seq1 = pF1KE4121.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KE4121/gi568815591f_66671881.tfa (gi568815591f:66671881_66909281), 237401 bp

>pF1KE4121 1515
>gi568815591f:66671881_66909281 (Chr7)

1-25  (84173-84197)   100% ->
26-221  (100003-100198)   100% ->
222-388  (103347-103513)   100% ->
389-555  (111795-111961)   100% ->
556-637  (123631-123712)   100% ->
638-770  (125494-125626)   100% ->
771-862  (127443-127534)   100% ->
863-1119  (133260-133516)   100% ->
1120-1515  (137006-137401)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCGTCTTCATACCATGAAG         TGGTTAGCAGGAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  84173 ATGATGGCGTCTTCATACCATGAAGGTG...CAGTGGTTAGCAGGAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATGAGCCTTAAGTCTGAACGCCGAGGAATTCATGTGGATCAATCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 GATGAGCCTTAAGTCTGAACGCCGAGGAATTCATGTGGATCAATCGGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTGTGCAAGAAAGGATGTGGTTACTACGGCAACCCTGCCTGGCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 TCCTGTGCAAGAAAGGATGTGGTTACTACGGCAACCCTGCCTGGCAGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCTGCTCCAAGTGCTGGAGGGAAGAGTACCACAAAGCCAGGCAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 TTCTGCTCCAAGTGCTGGAGGGAAGAGTACCACAAAGCCAGGCAGAAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTCAGGAGGACTGGGAGCTGGCGGAGCG         ACTCCAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100169 GATTCAGGAGGACTGGGAGCTGGCGGAGCGGTA...CAGACTCCAGCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGAAGAAGAGGCCTTTGCCAGCAGTCAGAGCAGCCAAGGGGCCCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103358 AGGAAGAAGAGGCCTTTGCCAGCAGTCAGAGCAGCCAAGGGGCCCAATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCACATTCTCCAAGTTTGAAGAAAAGAAAACCAACGAGAAGACCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103408 CTCACATTCTCCAAGTTTGAAGAAAAGAAAACCAACGAGAAGACCCGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTTACCACAGTGAAGAAATTCTTCAGTGCATCTTCCAGGGTCGGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103458 GGTTACCACAGTGAAGAAATTCTTCAGTGCATCTTCCAGGGTCGGATCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAAGG         AAATTCAGGAAGCAAAAGCTCCCAGTCCTTCCATA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103508 AGAAGGGTA...CAGAAATTCAGGAAGCAAAAGCTCCCAGTCCTTCCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACCGGCAAACCAGCATTGAAACGGATAGAGTGTCTAAGGAGTTCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111830 AACCGGCAAACCAGCATTGAAACGGATAGAGTGTCTAAGGAGTTCATAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTTCTCAAGACCTTCCACAAGACAGGCCAAGAAATCTATAAACAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111880 ATTTCTCAAGACCTTCCACAAGACAGGCCAAGAAATCTATAAACAGACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGTTTTTGGAAGGAATGCATTACAAAAGG         GATCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111930 AGCTGTTTTTGGAAGGAATGCATTACAAAAGGGTA...CAGGATCTAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGAAGAACAGTCAGAGTGTGCTCAGGATTTCTACCACAATGTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123640 ATTGAAGAACAGTCAGAGTGTGCTCAGGATTTCTACCACAATGTGGCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAGGATGCAAACTCGTGGGAAAG         TGCCTCCAGAAAGAGTCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 123690 AAGGATGCAAACTCGTGGGAAAGGTA...CAGTGCCTCCAGAAAGAGTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAAGATAATGGATCAGATTGAAAAGTACATCATGACTCGTCTCTATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125512 AGAAGATAATGGATCAGATTGAAAAGTACATCATGACTCGTCTCTATAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATGTATTCTGTCCAGAAACTACTGATGATGAGAAGAAAGATCTTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125562 TATGTATTCTGTCCAGAAACTACTGATGATGAGAAGAAAGATCTTGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCAAAAGAGAATCAG         AGCCCTGCGCTGGGTTACGCCTCAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125612 TCAAAAGAGAATCAGGTA...TAGAGCCCTGCGCTGGGTTACGCCTCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTGTGTGTCCCTGTTAATGAAGACATCCCAGAAGTGTCTGATATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127469 TGCTGTGTGTCCCTGTTAATGAAGACATCCCAGAAGTGTCTGATATGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGAAGGCGATCACAG         ATATCATTGAAATGGATTCCAAGCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127519 GTGAAGGCGATCACAGGTC...TAGATATCATTGAAATGGATTCCAAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTGCCTCGAGACAAGCTGGCCTGCATCACCAAGTGCAGCAAGCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133285 TGTGCCTCGAGACAAGCTGGCCTGCATCACCAAGTGCAGCAAGCACATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAATGCCATCAAGATCACCAAGAATGAGCCGGCGTCAGCGGATGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133335 TCAATGCCATCAAGATCACCAAGAATGAGCCGGCGTCAGCGGATGACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCCCCACCCTCATCTACATTGTTTTGAAGGGCAACCCCCCACGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133385 CTCCCCACCCTCATCTACATTGTTTTGAAGGGCAACCCCCCACGCCTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTCTAATATCCAGTATATCACGCGCTTCTGCAATCCAAGCCGACTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133435 GTCTAATATCCAGTATATCACGCGCTTCTGCAATCCAAGCCGACTGATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTGGAGAGGATGGCTACTATTTCACCAATCTG         TGCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 133485 CTGGAGAGGATGGCTACTATTTCACCAATCTGGTG...TAGTGCTGTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGGCTTTCATTGAGAAGCTAGACGCCCAGTCTTTGAATCTAAGTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137015 GTGGCTTTCATTGAGAAGCTAGACGCCCAGTCTTTGAATCTAAGTCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGATTTTGATCGCTACATGTCTGGCCAGACCTCTCCCAGGAAGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137065 GGATTTTGATCGCTACATGTCTGGCCAGACCTCTCCCAGGAAGCAAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGAGAGTTGGTCTCCTGATGCTTGCTTAGGCGTCAAGCAAATGTATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137115 CTGAGAGTTGGTCTCCTGATGCTTGCTTAGGCGTCAAGCAAATGTATAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AACTTGGATCTCTTGTCTCAGTTGAATGAACGACAAGAAAGGATCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137165 AACTTGGATCTCTTGTCTCAGTTGAATGAACGACAAGAAAGGATCATGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGAAGCCAAGAAACTGGAAAAAGACCTCATAGATTGGACAGATGGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137215 TGAAGCCAAGAAACTGGAAAAAGACCTCATAGATTGGACAGATGGAATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAAGAGAAGTTCAAGACATCGTTGAGAAATACCCACTGGAAATTAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137265 CAAGAGAAGTTCAAGACATCGTTGAGAAATACCCACTGGAAATTAAGCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCGAATCAACCGTTAGCAGCTATTGACTCTGAAAACGTTGAAAATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137315 CCGAATCAACCGTTAGCAGCTATTGACTCTGAAAACGTTGAAAATGATAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1479 ACTTCCTCCACCACTGCAACCTCAAGTTTATGCAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137365 ACTTCCTCCACCACTGCAACCTCAAGTTTATGCAGGA