seq1 = pF1KE4103.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KE4103/gi568815594r_81332297.tfa (gi568815594r:81332297_81559508), 227212 bp

>pF1KE4103 1416
>gi568815594r:81332297_81559508 (Chr4)

(complement)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-300  (101888-102010)   100% ->
301-438  (102721-102858)   100% ->
439-651  (111228-111440)   100% ->
652-726  (111931-112005)   100% ->
727-822  (113671-113766)   100% ->
823-925  (113881-113983)   100% ->
926-1005  (117133-117212)   100% ->
1006-1101  (118580-118675)   100% ->
1102-1197  (124775-124870)   100% ->
1198-1321  (125546-125669)   100% ->
1322-1394  (127138-127210)   100% ->
1395-1416  (131717-131738)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCAGACTCCTCCCTTTTCAGCAATGTTTGACAGCAGTGGTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCAGACTCCTCCCTTTTCAGCAATGTTTGACAGCAGTGGTTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGAAACCTCTATCAGTCTGCAGAGGACAGCTGTGGAGGGTTGTATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGAAACCTCTATCAGTCTGCAGAGGACAGCTGTGGAGGGTTGTATTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGACAACAACCTCCTCTCTGGATCCCTGGAAGCACTCATCCAGCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGACAACAACCTCCTCTCTGGATCCCTGGAAGCACTCATCCAGCACTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTACCTAATGTGGATTACTATCCAGAT         AGAACATACATATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 GTACCTAATGTGGATTACTATCCAGATGTA...CAGAGAACATACATATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACCTTCCTACTCAGTTCTCGGTTATTTATGCATCCGTATGAGCTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101902 TACCTTCCTACTCAGTTCTCGGTTATTTATGCATCCGTATGAGCTAATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAAGTTTGCCACTTATGTGTTGAGCACCAGAGACTAAGTGATCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101952 CCAAAGTTTGCCACTTATGTGTTGAGCACCAGAGACTAAGTGATCCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGTGATAAG         AACCAGATGAGAAAAATTGCACCCAAAATCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102002 AGTGATAAGGTA...TAGAACCAGATGAGAAAAATTGCACCCAAAATCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAACTCCTCACGGAATGGACGGAAACATTTCCCTATGATTTTCGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102753 TCAACTCCTCACGGAATGGACGGAAACATTTCCCTATGATTTTCGGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAGAATGATGAGAAACTTAAAAGATCTGGCTCACCGAATAGCCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102803 AAAGAATGATGAGAAACTTAAAAGATCTGGCTCACCGAATAGCCAGTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGAG         ACATACAGAAAGAATGTCCAGCAAATGATGCAGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102853 GAAGAGGTT...CAGACATACAGAAAGAATGTCCAGCAAATGATGCAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGATCCGCAAGCTTGCTGCGCTCAGCCAGTACGAAGAAGTCCTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111263 TCTGATCCGCAAGCTTGCTGCGCTCAGCCAGTACGAAGAAGTCCTGGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAATCAGCTCCACATCCACAGATCGGCTCACAGTTCTCAAGACCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111313 AAATCAGCTCCACATCCACAGATCGGCTCACAGTTCTCAAGACCAAGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGTCTATACAAAGGGATATCATTACTGTCTGCAACGACCCTTACACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111363 CAGTCTATACAAAGGGATATCATTACTGTCTGCAACGACCCTTACACGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCCCAGCAGCTGACTCATATAGAGCTG         GAGAGGCTCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111413 GGCCCAGCAGCTGACTCATATAGAGCTGGTA...CAGGAGAGGCTCAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATATTGGGCCAGAAGAATTTGTTCAGGCGTTCGTGCAGAAGGACCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111944 ATATTGGGCCAGAAGAATTTGTTCAGGCGTTCGTGCAGAAGGACCCTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GATAATGACAAG         AGTTGCTACAGTGAACGGAAGAAAACACG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111994 GATAATGACAAGGTA...AAGAGTTGCTACAGTGAACGGAAGAAAACACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAACTTAGAAGCTTACGTGGAATGGTTTAATCGCCTCAGCTACTTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113700 AAACTTAGAAGCTTACGTGGAATGGTTTAATCGCCTCAGCTACTTGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTACAGAAATCTGTATG         CCTGTTAAGAAAAAACACCGAGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113750 CTACAGAAATCTGTATGGTG...TAGCCTGTTAAGAAAAAACACCGAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGAATGATTGAGTATTTCATTGACGTAGCTCGGGAGTGTTTTAACATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113905 AGAATGATTGAGTATTTCATTGACGTAGCTCGGGAGTGTTTTAACATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAACTTCAACTCCTTGATGGCGATAATCT         CTGGTATGAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113955 CAACTTCAACTCCTTGATGGCGATAATCTGTG...AAGCTGGTATGAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAGCCCAGTCTCTCGACTAAAAAAAACTTGGGCCAAAGTGAAGACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117145 TGAGCCCAGTCTCTCGACTAAAAAAAACTTGGGCCAAAGTGAAGACTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAATTTGACATTCTTGAG         CATCAGATGGACCCTTCAAGCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 117195 AAATTTGACATTCTTGAGGTA...TAGCATCAGATGGACCCTTCAAGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTTCTATAATTATCGAACAGCTCTTCGTGGGGCAGCACAAAGGTCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118603 TTTCTATAATTATCGAACAGCTCTTCGTGGGGCAGCACAAAGGTCTTTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGCTCATAGTAGTAGAGAAAAG         ATTGTGATACCATTCTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118653 CTGCTCATAGTAGTAGAGAAAAGGTA...TAGATTGTGATACCATTCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGTCTCTTAATCAAAGATATTTATTTCCTCAATGAGGGTTGTGCCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124793 AGTCTCTTAATCAAAGATATTTATTTCCTCAATGAGGGTTGTGCCAACCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTTCCCAATGGCCATGTCAATTTTGAG         AAATTTTGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124843 CCTTCCCAATGGCCATGTCAATTTTGAGGTG...CAGAAATTTTGGGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGCCAAACAAGTGAGTGAATTTATGACATGGAAACAAGTGGAGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125559 TGGCCAAACAAGTGAGTGAATTTATGACATGGAAACAAGTGGAGTGTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTTGAGAGGGACCGGAAGATCTTGCAGTATCTGCTCACAGTACCAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125609 TTTGAGAGGGACCGGAAGATCTTGCAGTATCTGCTCACAGTACCAGTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAGTGAAGATG         CTCTCTACTTGGCTTCTTATGAGAGTGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125659 CAGTGAAGATGGTA...TAGCTCTCTACTTGGCTTCTTATGAGAGTGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GACCTGAAAATCATATAGAGAAAGACAGATGGAAGTCTTTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 127168 GACCTGAAAATCATATAGAGAAAGACAGATGGAAGTCTTTAAGGTG...C

   1500     .    :    .    :
   1395   GTCGAGCCTCTTAGGCAGAGTT
        >>||||||||||||||||||||||
 131715 AGGTCGAGCCTCTTAGGCAGAGTT