seq1 = pF1KE4101.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KE4101/gi568815587r_18432323.tfa (gi568815587r:18432323_18688654), 256332 bp

>pF1KE4101 1413
>gi568815587r:18432323_18688654 (Chr11)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-127  (109847-109931)   100% ->
128-193  (113243-113308)   100% ->
194-357  (118278-118441)   100% ->
358-493  (122173-122308)   99% ->
494-612  (123645-123763)   100% ->
613-715  (130325-130427)   100% ->
716-886  (141605-141775)   100% ->
887-1060  (143859-144032)   100% ->
1061-1124  (152186-152249)   100% ->
1125-1248  (154202-154325)   100% ->
1249-1413  (156168-156332)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTCGACTGCGAGGGCCTGAGACGGCTGCTTGGCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGAGTTCGACTGCGAGGGCCTGAGACGGCTGCTTGGCAAGGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  TACAAGTTCAGGGACCTAACTGTGGAAGAACTAAGGAATGTAAATGTAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109846 GTACAAGTTCAGGGACCTAACTGTGGAAGAACTAAGGAATGTAAATGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTTCCCACATTTCAAATATTCCATGGACACCTATG         TTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109896 TTTTCCCACATTTCAAATATTCCATGGACACCTATGGTA...TAGTTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAGATAGTTCTCAGAAAGACCTGCTGAATTTTACTGGCACAATTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113248 AAAGATAGTTCTCAGAAAGACCTGCTGAATTTTACTGGCACAATTCCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATGTATCAGG         GTAATACATATAACATACCAATTCGTTTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113298 GATGTATCAGGGTA...TAGGTAATACATATAACATACCAATTCGTTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGATTTTGGATTCTCACCCTTTCGCTCCCCCTATTTGCTTCTTGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118308 GGATTTTGGATTCTCACCCTTTCGCTCCCCCTATTTGCTTCTTGAAGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACTGCAAATATGGGAATCTTAGTCGGAAAACATGTGGATGCTCAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118358 ACTGCAAATATGGGAATCTTAGTCGGAAAACATGTGGATGCTCAAGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATATATTTGCCCTATCTCCAAAACTGGAGCCAT         CCTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118408 AATATATTTGCCCTATCTCCAAAACTGGAGCCATGTA...CAGCCTAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGTCATTGTTGGATTAATTAAAGAAATGATTGCCAAATTTCAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 122180 CTGTCATTGTTGGATTAATTAAAGAAATGATTGCCAAGTTTCAAGAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTCCCATGTATTCTCTATCATCATCTGATGAGGCACGGCAGGTAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122230 CTTCCCATGTATTCTCTATCATCATCTGATGAGGCACGGCAGGTAGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTAGCCTATATTGCAAAAATCACTGAAG         GTGTTTCAGATA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122280 GCTAGCCTATATTGCAAAAATCACTGAAGGTT...TAGGTGTTTCAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAAATTCAAAGAGCTGGGCAAATCATGAGAATAAAACAGTCAATAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123657 CAAATTCAAAGAGCTGGGCAAATCATGAGAATAAAACAGTCAATAAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTGTGGTTGGAGGTGGAGAACTCGGTATTGCCTGCACATTAGCAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123707 ACTGTGGTTGGAGGTGGAGAACTCGGTATTGCCTGCACATTAGCAATTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCAAAG         GGTATTGCAGACAGGCTTGTCCTCTTAGACCTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123757 AGCAAAGGTA...CAGGGTATTGCAGACAGGCTTGTCCTCTTAGACCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGAAGGGACTAAAGGAGCCACGATGGACCTTGAAATCTTCAACCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130359 CAGAAGGGACTAAAGGAGCCACGATGGACCTTGAAATCTTCAACCTTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATGTGGAGATCAGCAAAG         ATTTGTCTGCCTCTGCTCATTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130409 AATGTGGAGATCAGCAAAGGTC...TAGATTTGTCTGCCTCTGCTCATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAAGGTGGTGATCTTCACAGTCAACTCTTTGGGTAGTTCTCAGTCGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141627 CAAGGTGGTGATCTTCACAGTCAACTCTTTGGGTAGTTCTCAGTCGTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGATGTGGTACAGAGCAATGTGGATATGTTCAGAGCCCTTGTCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141677 TTGATGTGGTACAGAGCAATGTGGATATGTTCAGAGCCCTTGTCCCAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGGACATTATAGTCAACACAGTGTCCTGCTCGTTGCATCTCAACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 141727 CTGGGACATTATAGTCAACACAGTGTCCTGCTCGTTGCATCTCAACCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887         TGGAAATCATGACCTATGTAACATGGAAACTGAGTACATTTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141777 TA...TAGTGGAAATCATGACCTATGTAACATGGAAACTGAGTACATTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGCAAATCGAGTGATCGGAATTGGATGTAATCTGGATTCACAGAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143901 CTGCAAATCGAGTGATCGGAATTGGATGTAATCTGGATTCACAGAGATTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGTATATTATTACAAATGTTTTGAAGGCACAGACTTCAGGCAAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143951 CAGTATATTATTACAAATGTTTTGAAGGCACAGACTTCAGGCAAAGAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ATGGGTTATTGGCGAGCAAGGAGAAGACAAAG         TGCTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 144001 ATGGGTTATTGGCGAGCAAGGAGAAGACAAAGGTA...TAGTGCTCACAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGAGTGGCCAAGAAGAAGTAGTGAGTCATACCTCTCAAGTGCAGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152195 GGAGTGGCCAAGAAGAAGTAGTGAGTCATACCTCTCAAGTGCAGCTGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AACAG         AGCCATGGAACTGCTAAGAGTAAAAGGTCAAAGATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152245 AACAGGTA...TAGAGCCATGGAACTGCTAAGAGTAAAAGGTCAAAGATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTGGTCTGTTGGACTATCAGTAGCTGACATGGTTGACAGTATTGTAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154238 CTGGTCTGTTGGACTATCAGTAGCTGACATGGTTGACAGTATTGTAAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATAAGAAGAAAGTGCATTCTGTATCAGCTTTAGCAAAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 154288 ATAAGAAGAAAGTGCATTCTGTATCAGCTTTAGCAAAGGTA...CAGGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TATTATGATATAAATAGTGAAGTGTTTTTAAGTTTGCCTTGCATCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156171 TATTATGATATAAATAGTGAAGTGTTTTTAAGTTTGCCTTGCATCCTTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AACCAATGGAGTATCTGAAGTTATCAAAACCACACTGAAAGAAGATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156221 AACCAATGGAGTATCTGAAGTTATCAAAACCACACTGAAAGAAGATACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTACTGAGAAACTCCAAAGCAGTGCATCCTCAATCCACAGTCTCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156271 TTACTGAGAAACTCCAAAGCAGTGCATCCTCAATCCACAGTCTCCAACAA

   1500     .    :
   1402 CAGTTAAAACTT
        ||||||||||||
 156321 CAGTTAAAACTT