGCTGCACTCCTCAAGGAGTTTTTCCGTGACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 AATGTGCATGATGTGGCTGCACTCCTCAAGGAGTTTTTCCGTGACATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGATTCTCTGCTGCCAGATGATCTGTACATGTCATTCCTCCTGACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 GGATTCTCTGCTGCCAGATGATCTGTACATGTCATTCCTCCTGACAGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956          CTTTAAAGCCCCAGGATCAGCTTTCTGCCCTGCAGTTGCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103400 GTG...TAGCTTTAAAGCCCCAGGATCAGCTTTCTGCCCTGCAGTTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTCTACCTGATGCCACCCTGCCACAGTGATACCCTGGAGCGTCTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103964 GTCTACCTGATGCCACCCTGCCACAGTGATACCCTGGAGCGTCTGCTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGCCCTGCATAAAATCACTGAGAACTGCGAGGACTCAATTGGCATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104014 GGCCCTGCATAAAATCACTGAGAACTGCGAGGACTCAATTGGCATTGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GACAGTTG         GTCCCAGGCAACCGTATGACTTCCACTAACTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104064 GACAGTTGGTA...TAGGTCCCAGGCAACCGTATGACTTCCACTAACTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCCTTGGTGTTTGGATCTGCTCTCCTGAAAAAAGGAAAGTTTGGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104281 GCCTTGGTGTTTGGATCTGCTCTCCTGAAAAAAGGAAAGTTTGGCAAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGAGTCCAGGAAAACAAAGCTGGGGATTGATCACTATGTTGCTTCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104331 AGAGTCCAGGAAAACAAAGCTGGGGATTGATCACTATGTTGCTTCTGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATGTGGTCCGTGCCATGATTGATAACTGGGATGTCCTCTTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104381 ATGTGGTCCGTGCCATGATTGATAACTGGGATGTCCTCTTCCAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282    GTGCCTCCCCATATTCAGAGGCAGGTTGCTAAGCGCGTGTGGAAGTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104661 CAGGTGCCTCCCCATATTCAGAGGCAGGTTGCTAAGCGCGTGTGGAAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CAGCCCGGAAGCACTTGATTTTATCAGACGCAGGAACTTGAGGAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104711 CAGCCCGGAAGCACTTGATTTTATCAGACGCAGGAACTTGAGGAAGATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 A         GAGTGCACGCATAAAGATGGAAGAGGATGCACTACTTTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104761 AGTG...CAGGAGTGCACGCATAAAGATGGAAGAGGATGCACTACTTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GATCCAGTGGAAACCTCTGCTGAAGCCCGGGCTGCTGTCCTTGCTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104934 GATCCAGTGGAAACCTCTGCTGAAGCCCGGGCTGCTGTCCTTGCTCAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAAGCCTTCTGATGAAG         GTTCCTCTGAGGAGCCAGCTGTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104984 CAAGCCTTCTGATGAAGGTC...CAGGTTCCTCTGAGGAGCCAGCTGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTTCCGGCACTGCCCGTTCCCATGACGATGAGGAAGGAGCGGGTAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106987 CTTCCGGCACTGCCCGTTCCCATGACGATGAGGAAGGAGCGGGTAACCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCCATTCCGGAGCAAGACCGCCCATTGCTCCGTGTGCCCCGGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107037 CCCATTCCGGAGCAAGACCGCCCATTGCTCCGTGTGCCCCGGGAGAAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :
   1611 GGCCAAAACTGGCGTCAGCTACTTCTTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 107087 GGCCAAAACTGGCGTCAGCTACTTCTTTCCT