seq1 = pF1KE4123.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE4123/gi568815597r_110417255.tfa (gi568815597r:110417255_110618787), 201533 bp

>pF1KE4123 1533
>gi568815597r:110417255_110618787 (Chr1)

(complement)

1-1533  (100001-101533)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTGTGTGGCTGGAAAGAAATGGAGGTTGCGCTGGTCAATTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGTGTGTGGCTGGAAAGAAATGGAGGTTGCGCTGGTCAATTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAATTCAGATGAAATCCAAGAAGAGCCAGGCTATGCCACAGACTTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAATTCAGATGAAATCCAAGAAGAGCCAGGCTATGCCACAGACTTCGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAACCAGCCCAAAAGGCCGGCCTGGGGGCAGCTCCTTCTCCAACGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAACCAGCCCAAAAGGCCGGCCTGGGGGCAGCTCCTTCTCCAACGGGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCTCATCAGCGAAAGCACCAACCATGAGACGGCCTTCTCCAAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCTCATCAGCGAAAGCACCAACCATGAGACGGCCTTCTCCAAGCTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGAGACTATGCTGACCCCCCAGGGCCTGAGCCAGTGGTCCTAAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGAGACTATGCTGACCCCCCAGGGCCTGAGCCAGTGGTCCTAAATGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAAACCAGCGGGTGATCATCAACATTGCTGGGCTGAGATTTGAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAAACCAGCGGGTGATCATCAACATTGCTGGGCTGAGATTTGAGACCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCAGAACCCTTAGTCAGTTCCCAGAGACTCTCCTGGGAGACCGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100301 CTCAGAACCCTTAGTCAGTTCCCAGAGACTCTCCTGGGAGACCGGGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAGGATGCAGTTCTTTGACTCCATGAGAAATGAGTATTTCTTTGATCGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100351 AAGGATGCAGTTCTTTGACTCCATGAGAAATGAGTATTTCTTTGATCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCGGCCCAGTTTTGATGGAATCCTATATTATTACCAATCTGGTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCGGCCCAGTTTTGATGGAATCCTATATTATTACCAATCTGGTGGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTCGGCGCCCAGCCAATGTTCCCATTGATATCTTTGCTGATGAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTCGGCGCCCAGCCAATGTTCCCATTGATATCTTTGCTGATGAAATCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCTATGAGCTGGGTAGTGAGGCCATGGACCAGTTCCGGGAGGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCTATGAGCTGGGTAGTGAGGCCATGGACCAGTTCCGGGAGGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTTCATCAAAGACCCTGAAACACTGCTACCCACCAATGACATCCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTTCATCAAAGACCCTGAAACACTGCTACCCACCAATGACATCCACCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGTTCTGGCTCCTCTTTGAGTACCCTGAAAGTTCCAGCGCTGCCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGTTCTGGCTCCTCTTTGAGTACCCTGAAAGTTCCAGCGCTGCCCGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTGGCCGTGGTCTCGGTGTTGGTTGTGGTCATCTCCATCACCATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTGGCCGTGGTCTCGGTGTTGGTTGTGGTCATCTCCATCACCATCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCTGGAGACACTGCCAGAGTTCCGGGAGGATAGGGAGCTGAAGGTGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100701 GCCTGGAGACACTGCCAGAGTTCCGGGAGGATAGGGAGCTAAAGGTGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGAGACCCCAATCTCAACATGAGCAAGACAGTCCTCTCCCAGACCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGAGACCCCAATCTCAACATGAGCAAGACAGTCCTCTCCCAGACCATGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACCGACCCTTTCTTCATGGTGGAGTCTACCTGCATCGTGTGGTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACCGACCCTTTCTTCATGGTGGAGTCTACCTGCATCGTGTGGTTCACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCGAGCTGGTGCTCCGGTTCGTGGTCTGCCCCAGCAAGACTGACTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCGAGCTGGTGCTCCGGTTCGTGGTCTGCCCCAGCAAGACTGACTTCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGGAACATCATGAACATCATTGACATCATCTCCATTATCCCCTACTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGAACATCATGAACATCATTGACATCATCTCCATTATCCCCTACTTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AACTCTCATCACAGAGCTAGTCCAGGAGACAGAGCCGAGTGCCCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AACTCTCATCACAGAGCTAGTCCAGGAGACAGAGCCGAGTGCCCAACAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACATGTCCCTGGCCATCCTGAGGATCATCCGCCTGGTGAGGGTCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACATGTCCCTGGCCATCCTGAGGATCATCCGCCTGGTGAGGGTCTTCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATCTTCAAGCTCTCGCGCCACTCCAAGGGGCTGCAGATCCTCGGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATCTTCAAGCTCTCGCGCCACTCCAAGGGGCTGCAGATCCTCGGGCAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 ACTGAAGGCGTCCATGCGGGAGTTGGGGTTGCTCATCTTCTTTCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 ACTGAAGGCGTCCATGCGGGAGTTGGGGTTGCTCATCTTCTTTCTCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TTGGAGTCATCCTCTTCTCCAGTGCAGTCTACTTTGCTGAGGTGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTGGAGTCATCCTCTTCTCCAGTGCAGTCTACTTTGCTGAGGTGGATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCAGAGTCCCATTTCTCTAGCATTCCTGATGGCTTCTGGTGGGCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCAGAGTCCCATTTCTCTAGCATTCCTGATGGCTTCTGGTGGGCAGTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CACCATGACAACTGTAGGCTATGGGGACATGTGCCCGACCACCCCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CACCATGACAACTGTAGGCTATGGGGACATGTGCCCGACCACCCCAGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGAAGATTGTGGGCACTCTGTGTGCCATTGCAGGGGTCCTCACCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GGAAGATTGTGGGCACTCTGTGTGCCATTGCAGGGGTCCTCACCATTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CTCCCTGTGCCTGTCATTGTCTCCAACTTCAATTACTTCTACCACCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CTCCCTGTGCCTGTCATTGTCTCCAACTTCAATTACTTCTACCACCGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GACTGAGAATGAAGAAAAGCAGAACATCCCAGGAGAAATTGAAAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GACTGAGAATGAAGAAAAGCAGAACATCCCAGGAGAAATTGAAAGAATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TCAACAGTGTAGGCTCAAGAATGGGCAGCACAGACTCTCTTAATAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TCAACAGTGTAGGCTCAAGAATGGGCAGCACAGACTCTCTTAATAAGACC

   1500     .    :    .    :    .    :
   1501 AATGGTGGCTGTTCCACAGAGAAGTCTAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 AATGGTGGCTGTTCCACAGAGAAGTCTAGGAAA