seq1 = pF1KE4127.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE4127/gi568815597r_155976577.tfa (gi568815597r:155976577_156181998), 205422 bp

>pF1KE4127 1560
>gi568815597r:155976577_156181998 (Chr1)

(complement)

1-454  (100001-100454)   100% ->
455-1560  (104317-105422)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTAGTCTAGTGGTATCTGGAATAATGGAAAGAAATGGGGGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTAGTCTAGTGGTATCTGGAATAATGGAAAGAAATGGGGGCTTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAACTAGGATGTTTCGGGGGAAGCGCTAAGGACCGAGGGCTGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAACTAGGATGTTTCGGGGGAAGCGCTAAGGACCGAGGGCTGCTGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGCGCGCCCTTCAGCTGGCTCTCGATCAACTCTGCCTCCTGGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGAGCGCGCCCTTCAGCTGGCTCTCGATCAACTCTGCCTCCTGGGTTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGAGCCCCCCGCCCCCACGGCGGGCGAGGACGGGGGAGGTGGGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGAGCCCCCCGCCCCCACGGCGGGCGAGGACGGGGGAGGTGGGGGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCGCCCCCGCGCAGCCGGCCGCCCCCCCGCAGCCGGCCCCGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCGCCCCCGCGCAGCCGGCCGCCCCCCCGCAGCCGGCCCCGCCGCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCCCGCGGCGCCCCCGGCCGCCCCGACGGCGGCCCCCGCAGCGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCCCGCGGCGCCCCCGGCCGCCCCGACGGCGGCCCCCGCAGCGCAGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCAGCCCCCCACCGCCCCCAAAGGGGCGAGCGACGCCAAGCTCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCCAGCCCCCCACCGCCCCCAAAGGGGCGAGCGACGCCAAGCTCTGCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCTCTACAAAGAGGCCGAGCTGCGCCTGAAGGGCAGCAGCAACACCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTCTACAAAGAGGCCGAGCTGCGCCTGAAGGGCAGCAGCAACACCACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGTGTGTTCCCGTGCCCACCTCCGAGCACGTGGCCGAGATCGTGGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGTGTGTTCCCGTGCCCACCTCCGAGCACGTGGCCGAGATCGTGGGCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAAG         GCTGCAAGATTAAGGCCTTGAGGGCCAAGACCAACAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAAGGTA...CAGGCTGCAAGATTAAGGCCTTGAGGGCCAAGACCAACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACATCAAGACACCGGTGAGGGGCGAGGAACCAGTGTTCATGGTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104354 CTACATCAAGACACCGGTGAGGGGCGAGGAACCAGTGTTCATGGTGACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGCGACGGGAGGACGTGGCCACAGCCCGGCGGGAAATCATCTCAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104404 GGCGACGGGAGGACGTGGCCACAGCCCGGCGGGAAATCATCTCAGCAGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGCACTTCTCCATGATCCGTGCCTCCCGCAACAAGTCAGGCGCCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104454 GAGCACTTCTCCATGATCCGTGCCTCCCGCAACAAGTCAGGCGCCGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGGTGTGGCTCCTGCTCTGCCCGGCCAGGTGACCATCCGTGTGCGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104504 TGGTGTGGCTCCTGCTCTGCCCGGCCAGGTGACCATCCGTGTGCGGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCTACCGCGTGGTGGGGCTGGTGGTGGGCCCCAAAGGGGCAACCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104554 CCTACCGCGTGGTGGGGCTGGTGGTGGGCCCCAAAGGGGCAACCATCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGCATCCAGCAGCAAACCAACACATACATTATCACACCAAGCCGTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104604 CGCATCCAGCAGCAAACCAACACATACATTATCACACCAAGCCGTGACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CGACCCCGTGTTCGAGATCACGGGTGCCCCAGGCAACGTGGAGCGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104654 CGACCCCGTGTTCGAGATCACGGGTGCCCCAGGCAACGTGGAGCGTGCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCGAGGAGATCGAGACGCACATCGCGGTGCGCACTGGCAAGATCCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104704 GCGAGGAGATCGAGACGCACATCGCGGTGCGCACTGGCAAGATCCTCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TACAACAATGAAAACGACTTCCTGGCGGGGAGCCCCGACGCAGCAATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104754 TACAACAATGAAAACGACTTCCTGGCGGGGAGCCCCGACGCAGCAATCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TAGCCGCTACTCCGACGCCTGGCGGGTGCACCAGCCCGGCTGCAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104804 TAGCCGCTACTCCGACGCCTGGCGGGTGCACCAGCCCGGCTGCAAGCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCTCCACCTTCCGGCAGAACAGCCTGGGCTGCATCGGCGAGTGCGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104854 TCTCCACCTTCCGGCAGAACAGCCTGGGCTGCATCGGCGAGTGCGGAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GACTCTGGCTTTGAGGCCCCACGCCTGGGTGAGCAGGGCGGGGACTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104904 GACTCTGGCTTTGAGGCCCCACGCCTGGGTGAGCAGGGCGGGGACTTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTACGGCGGGTACCTCTTTCCGGGCTATGGCGTGGGCAAGCAGGATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104954 CTACGGCGGGTACCTCTTTCCGGGCTATGGCGTGGGCAAGCAGGATGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACTACGGCGTGGCCGAGACTAGCCCCCCGCTGTGGGCGGGCCAGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105004 ACTACGGCGTGGCCGAGACTAGCCCCCCGCTGTGGGCGGGCCAGGAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCCACGCCCACCTCCGTGCTCTTCTCCTCTGCCTCCTCCTCCTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105054 GCCACGCCCACCTCCGTGCTCTTCTCCTCTGCCTCCTCCTCCTCCTCCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TTCCGCCAAGGCCCGCGCTGGGCCCCCGGGCGCACACCGCTCCCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105104 TTCCGCCAAGGCCCGCGCTGGGCCCCCGGGCGCACACCGCTCCCCTGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CTTCCGCGGGACCCGAGCTGGCCGGACTCCCGAGGCGCCCCCCGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105154 CTTCCGCGGGACCCGAGCTGGCCGGACTCCCGAGGCGCCCCCCGGGAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCGCTCCAGGGCTTCTCTAAACTTGGTGGGGGCGGCCTGCGGAGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105204 CCGCTCCAGGGCTTCTCTAAACTTGGTGGGGGCGGCCTGCGGAGCCCCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CGGCGGGCGGGATTGCATGGTCTGCTTTGAGAGCGAAGTGACTGCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105254 CGGCGGGCGGGATTGCATGGTCTGCTTTGAGAGCGAAGTGACTGCCGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TTGTGCCCTGCGGACACAACCTGTTCTGCATGGAGTGTGCAGTACGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105304 TTGTGCCCTGCGGACACAACCTGTTCTGCATGGAGTGTGCAGTACGCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TGCGAGAGGACGGACCCAGAGTGTCCCGTCTGCCACATCACAGCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105354 TGCGAGAGGACGGACCCAGAGTGTCCCGTCTGCCACATCACAGCCACGCA

   1550     .    :    .
   1542 AGCCATCCGAATATTCTCC
        |||||||||||||||||||
 105404 AGCCATCCGAATATTCTCC