seq1 = pF1KE4129.tfa, 1578 bp
seq2 = pF1KE4129/gi568815594f_26484194.tfa (gi568815594f:26484194_26854944), 370751 bp

>pF1KE4129 1578
>gi568815594f:26484194_26854944 (Chr4)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-172  (128976-129048)   100% ->
173-218  (130215-130260)   100% ->
219-294  (136420-136495)   100% ->
295-369  (153018-153092)   100% ->
370-433  (154578-154641)   98% ->
434-480  (155948-155994)   100% ->
481-591  (175404-175514)   100% ->
592-664  (182140-182212)   100% ->
665-703  (187956-187994)   97% ->
704-816  (189583-189695)   100% ->
817-891  (199482-199556)   100% ->
892-954  (204152-204214)   100% ->
955-1039  (233740-233824)   100% ->
1040-1084  (235888-235932)   100% ->
1085-1117  (251262-251294)   100% ->
1118-1227  (255671-255780)   100% ->
1228-1319  (258315-258406)   100% ->
1320-1435  (264218-264333)   100% ->
1436-1506  (269627-269697)   100% ->
1507-1578  (270680-270751)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCAGGAGGAGTCGGACCTCTCTCTCATTATTGCCCAGATAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCAGGAGGAGTCGGACCTCTCTCTCATTATTGCCCAGATAGTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGCTCAAGGGCTCCAATTTGTACTCTCAGCTGGAACGGCAGGCCTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 AAAGCTCAAGGGCTCCAATTTGTACTCTCAGCTGGAACGGCAGGCCTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GCCAGTCTTCAGAGACCTGAGATTAAACTTGAATCACTGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...TAGGCCAGTCTTCAGAGACCTGAGATTAAACTTGAATCACTGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGATATTAAGGAATTCTTTAAAATATCAG         GTTGGGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 129018 GAAGATATTAAGGAATTCTTTAAAATATCAGGTT...CAGGTTGGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAACTTCAGAATGCTGTTTATAGTGAACTGAGTGT         GTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130225 GAAACTTCAGAATGCTGTTTATAGTGAACTGAGTGTGTG...TAGGTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTTTACCTAGTCATCCTGCTGCACCTCCTGAACATCTTAAAGAACCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136425 CTTTACCTAGTCATCCTGCTGCACCTCCTGAACATCTTAAAGAACCTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTATACATGAGGAAAGCACAG         GGAAGTTGGGAAAAAAGAAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136475 GTATACATGAGGAAAGCACAGGTT...CAGGGAAGTTGGGAAAAAAGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTTGAAGAGTTTAAATAGTATGTGCACTGAACTGAGTATCCCACTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153038 TTTGAAGAGTTTAAATAGTATGTGCACTGAACTGAGTATCCCACTGGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAAAG         AGGCCAGTTGGGGAACAGAAAGAACTTCTTAATAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 153088 GAAAGGTA...CAGAGGCCAGTTGGAGAACAGAAAGAACTTCTTAATAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TGGAATGAAATGGGAACTGATGAACCAG         ATTTAAGCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 154614 TGGAATGAAATGGGAACTGATGAACCAGGTA...TAGATTTAAGCCTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CAGACCTGTTTATGCACCTAAGGATTTTCTTGAG         GTATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 155961 CAGACCTGTTTATGCACCTAAGGATTTTCTTGAGGTA...AAGGTATTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TTAATCTTCGCAACCCAAATTATGAAAACGGTGATTCTCTTAGTTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175411 TTAATCTTCGCAACCCAAATTATGAAAACGGTGATTCTCTTAGTTTCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 ACTCATTTGGGTTTAATTCAAGTTCCACTGAAAGTAAAAGACATCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175461 ACTCATTTGGGTTTAATTCAAGTTCCACTGAAAGTAAAAGACATCCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ATTG         AAAGAATGCTTTGTGGAACTTGGCTTAAATATAGGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175511 ATTGGTA...CAGAAAGAATGCTTTGTGGAACTTGGCTTAAATATAGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 AACTGGGTATAGATGATTCTACACAAGTGCCTCCTG         AACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 182177 AACTGGGTATAGATGATTCTACACAAGTGCCTCCTGGTT...TAGAACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 TTTGAAAATGAGCATGTACGTATTGGGCAAAAAG         TTCTAGC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 187961 TTTGAAAATGAACATGTACGTATTGGGCAAAAAGGTA...TAGTTCTAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 AGAACAAGATAGTGCTGCTGCTCAACAGTACATCAGACAAGGAAGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189590 AGAACAAGATAGTGCTGCTGCTCAACAGTACATCAGACAAGGAAGTCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 CGGCACTGAGAGCTGAATTGTGGGCTCTCATTTTGAATATTTCCAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189640 CGGCACTGAGAGCTGAATTGTGGGCTCTCATTTTGAATATTTCCAGCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CCTGAG         GATGTCTTGTATTATGAGCAGCTTAAGACCAATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189690 CCTGAGGTA...TAGGATGTCTTGTATTATGAGCAGCTTAAGACCAATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 GATACAACATGACCTTTTGGTGGACAGTCTAATCTATAAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 199517 GATACAACATGACCTTTTGGTGGACAGTCTAATCTATAAAGTA...TAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 ATGTGAAGTTGACAGCAAGCAATGATGATTATTATTTTGTATTTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204153 ATGTGAAGTTGACAGCAAGCAATGATGATTATTATTTTGTATTTGAAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 TATTTATATCAG         GTATTACTTTGTTTTTCCCGGGATACATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 204203 TATTTATATCAGGTA...CAGGTATTACTTTGTTTTTCCCGGGATACATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 TGTGTTGAGTCACTTTGCATTCAACAGTGCCTCGCCACCAAAATCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233769 TGTGTTGAGTCACTTTGCATTCAACAGTGCCTCGCCACCAAAATCATACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 TAAGAG         GAAAACTAGGACTGGAAGAATATGCTGTCTTTTAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233819 TAAGAGGTA...TAGGAAAACTAGGACTGGAAGAATATGCTGTCTTTTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 CCACCAAATG         GTGTTATCCCTTTTCATGGATTTTCAATGTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 235923 CCACCAAATGGTA...TAGGTGTTATCCCTTTTCATGGATTTTCAATGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1116 TG         TTGCACCACTTTGTTTTCTATACCATGAACCTTCCAAAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251293 TGGTA...CAGTTGCACCACTTTGTTTTCTATACCATGAACCTTCCAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1157 TGTATCAGATATTCCGTGAGATGTATGTGCGTTTTTTCTTCAGACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255710 TGTATCAGATATTCCGTGAGATGTATGTGCGTTTTTTCTTCAGACTCCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207 TCCATCTCTTCTCATCCTTCT         GGTATTGTGTCACTCTGTCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 255760 TCCATCTCTTCTCATCCTTCTGTA...CAGGGTATTGTGTCACTCTGTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1248 GCTGTTTGAAACTCTTCTTCAAACTTATCTTCCCCAACTCTTTTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258335 GCTGTTTGAAACTCTTCTTCAAACTTATCTTCCCCAACTCTTTTATCATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1298 TACGAGAAATTGGGGCTCAACC         ACTTCGCATATCATTTAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 258385 TACGAGAAATTGGGGCTCAACCGTG...TAGACTTCGCATATCATTTAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1339 TGGATGGTTCGAGCTTTCTCTGGATACTTAGCTACAGATCAGCTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264237 TGGATGGTTCGAGCTTTCTCTGGATACTTAGCTACAGATCAGCTCTTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1389 TTTATGGGATAGAATCCTAGGATACAACTCTCTGGAAATTCTTGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 264287 TTTATGGGATAGAATCCTAGGATACAACTCTCTGGAAATTCTTGCTGGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1436       TGCTGGCAGCTGCCGTGTTTGCTTTCCGAGCAGTGAACCTGATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264337 ...CAGTGCTGGCAGCTGCCGTGTTTGCTTTCCGAGCAGTGAACCTGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480 GAGGTGACATCACTGGCTGCAGCTGAA         GCAGTTCTTGCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 269671 GAGGTGACATCACTGGCTGCAGCTGAAGTA...CAGGCAGTTCTTGCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1521 CCTTTCTACTTTAAAAGTTATGCCTCTTCTTCAGATTTTTCTGTTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270694 CCTTTCTACTTTAAAAGTTATGCCTCTTCTTCAGATTTTTCTGTTTGCTA

   1750     .
   1571 CTGTCACC
        ||||||||
 270744 CTGTCACC