seq1 = pF1KE4105.tfa, 1425 bp
seq2 = pF1KE4105/gi568815596f_143055491.tfa (gi568815596f:143055491_143868169), 812679 bp

>pF1KE4105 1425
>gi568815596f:143055491_143868169 (Chr2)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-234  (146644-146712)   100% ->
235-296  (160894-160955)   100% ->
297-384  (173091-173178)   100% ->
385-474  (195021-195110)   100% ->
475-573  (380111-380209)   100% ->
574-703  (381423-381552)   100% ->
704-826  (431883-432005)   100% ->
827-925  (463776-463874)   100% ->
926-1003  (500918-500995)   100% ->
1004-1138  (568643-568777)   100% ->
1139-1244  (647929-648034)   100% ->
1245-1425  (712499-712679)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAAATCTACAAATTCTGATACTTCCGTGGAAACACTGAATTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAAATCTACAAATTCTGATACTTCCGTGGAAACACTGAATTCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCCAAGGCACAGGAGCTGTGCAAATGAGAATCAAAAATGCCAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCCAAGGCACAGGAGCTGTGCAAATGAGAATCAAAAATGCCAACAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCATGACAGGCTCAGCCAAAGTAAATCCATGATCCTCACCGATGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCATGACAGGCTCAGCCAAAGTAAATCCATGATCCTCACCGATGTCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGTCACTGAACCT         ATATCCAGACACAGAAGGAATCATTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGTCACTGAACCTGTA...CAGATATCCAGACACAGAAGGAATCATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGCATATCTTGAAAGATGTCATTCCTCCATTGGAACAACTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 146670 ACAGCATATCTTGAAAGATGTCATTCCTCCATTGGAACAACTGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   ATGGTTGAAAAAGAAGGTTATCTGCAAAAAGCTAAAATTGCAGATGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160892 AGATGGTTGAAAAAGAAGGTTATCTGCAAAAAGCTAAAATTGCAGATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAAAGAAACTAAG         GAAAAACTGGTCTACTTCCTGGATTGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 160942 GGAAAGAAACTAAGGTA...AAGGAAAAACTGGTCTACTTCCTGGATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTTTCTAGTCGAAGAATTGAATTTTACAAAGAATCCAAGCAACAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173118 TCTTTCTAGTCGAAGAATTGAATTTTACAAAGAATCCAAGCAACAGGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTCCAATATG         AAAACTGGGCACAAACCAGAAAGTGTGGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 173168 TGTCCAATATGGTA...CAGAAAACTGGGCACAAACCAGAAAGTGTGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGTGTGGAGCACACATTGAATGGGCCAAGGAAAAATCGAGCAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195051 TTGTGTGGAGCACACATTGAATGGGCCAAGGAAAAATCGAGCAGAAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTCTTTCAG         ATCACAACAGTATCAGGAAATGAGTTCCTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 195101 TGTCTTTCAGGTA...CAGATCACAACAGTATCAGGAAATGAGTTCCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TACAGTCAGATATTGACTTCATCATATTGGATTGGTTCCACGCTATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 380142 TACAGTCAGATATTGACTTCATCATATTGGATTGGTTCCACGCTATCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGCAATTGACAGATTG         CCAAAGGATTCAAGTTGTCCATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 380192 AATGCAATTGACAGATTGGTA...CAGCCAAAGGATTCAAGTTGTCCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAGAAACCTGGAATTATTCAAAATCCAAAGATCCTCTAGCACTGAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381446 AAGAAACCTGGAATTATTCAAAATCCAAAGATCCTCTAGCACTGAATTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAAGTCACTACGACAGTGATATAAAAGAACAGAAACCAGAGCACAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381496 TAAGTCACTACGACAGTGATATAAAAGAACAGAAACCAGAGCACAGAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTTTAA         TGTTCAGACTGCATCACAGTGCTTCCGATACAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 381546 TCTTTAAGTG...CAGTGTTCAGACTGCATCACAGTGCTTCCGATACAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGACAAAAATCGAGTTAAAAGCAGATTAAAGAAGTTTATTACCCGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 431917 CGACAAAAATCGAGTTAAAAGCAGATTAAAGAAGTTTATTACCCGAAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTTCCCTGAAAACTCTGCAAGAAAAAGGACTTATTAAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 431967 CTTCCCTGAAAACTCTGCAAGAAAAAGGACTTATTAAAGGTA...CAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAAATTTTTGGCTCTCATCTGCACAAAGTGTGTGAACGTGAAAATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463778 CAAATTTTTGGCTCTCATCTGCACAAAGTGTGTGAACGTGAAAATTCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGTTCCGTGGTTTGTAAAGCAATGCATTGAAGCTGTTGAGAAAAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 463828 AGTTCCGTGGTTTGTAAAGCAATGCATTGAAGCTGTTGAGAAAAGAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    926       GTCTAGATGTTGATGGAATATATCGAGTTAGTGGCAATCTGGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463878 ...CAGGTCTAGATGTTGATGGAATATATCGAGTTAGTGGCAATCTGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACAATACAGAAGTTAAGATTTATTGTCAACCAAG         AAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 500962 ACAATACAGAAGTTAAGATTTATTGTCAACCAAGGTA...CAGAAGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCTGAATTTGGACGACAGCCAGTGGGAGGACATCCACGTTGTCACCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 568650 GCTGAATTTGGACGACAGCCAGTGGGAGGACATCCACGTTGTCACCGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CACTGAAGATGTTTTTCCGGGAGCTGCCTGAGCCGCTCTTCCCTTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 568700 CACTGAAGATGTTTTTCCGGGAGCTGCCTGAGCCGCTCTTCCCTTACAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTCTTTGAGCAGTTTGTGGAAGCGATCA         AAAAGCAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 568750 TTCTTTGAGCAGTTTGTGGAAGCGATCAGTA...CAGAAAAGCAAGACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CAACACAAGAATTGAAGCTGTAAAATCTCTTGTACAAAAACTCCCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 647942 CAACACAAGAATTGAAGCTGTAAAATCTCTTGTACAAAAACTCCCTCCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CAAATCGTGACACCATGAAAGTCCTCTTTGGACATCTAACTAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 647992 CAAATCGTGACACCATGAAAGTCCTCTTTGGACATCTAACTAAGTA...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245   GATAGTGGCCAAAGCCTCCAAGAACCTCATGTCCACGCAAAGCTTGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 712497 AGGATAGTGGCCAAAGCCTCCAAGAACCTCATGTCCACGCAAAGCTTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GATTGTATTTGGACCTACCCTTCTGCGAGCTGAAAATGAAACAGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 712547 GATTGTATTTGGACCTACCCTTCTGCGAGCTGAAAATGAAACAGGAAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGGCGATCCACATGGTCTACCAGAACCAGATAGCTGAGCTCATGCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 712597 TGGCGATCCACATGGTCTACCAGAACCAGATAGCTGAGCTCATGCTGAGT

   1500     .    :    .    :    .    :
   1393 GAGTACAGTAAGATCTTCGGCTCAGAGGAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 712647 GAGTACAGTAAGATCTTCGGCTCAGAGGAAGAC