seq1 = pF1KE4095.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KE4095/gi568815594f_188039559.tfa (gi568815594f:188039559_188247369), 207811 bp

>pF1KE4095 1404
>gi568815594f:188039559_188247369 (Chr4)

1-408  (100001-100408)   100% ->
409-504  (100970-101065)   100% ->
505-735  (102694-102924)   99% ->
736-758  (104280-104302)   100% ->
759-856  (104478-104575)   100% ->
857-1404  (107264-107811)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTACAGCAGATCTGATGGAGAACCTCAGGGAGGAACTCACCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTACAGCAGATCTGATGGAGAACCTCAGGGAGGAACTCACCTGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTGCTTAGACTATTTCAGCAGCCCAGTGACCACCGAGTGTGGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTGCTTAGACTATTTCAGCAGCCCAGTGACCACCGAGTGTGGGCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTTTGTCTGGTGTGTCTCCTCAGGAGCTGGGAGGAACATAACACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTTTGTCTGGTGTGTCTCCTCAGGAGCTGGGAGGAACATAACACACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTATCTTGTCCTGAGTGCTGGAGGACCTTGGAGGGCCCGCATTTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTATCTTGTCCTGAGTGCTGGAGGACCTTGGAGGGCCCGCATTTCCAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAACGAGCGTCTGGGGAGGCTGGCCAGCATCGCCAGGCAGCTCCGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAACGAGCGTCTGGGGAGGCTGGCCAGCATCGCCAGGCAGCTCCGGTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGTGCTGCAGAGCGAGGATGAGCAGGGCAGCTACGGGAGGATGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGTGCTGCAGAGCGAGGATGAGCAGGGCAGCTACGGGAGGATGCCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTGCCAAGGCGCTCTCCGATGACGAGCAGGGTGGAAGCGCCTTCGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTGCCAAGGCGCTCTCCGATGACGAGCAGGGTGGAAGCGCCTTCGTAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGAGCCATGGTGCAAACAGAGTGCATCTCTCCAGCGAGGCTGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCAGAGCCATGGTGCAAACAGAGTGCATCTCTCCAGCGAGGCTGAGGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCACAGA         GAGAAACTCCAGGAAATCCTGAATCTTTTGCGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATCACAGAGTA...CAGGAGAAACTCCAGGAAATCCTGAATCTTTTGCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTAAGGAGAAAGGAAGCTCAGGCTGTACTAACCCATGAGAAGGAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101003 GTAAGGAGAAAGGAAGCTCAGGCTGTACTAACCCATGAGAAGGAGAGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAAACTGTGCCAG         GAAGAAACAAAGACTTGTAAACAGGTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101053 GAAACTGTGCCAGGTC...CAGGAAGAAACAAAGACTTGTAAACAGGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGTGTCAGAATACATGAAAATGCACCAGTTCCTGAAGGAAGAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102722 TTGTGTCAGAATACATGAAAATGCACCAGTTCCTGAAGGAAGAGGAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTTCAACTCCAGCTACTAGAACAGGAAGAGAAAGAGAACATGAGGAAGCT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102772 CTGCAACTCCAGCTACTAGAACAGGAAGAGAAAGAGAACATGAGGAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAGGAACAATGAGATCAAACTGACCCAGCAAATCAGAAGCCTAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102822 GAGGAACAATGAGATCAAACTGACCCAGCAAATCAGAAGCCTAAGCAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGATCGCACAGATTGAGTCCTCAAGTCAAAGCTCGGCTTTCGAATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102872 TGATCGCACAGATTGAGTCCTCAAGTCAAAGCTCGGCTTTCGAATCTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAG         GAAGTGAGAGGAGCCCTGGAAAG         GAGCGA
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102922 GAGGTG...TAGGAAGTGAGAGGAGCCCTGGAAAGGTA...CAGGAGCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCACTCTTGCTTCAGTGTCCAGAGGCCACCACCACAGAGCTGAGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104484 GCCACTCTTGCTTCAGTGTCCAGAGGCCACCACCACAGAGCTGAGTCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCCGCATCACGGGAATGAAGGAGATGCTAAGAAAATTCAGCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104534 GCCGCATCACGGGAATGAAGGAGATGCTAAGAAAATTCAGCAGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857  CGGAGATAACGCTGGACCCAGCCACAGCTAATGCCTATCTCGTGTTGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107263 GCGGAGATAACGCTGGACCCAGCCACAGCTAATGCCTATCTCGTGTTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAGGATCTGAAGAGTGTGAAATATGGGGGAAGCAGACAGCAGCTACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107313 GGAGGATCTGAAGAGTGTGAAATATGGGGGAAGCAGACAGCAGCTACCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACAACCCGGAAAGATTTGACCAGTCTGCGACTGTGCTGGGTACTCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107363 ACAACCCGGAAAGATTTGACCAGTCTGCGACTGTGCTGGGTACTCAGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTCACCAGTGGGAGACACTACTGGGAGGTGGAGGTGGGAAACAAGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107413 TTCACCAGTGGGAGACACTACTGGGAGGTGGAGGTGGGAAACAAGACCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTGGGAAGTGGGCATCTGCAAGGACTCTGTGAGCAGAAAGGGGAATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107463 GTGGGAAGTGGGCATCTGCAAGGACTCTGTGAGCAGAAAGGGGAATCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCAAGCCACCTGGGGACCTGTTCTCACTAATAGGTTTAAAAATCGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107513 CCAAGCCACCTGGGGACCTGTTCTCACTAATAGGTTTAAAAATCGGAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GATTACAGCCTCTGGGTCTCGTCACCTTTGAAAGGTCAGCACGTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107563 GATTACAGCCTCTGGGTCTCGTCACCTTTGAAAGGTCAGCACGTCAGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCCTGTGTGTAAGGTTGGTGTCTTCCTGGACTATGAATCTGGACATATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 GCCTGTGTGTAAGGTTGGTGTCTTCCTGGACTATGAATCTGGACATATAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CATTCTACAACGGGACGGATGAATCCCTCATCTACAGCTTCCCGCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107663 CATTCTACAACGGGACGGATGAATCCCTCATCTACAGCTTCCCGCAGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TCTTTCCAAGAGGCCCTCAGGCCTATCTTTTCCCCCTGCCTCCCAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107713 TCTTTCCAAGAGGCCCTCAGGCCTATCTTTTCCCCCTGCCTCCCAAATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1356 GGGGACAAACACAGACCCTCTCACCATCTGCTCACTGAACAGCCACGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107763 GGGGACAAACACAGACCCTCTCACCATCTGCTCACTGAACAGCCACGTC