seq1 = pF1KE4112.tfa, 1449 bp
seq2 = pF1KE4112/gi568815587r_13288834.tfa (gi568815587r:13288834_13540008), 251175 bp

>pF1KE4112 1449
>gi568815587r:13288834_13540008 (Chr11)

(complement)

1-125  (100001-100125)   100% ->
126-322  (118171-118367)   100% ->
323-608  (120264-120549)   100% ->
609-711  (122749-122851)   100% ->
712-832  (126359-126479)   100% ->
833-1030  (134153-134350)   100% ->
1031-1141  (136731-136841)   100% ->
1142-1449  (150868-151175)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAAGGATGCTGACCTGGCTTTCAGTGCTTCATTGTTTGAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAAGGATGCTGACCTGGCTTTCAGTGCTTCATTGTTTGAAAGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGTCCCTTTATACTCTGATTTCAAAATTTTTTTCTTGTTTTTGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGTCCCTTTATACTCTGATTTCAAAATTTTTTTCTTGTTTTTGTGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTACCTTGGCATATACTAAAGGAAG         TACTTCCTCGCGTATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 CTACCTTGGCATATACTAAAGGAAGGTG...CAGTACTTCCTCGCGTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTAAAGGAGGAGTTGACCACACCAAAATGAGTCTACATGGTGCTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118187 GCTAAAGGAGGAGTTGACCACACCAAAATGAGTCTACATGGTGCTAGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGACATGAGAGATCAAGAGATAGACGAAGGTCAAGTGACAGATCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118237 GGGACATGAGAGATCAAGAGATAGACGAAGGTCAAGTGACAGATCACGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTCATCTCATGAAAGAACGGAGTCTCAGCTCACTCCTTGTATTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118287 ATTCATCTCATGAAAGAACGGAGTCTCAGCTCACTCCTTGTATTAGAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGACTTCTCCAACACGACAGCACCATGTTG         AACGAGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118337 GTGACTTCTCCAACACGACAGCACCATGTTGGTA...CAGAACGAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATCACAGTTCCTCTCGTCCAAGCAGTCCGCGTCCTCAAAAAGCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120274 AGATCACAGTTCCTCTCGTCCAAGCAGTCCGCGTCCTCAAAAAGCATCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAAATGGTTCCATTAGCAGTGCTGGGAACAGCAGCAGAAACAGTAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120324 CAAATGGTTCCATTAGCAGTGCTGGGAACAGCAGCAGAAACAGTAGTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAAGTTCAGATGGTAGCTGTAAGACAGCTGGGGAGATGGTGTTTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120374 TCAAGTTCAGATGGTAGCTGTAAGACAGCTGGGGAGATGGTGTTTGTATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAAAATGCAAAAGAAGGAGCTCGGAATATAAGAACGTCAGAACGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120424 TGAAAATGCAAAAGAAGGAGCTCGGAATATAAGAACGTCAGAACGAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CACTAATAGTGGATAACACTAGATTTGTTGTAGACCCATCCATTTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120474 CACTAATAGTGGATAACACTAGATTTGTTGTAGACCCATCCATTTTTACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCACAGCCAAATACAATGTTGGGCAG         GATGTTTGGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120524 GCACAGCCAAATACAATGTTGGGCAGGTT...TAGGATGTTTGGATCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCGAGAACATAACTTTACACGACCCAATGAGAAAGGAGAGTATGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122764 CCGAGAACATAACTTTACACGACCCAATGAGAAAGGAGAGTATGAGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGAGGGAATTGGTTCCACTGTGTTTCGAGCGATTCTG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122814 CAGAGGGAATTGGTTCCACTGTGTTTCGAGCGATTCTGGTG...CAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TACTATAAAACAGGAATAATCCGTTGTCCTGATGGCATATCTATTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126362 TACTATAAAACAGGAATAATCCGTTGTCCTGATGGCATATCTATTCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACTGAGAGAAGCATGTGACTATCTTTGTATCTCTTTTGAATATAGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126412 ACTGAGAGAAGCATGTGACTATCTTTGTATCTCTTTTGAATATAGCACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTAAATGTAGAGATCTCA         GTGCCCTAATGCATGAGTTATCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 126462 TTAAATGTAGAGATCTCAGTA...CAGGTGCCCTAATGCATGAGTTATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATGATGGTGCTCGTAGACAATTTGAATTTTATCTGGAAGAAATGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134176 AATGATGGTGCTCGTAGACAATTTGAATTTTATCTGGAAGAAATGATCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCCTCTCATGGTAGCTAGTGCCCAGAGTGGGGAACGGGAATGTCATATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134226 CCCTCTCATGGTAGCTAGTGCCCAGAGTGGGGAACGGGAATGTCATATAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGTGCTTACAGATGATGATGTGGTTGATTGGGATGAAGAATATCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134276 TGGTGCTTACAGATGATGATGTGGTTGATTGGGATGAAGAATATCCACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGATGGGAGAAGAATATTCACAAA         TTATTTATAGCACAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 134326 CAGATGGGAGAAGAATATTCACAAAGTA...TAGTTATTTATAGCACAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ATTATATAGATTTTTCAAGTATATTGAAAACAGAGATGTGGCCAAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136747 ATTATATAGATTTTTCAAGTATATTGAAAACAGAGATGTGGCCAAGTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TTTTGAAGGAGAGGGGTCTTAAGAAGATTAGATTGGGAATAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 136797 TTTTGAAGGAGAGGGGTCTTAAGAAGATTAGATTGGGAATAGAAGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142     GTTATCCTACCTACAAAGAAAAAGTAAAGAAAAGGCCTGGAGGCCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136847 .CAGGTTATCCTACCTACAAAGAAAAAGTAAAGAAAAGGCCTGGAGGCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCCAGAAGTGATCTACAACTATGTCCAAAGACCCTTTATTCGAATGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150914 CCCAGAAGTGATCTACAACTATGTCCAAAGACCCTTTATTCGAATGTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGGAGAAGGAAGAAGGAAAGAGTCGGCATGTAGACTTTCAGTGTGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150964 GGGAGAAGGAAGAAGGAAAGAGTCGGCATGTAGACTTTCAGTGTGTAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGTAAATCTATCACCAATCTTGCAGCAGCTGCAGCAGACATTCCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151014 AGTAAATCTATCACCAATCTTGCAGCAGCTGCAGCAGACATTCCCCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCAGCTGGTAGTCATGCATCCAACTCCACAAGTGGATGAGCTGGATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151064 CCAGCTGGTAGTCATGCATCCAACTCCACAAGTGGATGAGCTGGATATTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCCCTATCCATCCCCCTTCTGGCAACAGTGACCTCGATCCTGATGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151114 TCCCTATCCATCCCCCTTCTGGCAACAGTGACCTCGATCCTGATGCACAG

   1500     .    :
   1438 AATCCAATGCTG
        ||||||||||||
 151164 AATCCAATGCTG