seq1 = pF1KE4130.tfa, 1581 bp
seq2 = pF1KE4130/gi568815597f_235280050.tfa (gi568815597f:235280050_235548759), 268710 bp

>pF1KE4130 1581
>gi568815597f:235280050_235548759 (Chr1)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-185  (121454-121538)   100% ->
186-371  (134384-134569)   100% ->
372-460  (139424-139512)   100% ->
461-560  (147091-147190)   100% ->
561-660  (150656-150755)   100% ->
661-737  (154155-154231)   100% ->
738-833  (155696-155791)   100% ->
834-898  (156337-156401)   100% ->
899-963  (156495-156559)   100% ->
964-1116  (157273-157425)   99% ->
1117-1270  (158720-158873)   100% ->
1271-1339  (161765-161833)   100% ->
1340-1399  (162803-162862)   100% ->
1400-1491  (168300-168391)   100% ->
1492-1581  (168621-168710)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGACACTTTGACAGCGGATGTCATTGGTCGAAGAGTTGAAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGACACTTTGACAGCGGATGTCATTGGTCGAAGAGTTGAAGTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGAACATGCAACAGTACGTTTTGCTGGTGTTGTCCCTCCCGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGAACATGCAACAGTACGTTTTGCTGGTGTTGTCCCTCCCGTGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GACCCTGGTTAGGAGTAGAATGGGACAATCCCGAGAGAGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...TAGGACCCTGGTTAGGAGTAGAATGGGACAATCCCGAGAGAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGCATGATGGGAGCCACGAAGGGACTGTGTATTTTAAATGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121495 AAGCATGATGGGAGCCACGAAGGGACTGTGTATTTTAAATGCAGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GCACCCGACAGGAGGATCCTTTATTCGTCCGAACAAGGTAAATTTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134381 CAGGCACCCGACAGGAGGATCCTTTATTCGTCCGAACAAGGTAAATTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAACAGACTTTCTTACTGCAATTAAGAACCGCTATGTGTTAGAAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134431 GAACAGACTTTCTTACTGCAATTAAGAACCGCTATGTGTTAGAAGATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGAGGAAGATAGAAAAGAGCAAATTGTTACAATTGGAAATAAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134481 CCAGAGGAAGATAGAAAAGAGCAAATTGTTACAATTGGAAATAAACCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGACTATCGGTTTTGACTCTATTATGAAACAGCAAAG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 134531 GGAGACTATCGGTTTTGACTCTATTATGAAACAGCAAAGGTA...CAGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTGAGCAAGTTGCAAGAAGTTTCTCTGAGGAACTGTGCAGTAAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139426 AGCTGAGCAAGTTGCAAGAAGTTTCTCTGAGGAACTGTGCAGTAAGTTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGGTGAAAAAGGAGGAGTTGCTGAAGCATGTCCTA         ATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 139476 GCTGGTGAAAAAGGAGGAGTTGCTGAAGCATGTCCTAGTA...TAGATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGAAAGGTAGATTTGTCAAAAAACCTGTTGTCATCATGGGATGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147095 CAGAAAGGTAGATTTGTCAAAAAACCTGTTGTCATCATGGGATGAAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACACATTGCTGATCAGCTCAGACACCTGGAAGTCCTTAATGTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 147145 TACACATTGCTGATCAGCTCAGACACCTGGAAGTCCTTAATGTCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561      TGAAAATAAACTAAAATTTCCCTCCGGTTCAGTATTAACTGGAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147195 ..CAGTGAAAATAAACTAAAATTTCCCTCCGGTTCAGTATTAACTGGAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTTTCTGTACTGAAGGTTTTAGTCCTCAATCAAACAGGAATAACGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150701 GCTTTCTGTACTGAAGGTTTTAGTCCTCAATCAAACAGGAATAACGTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGAG         GTGCTGCGGTGTGTCGCGGGGTGCCCAGGCCTGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150751 CTGAGGTA...CAGGTGCTGCGGTGTGTCGCGGGGTGCCCAGGCCTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAACTCTACCTTGAGTCTAACAACATTTTCATTTCCGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 154191 GAACTCTACCTTGAGTCTAACAACATTTTCATTTCCGAAAGGTA...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCCAACAGATGTTCTCCAGACAGTCAAGTTATTAGATCTTTCCTCTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155696 GCCAACAGATGTTCTCCAGACAGTCAAGTTATTAGATCTTTCCTCTAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AATTAATTGATGAAAATCAGCTGTATCTGATAGCCCACCTGCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 155746 AATTAATTGATGAAAATCAGCTGTATCTGATAGCCCACCTGCCCAGGTA.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    834      GTTAGAACAATTAATCCTCTCTGACACTGGAATTTCTTCTCTACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155796 ..CAGGTTAGAACAATTAATCCTCTCTGACACTGGAATTTCTTCTCTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTTCCGGATGCTGGAATTG         GGTGCAAAACGTCCATGTTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 156382 TTTTCCGGATGCTGGAATTGGTA...TAGGGTGCAAAACGTCCATGTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CATCCTTGAAGTACCTGGTAGTAAACGACAATCAGATATCACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 156516 CATCCTTGAAGTACCTGGTAGTAAACGACAATCAGATATCACAAGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964    TGGTCGTTTTTCAATGAGCTAGAGAAGTTACCAAGTCTACGGGCTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157270 CAGTGGTCGTTTTTCAATGAGCTAGAGAAGTTACCAAGTCTACGGGCTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GTCCTGCCTAAGAAACCCCCTGACCAAAGAGGACAAAGAAGCAGAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157320 GTCCTGCCTAAGAAACCCCCTGACCAAAGAGGACAAAGAAGCAGAGACGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CGCGACTGCTCATTATCGCCAGCATTGGCCAGCTGAAGACGCTGAACAAA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157370 CGCGACTACTCATTATCGCCAGCATTGGCCAGCTGAAGACGCTGAACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TGTGAG         ATTCTCCCCGAGGAGAGGCGGAGAGCTGAGCTTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157420 TGTGAGGTG...TAGATTCTCCCCGAGGAGAGGCGGAGAGCTGAGCTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CTACCGAAAAGCTTTTGGAAATGAGTGGAAACAGGCTGGTGGACATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158755 CTACCGAAAAGCTTTTGGAAATGAGTGGAAACAGGCTGGTGGACATAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATCCGGAAAAAAACAGACTCAGCGAAGAATTCCTCACAGCCCATCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158805 ATCCGGAAAAAAACAGACTCAGCGAAGAATTCCTCACAGCCCATCCCAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TACCAGTTCCTCTGCCTGA         AATATGGTGCACCTGAAGATTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 158855 TACCAGTTCCTCTGCCTGAGTA...CAGAATATGGTGCACCTGAAGATTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGAACTCAAAACACAGCAACCACTTATGCTGAAAAACCAGCTACTAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 161787 GGAACTCAAAACACAGCAACCACTTATGCTGAAAAACCAGCTACTAAGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340       CACTGAAGATAAAATACCCTCATCAACTTGATCAGAAAGTCCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161837 ...AAGCACTGAAGATAAAATACCCTCATCAACTTGATCAGAAAGTCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GAGAAACAACTGCCGG         GCTCCATGACAATTCAAAAGGTGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 162847 GAGAAACAACTGCCGGGTA...TAGGCTCCATGACAATTCAAAAGGTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GGGATTGCTGTCACGTCTTCTCAAAGTTCCTGTGTCAGACCTTCTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168325 GGGATTGCTGTCACGTCTTCTCAAAGTTCCTGTGTCAGACCTTCTGTTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CCTATGAAAGTCCCAAA         AAGCCGGGCAGAGAAATCGAGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 168375 CCTATGAAAGTCCCAAAGTA...TAGAAGCCGGGCAGAGAAATCGAGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GAAAATGACCTAAAGTCATTACAGTTTTATTCTGTGGAAAATGGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168645 GAAAATGACCTAAAGTCATTACAGTTTTATTCTGTGGAAAATGGAGATTG

   1700     .    :    .
   1566 TCTATTAGTGCGATGG
        ||||||||||||||||
 168695 TCTATTAGTGCGATGG