seq1 = pF1KE4102.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KE4102/gi568815594f_164940073.tfa (gi568815594f:164940073_165141485), 201413 bp

>pF1KE4102 1413
>gi568815594f:164940073_165141485 (Chr4)

1-1413  (100001-101413)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTTGTGACAGCCCTGGTGAACCTCCAAGAGGAGTCTAGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTTGTGACAGCCCTGGTGAACCTCCAAGAGGAGTCTAGCTGTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTGTCTGGAGTACTTGAAAGACCCAGTGACCATCAACTGTGGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTGTCTGGAGTACTTGAAAGACCCAGTGACCATCAACTGTGGGCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCTGTCGCTCCTGCCTCAGTGTATCCTGGAAGGATCTAGATGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCTGTCGCTCCTGCCTCAGTGTATCCTGGAAGGATCTAGATGATACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTCCCTGTCCTGTCTGCCGTTTTTGCTTTCCATACAAGAGCTTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTCCCTGTCCTGTCTGCCGTTTTTGCTTTCCATACAAGAGCTTCAGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACCCCCAGCTCCGTAATTTGACTGAAATTGCTAAACAACTCCAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAACCCCCAGCTCCGTAATTTGACTGAAATTGCTAAACAACTCCAGATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAGGAGCAAGAGAAAGAGGCAGAAAGAGAATGCCATGTGTGAAAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGAGGAGCAAGAGAAAGAGGCAGAAAGAGAATGCCATGTGTGAAAAACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACCAGTTTCTGACCCTCTTCTGTGTTAAAGATCTAGAGATCTTATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACCAGTTTCTGACCCTCTTCTGTGTTAAAGATCTAGAGATCTTATGTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACAGTGCAGTTTCTCCACTAAACACCAGAAGCACTACATTTGCCCTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACAGTGCAGTTTCTCCACTAAACACCAGAAGCACTACATTTGCCCTATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAAAGCTGCCTCTTATCACAGAGAAATTCTAGAAGGTAGCCTTGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAAAGCTGCCTCTTATCACAGAGAAATTCTAGAAGGTAGCCTTGAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGAGGAATAATATAGAACGAGTTGAAAAAGTGATAATTCTGCAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGAGGAATAATATAGAACGAGTTGAAAAAGTGATAATTCTGCAAGGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAATCAGTGGAGCTGAAAAAGAAGGTAGAATATAAGAGGGAAGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAAATCAGTGGAGCTGAAAAAGAAGGTAGAATATAAGAGGGAAGAAATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATTCTGAGTTTGAGCAAATAAGATTGTTTTTACAGAATGAACAAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATTCTGAGTTTGAGCAAATAAGATTGTTTTTACAGAATGAACAAGAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTCTTAGGCAGATACAAGATGAAGAGATGAACATTTTAGCAAAACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTCTTAGGCAGATACAAGATGAAGAGATGAACATTTTAGCAAAACTAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGAAAACCTTGTAGAACTTTCAGATTATGTTTCCACATTAAAACATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGAAAACCTTGTAGAACTTTCAGATTATGTTTCCACATTAAAACATCTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGAGGGAGGTAGAGGGCAAGTCTGTGCAGTCAAACCTGGAATTACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGAGGGAGGTAGAGGGCAAGTCTGTGCAGTCAAACCTGGAATTACTGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAAGCTAAGAGTATGCACCACAAGTATCAAAACCTAAAATGCCCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAAGCTAAGAGTATGCACCACAAGTATCAAAACCTAAAATGCCCTGAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTTTCATTTAGATTAACAAAATATGGTTTCAGTCTTCCTCCTCAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTTTCATTTAGATTAACAAAATATGGTTTCAGTCTTCCTCCTCAATATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGGCTTGGACAGAATTATCAAGCCATTTCAAGTAGATGTGATTCTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGGCTTGGACAGAATTATCAAGCCATTTCAAGTAGATGTGATTCTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCAACACAGCACATCCTCAACTTCTTGTCTCTGAGGATAGAAAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCAACACAGCACATCCTCAACTTCTTGTCTCTGAGGATAGAAAAGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCGATATGAAAGAAAAAAACGAAACATTTGTTATGACCCAAGGAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCGATATGAAAGAAAAAAACGAAACATTTGTTATGACCCAAGGAGATTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGTCTGCCCTGCTGTCCTAGGCTCTCAGAGATTTAGTTCTGGCCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATGTCTGCCCTGCTGTCCTAGGCTCTCAGAGATTTAGTTCTGGCCGACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TACTGGGAAGTAGAAGTGGGAAACAAACCTAAATGGATATTGGGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TACTGGGAAGTAGAAGTGGGAAACAAACCTAAATGGATATTGGGTGTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TCAAGACTGTCTTCTTAGGAACTGGCAGGATCAGCCATCAGTTCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCAAGACTGTCTTCTTAGGAACTGGCAGGATCAGCCATCAGTTCTGGGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GATTCTGGGCAATTGGGCGATACATGAAGAGTGGTTATGTTGCGTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GATTCTGGGCAATTGGGCGATACATGAAGAGTGGTTATGTTGCGTCAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCTAAGACAACCCAGCTTCTGCCAGTAGTAAAACCCAGTAAAATTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCTAAGACAACCCAGCTTCTGCCAGTAGTAAAACCCAGTAAAATTGGTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TTTTCTGGACTATGAATTGGGTGATCTTTCCTTTTATAATATGAATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TTTTCTGGACTATGAATTGGGTGATCTTTCCTTTTATAATATGAATGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGTCTATTCTCTATACTTTTAACGATTGTTTCACAGAAGCCGTTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GGTCTATTCTCTATACTTTTAACGATTGTTTCACAGAAGCCGTTTGGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TATTTCTATACTGGAACAGATTCCGAACCTCTTAAAATCTGCTCAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TATTTCTATACTGGAACAGATTCCGAACCTCTTAAAATCTGCTCAGTATC

   1400     .    :
   1401 AGATTCTGAAAGA
        |||||||||||||
 101401 AGATTCTGAAAGA