seq1 = pF1KE4122.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KE4122/gi568815592f_37157918.tfa (gi568815592f:37157918_37431169), 273252 bp

>pF1KE4122 1515
>gi568815592f:37157918_37431169 (Chr6)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-113  (111677-111733)   100% ->
114-421  (121387-121694)   100% ->
422-601  (124268-124447)   99% ->
602-672  (124965-125035)   100% ->
673-801  (126419-126547)   99% ->
802-867  (129090-129155)   100% ->
868-982  (133326-133440)   100% ->
983-1089  (155001-155107)   100% ->
1090-1165  (155899-155974)   100% ->
1166-1293  (158786-158913)   100% ->
1294-1389  (159194-159289)   100% ->
1390-1515  (173127-173252)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTGAGAACAGCAAGCAGTTTTGGAAGAGGAGCGCTAAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCTGAGAACAGCAAGCAGTTTTGGAAGAGGAGCGCTAAGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGAG         CATTCAGCCTGTATATGGAGCACAGCATCCTCCTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGAGGTG...TAGCATTCAGCCTGTATATGGAGCACAGCATCCTCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGACCCACGGCTCACCAAAAA         TTTCATTAAAGAACGATCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111712 TTGACCCACGGCTCACCAAAAAGTA...AAGTTTCATTAAAGAACGATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAGTCAACACAGTTCCTCTGAAGAATAAGAAGGCCTCCAGTTTTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121406 AAAGTCAACACAGTTCCTCTGAAGAATAAGAAGGCCTCCAGTTTTCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTTTGCACGGAATACCAGTGATGCTTGGGACATTGGCGATGATGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121456 GTTTGCACGGAATACCAGTGATGCTTGGGACATTGGCGATGATGAGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGACTTTTCCTCACCTTCTTTCCAAACTCTGAACTCAAAAGTTGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121506 AGGACTTTTCCTCACCTTCTTTCCAAACTCTGAACTCAAAAGTTGCTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAACTGCAGCCCAAGTTCTAGAAAACCACAGCAAGCTGAGAGTAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121556 GCAACTGCAGCCCAAGTTCTAGAAAACCACAGCAAGCTGAGAGTAAAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAACGGTCCCAGTCAACGACATCGGACGTCCCTGCCAACTACAAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121606 AGAACGGTCCCAGTCAACGACATCGGACGTCCCTGCCAACTACAAGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAAAGTCCAGCAGTGATGCCCAGCTGTCCAGAAACTCTA         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 121656 TAAAGTCCAGCAGTGATGCCCAGCTGTCCAGAAACTCTAGTA...CAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATACATGCCTGAGGAACCCACTCCACAAACAGCAATCACTCCCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124270 GATACATGCCTGAGGAACCCACTCCACAAACAGCAATCACTCCCTCTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCCATCATCCCCCTCGTTGCCCGGATCTCGGATCAGAACGCTTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124320 GCCCATCATCCCCCTCGTTGCCCGGATCTCGGATCAGAACGCTTCTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCCCCCAATGACTGTCCGGGAGAAAACCCGCCTAGAAAAATTCCGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 124370 CCCCCCCAATGACTGTCCGGGAGAAAACCCGCCTAGAAAAATTCCGTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTTCTCTCCAGCCAGAACACTGACTTAG         ATGAACTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124420 CTTCTCTCCAGCCAGAACACTGACTTAGGTG...CAGATGAACTGAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGTAGCTGGCCAGGGGTTCCCAGGGAGGTTCGACCTATAACCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124978 GTGTAGCTGGCCAGGGGTTCCCAGGGAGGTTCGACCTATAACCTGGAGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCTGTCG         GGCTATCTCCCAGCAAACACTGAGAGGAGGAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 125028 TCCTGTCGGTG...TAGGGCTATCTCCCAGCAAACACTGAGAGGAGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGACCCTGCAGCGGAAGCGGGAGGAATATTTTGGCTTCATTGAACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126452 TTGACCCTGCAGCGGAAGCGGGAGGAATATTTTGGCTTCATTGAACAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTATGACTCTCGAAATGAGGAACATCACCAGGATACCTACAGACAG    
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 126502 TTATGACTCTCGAAACGAGGAACATCACCAGGATACCTACAGACAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      ATTCACATTGACATTCCAAGGACGAATCCTCTCATTCCGTTGTTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126552 ..CAGATTCACATTGACATTCCAAGGACGAATCCTCTCATTCCGTTGTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGCAACCACTTGTACAGGAG         ATCTTTGAAAGAATTCTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 129135 CAGCAACCACTTGTACAGGAGGTG...TAGATCTTTGAAAGAATTCTATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TATTTGGGCCATCCGCCACCCTGCCAGTGGGTATGTCCAGGGAATTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133346 TATTTGGGCCATCCGCCACCCTGCCAGTGGGTATGTCCAGGGAATTAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCTGGTCACTCCATTCTTTGTCGTCTTCCTCTCAGAATATGTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 133396 ACCTGGTCACTCCATTCTTTGTCGTCTTCCTCTCAGAATATGTGGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983     AAGAGGATGTGGAGAACTTTGACGTGACCAACTTGTCTCAAGACAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133446 .CAGAAGAGGATGTGGAGAACTTTGACGTGACCAACTTGTCTCAAGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTGCGAAGCATTGAGGCTGACAGCTTTTGGTGCATGAGCAAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155047 GCTGCGAAGCATTGAGGCTGACAGCTTTTGGTGCATGAGCAAGCTGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGGAATCCAG         GATAACTACACCTTTGCACAACCAGGAATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 155097 ATGGAATCCAGGTG...CAGGATAACTACACCTTTGCACAACCAGGAATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGAAGAAGGTGAAGGCACTGGAAGAGCTTGTCAGCCGGATTGATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 155929 CAGAAGAAGGTGAAGGCACTGGAAGAGCTTGTCAGCCGGATTGATGGTA.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166      AGCAGGTACATAATCACTTCAGGAGGTACGAGGTAGAATACCTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155979 ..CAGAGCAGGTACATAATCACTTCAGGAGGTACGAGGTAGAATACCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGTTTGCCTTCCGCTGGATGAACAACCTGCTTATGCGGGAGCTTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158831 AGTTTGCCTTCCGCTGGATGAACAACCTGCTTATGCGGGAGCTTCCTCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGCTGCACCATCCGCCTGTGGGACACATATCAG         TCTGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 158881 CGCTGCACCATCCGCCTGTGGGACACATATCAGGTA...CAGTCTGAACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGAAGGGTTCTCCCACTTTCATCTCTACGTGTGTGCAGCCTTCTTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159202 AGAAGGGTTCTCCCACTTTCATCTCTACGTGTGTGCAGCCTTCTTGATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGTGGAGGAAAGAGATCTTGGATGAGGAGGATTTTCAG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 159252 AGTGGAGGAAAGAGATCTTGGATGAGGAGGATTTTCAGGTG...CAGGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTCCTCATGCTGCTACAGAACCTACCTACAATACACTGGGGCAACGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173130 CTCCTCATGCTGCTACAGAACCTACCTACAATACACTGGGGCAACGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AATTGGGCTGCTTCTCGCCGAGGCATACAGACTCAAGTACATGTTTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173180 AATTGGGCTGCTTCTCGCCGAGGCATACAGACTCAAGTACATGTTTGCCG

   1600     .    :    .    :
   1493 ATGCCCCAAATCACTACCGCCGA
        |||||||||||||||||||||||
 173230 ATGCCCCAAATCACTACCGCCGA