seq1 = pF1KE4120.tfa, 1509 bp
seq2 = pF1KE4120/gi568815597f_173770226.tfa (gi568815597f:173770226_173986121), 215896 bp

>pF1KE4120 1509
>gi568815597f:173770226_173986121 (Chr1)

1-923  (100001-100923)   100% ->
924-1023  (103242-103341)   100% ->
1024-1509  (115411-115896)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAAAGGTGGGAACATACAATTGGAGATTCCTGACTTCAGCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAAAGGTGGGAACATACAATTGGAGATTCCTGACTTCAGCAACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCCTGAGCCATCTAAACCAGTTGCGCATGCAGGGCCGTCTCTGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCCTGAGCCATCTAAACCAGTTGCGCATGCAGGGCCGTCTCTGTGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTGGTCAATGTGCAAGGACAAGCTTTTCGGGCTCACAAAGTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTGGTCAATGTGCAAGGACAAGCTTTTCGGGCTCACAAAGTGGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGCCAGCTCCCCCTATTTCCGGGATCACATGTCCTTGAATGAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGCCAGCTCCCCCTATTTCCGGGATCACATGTCCTTGAATGAGATGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACAGTCTCCATTTCAGTCATCAAGAACCCTACTGTTTTTGAACAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACAGTCTCCATTTCAGTCATCAAGAACCCTACTGTTTTTGAACAGCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTCTTTCTGTTACACAGGGCGGATATGCCTGCAACTGGCAGATATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTCTTTCTGTTACACAGGGCGGATATGCCTGCAACTGGCAGATATCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCTACCTAACAGCTGCCAGTTTTCTGCAAATGCAGCATATTATAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCTACCTAACAGCTGCCAGTTTTCTGCAAATGCAGCATATTATAGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATGTACACAGATCCTGGAGGGCATTCATTTCAAAATTAATGTGGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATGTACACAGATCCTGGAGGGCATTCATTTCAAAATTAATGTGGCTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGAAGCAGAATTAAGTCAAACAAGGACAAAGCATCAAGAGAGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGAAGCAGAATTAAGTCAAACAAGGACAAAGCATCAAGAGAGACCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGTCTCACAGGGTTACACCAAATCTCAACCGCTCCCTTAGCCCACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGTCTCACAGGGTTACACCAAATCTCAACCGCTCCCTTAGCCCACGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAATACCCCAAAGGGAAACCGGCGAGGTCAGGTTAGTGCTGTGCTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAATACCCCAAAGGGAAACCGGCGAGGTCAGGTTAGTGCTGTGCTGGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCAGAGAGCTAAGTCCTCCTGAGGAGTCCACCAGCCCTCAGATCATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCAGAGAGCTAAGTCCTCCTGAGGAGTCCACCAGCCCTCAGATCATTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCAAGTTCTGATGTAGAGAGCCGGGAGCCCATTCTTCGGATCAACCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCAAGTTCTGATGTAGAGAGCCGGGAGCCCATTCTTCGGATCAACCGAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGGACAGTGGTATGTGGAGACAGGAGTGGCGGACCGTGGGGGTCGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGGACAGTGGTATGTGGAGACAGGAGTGGCGGACCGTGGGGGTCGGAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGATGAAGTTAGAGTTCTTGGAGCAGTACACATCAAAACTGAAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGATGAAGTTAGAGTTCTTGGAGCAGTACACATCAAAACTGAAAATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGGAGTGGCTTGGGCCTGAGAATCAGCCTTCTGGAGAAGATGGGAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAGGAGTGGCTTGGGCCTGAGAATCAGCCTTCTGGAGAAGATGGGAGTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCAGAGGAAGTAACAGCCATGGTGATTGATACCACAGGCCATGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCAGAGGAAGTAACAGCCATGGTGATTGATACCACAGGCCATGGTTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TAGGACAGGAAAATTATACTTTAGGGTCTTCAGGAGCCAAGGTGGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TAGGACAGGAAAATTATACTTTAGGGTCTTCAGGAGCCAAGGTGGCTCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCAACAAGCAGTGAAGTTGACAG         ATTTAGCCCCTCCGGCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100901 CCAACAAGCAGTGAAGTTGACAGGTA...CAGATTTAGCCCCTCCGGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTTGTTCCCTTGACAGAGAGACACAGAGCCAGAAGTGAGTCTCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103260 TGTTGTTCCCTTGACAGAGAGACACAGAGCCAGAAGTGAGTCTCCTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GAATGGATGAGCCTAAGCAACCCAGCTCCCAG         GTAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103310 GAATGGATGAGCCTAAGCAACCCAGCTCCCAGGTA...CAGGTAGAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCAGCAATGATGGGAGTAAGTGGCTATGTGGAGTATCTCCGAGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115420 TCAGCAATGATGGGAGTAAGTGGCTATGTGGAGTATCTCCGAGAGCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGTATCTGAGCGGTGGTTCCGGTACAACCCTCGTCTCACCTGCATCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115470 AGTATCTGAGCGGTGGTTCCGGTACAACCCTCGTCTCACCTGCATCTATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCGCCAAATCTTTCAACCAGAAGGGAAGCCTGGACCGCCACATGCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115520 GCGCCAAATCTTTCAACCAGAAGGGAAGCCTGGACCGCCACATGCGCCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CACATGGGGATCACACCATTCGTCTGCCGCATGTGTGGCAAGAAGTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115570 CACATGGGGATCACACCATTCGTCTGCCGCATGTGTGGCAAGAAGTATAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CCGGAAAGATCAGCTGGAGTATCATATCCGCAAGCACACAGGCAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115620 CCGGAAAGATCAGCTGGAGTATCATATCCGCAAGCACACAGGCAACAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCTTTCACTGTCATGTCTGTGGCAAAAGTTTCCCCTTCCAGGCCATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115670 CCTTTCACTGTCATGTCTGTGGCAAAAGTTTCCCCTTCCAGGCCATCTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AATCAGCACTTTCGCAAAAACCACCCTGGCTGTATACCCCTGGAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115720 AATCAGCACTTTCGCAAAAACCACCCTGGCTGTATACCCCTGGAGGGGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TCACAGCATCTCCCCTGAAACAACTGTCACATCTCGAGGACAAGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115770 TCACAGCATCTCCCCTGAAACAACTGTCACATCTCGAGGACAAGCTGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AAGAGTCACCTTCACAGGAAGAGACAGTTGCTCCTGGGGAAGCTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115820 AAGAGTCACCTTCACAGGAAGAGACAGTTGCTCCTGGGGAAGCTGTCCAG

   1500     .    :    .    :    .
   1483 GGCTCTGTGTCCACCACTGGGCCAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 115870 GGCTCTGTGTCCACCACTGGGCCAGAC