seq1 = pF1KE4092.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KE4092/gi568815593r_180002071.tfa (gi568815593r:180002071_180238052), 235982 bp

>pF1KE4092 1398
>gi568815593r:180002071_180238052 (Chr5)

(complement)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-300  (100341-100463)   100% ->
301-438  (101538-101675)   99% ->
439-639  (109443-109643)   100% ->
640-714  (110370-110444)   100% ->
715-804  (116904-116993)   100% ->
805-907  (118605-118707)   100% ->
908-987  (119187-119266)   100% ->
988-1083  (119349-119444)   100% ->
1084-1179  (123512-123607)   100% ->
1180-1303  (126473-126596)   100% ->
1304-1376  (135910-135982)   98% ->
1377-1398  (136528-136549)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACAGACGCTGAGTGCCTCCGACATGGTCACCCCAGGCAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCACAGACGCTGAGTGCCTCCGACATGGTCACCCCAGGCAGCCTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCACCCCCCACCGAGCCCACAGATGGCGAACAGGCTGGGCAGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCACCCCCCACCGAGCCCACAGATGGCGAACAGGCTGGGCAGCCCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGATGGAGCGCCATCCTCAGCCTCCCTGGAAACACTGATCCAGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGATGGAGCGCCATCCTCAGCCTCCCTGGAAACACTGATCCAGCACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCCCACAGCCGACTACTACCCCGAG         AAAGCCTACATCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 GTGCCCACAGCCGACTACTACCCCGAGGTG...CAGAAAGCCTACATCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCTTCCTGCTGAGCTCTCGCCTCTTCATCGAGCCCCGGGAGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100355 CACCTTCCTGCTGAGCTCTCGCCTCTTCATCGAGCCCCGGGAGCTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCGGGTCTGCCACCTGTGCATCGAGCAGCAGCAGCTGGACAAGCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100405 CCCGGGTCTGCCACCTGTGCATCGAGCAGCAGCAGCTGGACAAGCCGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGACAAG         GCCCGGGTCCGGAAGTTCGGCCCCAAACTGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100455 CTGGACAAGGTG...TAGGCCCGGGTCCGGAAGTTCGGCCCCAAACTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCTGTTGGCCGAGTGGACCGAGACCTTCCCAAGGGACTTCCAGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 101570 GCAGCTGTTGGCCGAGTGGACCGAGACCTTCCCAAGGGACTTCCAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTCGACTATCGGGCACCTTAAGGACGTCGTGGGCCGCATCGCCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101620 AGTCGACTATCGGGCACCTTAAGGACGTCGTGGGCCGCATCGCCCCCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACGAG         GCATACCGGAAGAGGATGCATCAGCTCCTACAGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101670 GACGAGGTG...CAGGCATACCGGAAGAGGATGCATCAGCTCCTACAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGCACCAGAAGCTGGCGGCTCTGCGCCAGGGGCCAGAAGGTCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109478 TCTGCACCAGAAGCTGGCGGCTCTGCGCCAGGGGCCAGAAGGTCTGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGCCGACAAGCCCATCTCCTACAGGACCAAGCCACCAGCCTCCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109528 GTGCCGACAAGCCCATCTCCTACAGGACCAAGCCACCAGCCTCCATCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGGGAGCTCCTTGGTGTCTGCAGCGACCCCTACACACTGGCCCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109578 AGGGAGCTCCTTGGTGTCTGCAGCGACCCCTACACACTGGCCCAGCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GACCCACGTGGAACTG         GAGCGGCTGCGGCACATCGGGCCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109628 GACCCACGTGGAACTGGTA...CAGGAGCGGCTGCGGCACATCGGGCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGAGTTTGTCCAGGCCTTTGTGAACAAGGACCCTCTGGCCAGCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110395 AGGAGTTTGTCCAGGCCTTTGTGAACAAGGACCCTCTGGCCAGCACAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715          CCCTGCTTCAGTGACAAGACCAGCAACCTGGAGGCTTATGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110445 GTA...TAGCCCTGCTTCAGTGACAAGACCAGCAACCTGGAGGCTTATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAATGGTTCAACAGGCTGTGCTACCTGGTGGCAACTGAGATCTGCATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116945 GAAATGGTTCAACAGGCTGTGCTACCTGGTGGCAACTGAGATCTGCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805         CCAGCCAAGAAGAAGCAGAGGGCCCAGGTGATTGAGTTCTTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116995 TG...CAGCCAGCCAAGAAGAAGCAGAGGGCCCAGGTGATTGAGTTCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCGACGTGGCCCGCGAGTGCTTCAACATCGGCAACTTCAACTCCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118647 ATCGACGTGGCCCGCGAGTGCTTCAACATCGGCAACTTCAACTCCCTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCCATCATCT         CCGGCATGAACATGAGCCCTGTCTCCAGGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118697 GGCCATCATCTGTG...CAGCCGGCATGAACATGAGCCCTGTCTCCAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAAGAAGACCTGGGCCAAAGTGAGGACGGCCAAGTTTTTCATCCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119217 TGAAGAAGACCTGGGCCAAAGTGAGGACGGCCAAGTTTTTCATCCTCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988          CACCAGATGGACCCAACGGGGAATTTCTGCAACTACAGGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119267 GTA...CAGCACCAGATGGACCCAACGGGGAATTTCTGCAACTACAGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGCCCTGCGCGGGGCGGCCCACCGCTCCCTGACGGCCCACAGCAGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119390 AGCCCTGCGCGGGGCGGCCCACCGCTCCCTGACGGCCCACAGCAGCCGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGAAG         ATTGTCATTCCTTTCTTCAGCCTGCTCATCAAAGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119440 AGAAGGTA...CAGATTGTCATTCCTTTCTTCAGCCTGCTCATCAAAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCTACTTCCTGAATGAGGGCTGCGCCAACCGCCTTCCCAATGGACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123548 ATCTACTTCCTGAATGAGGGCTGCGCCAACCGCCTTCCCAATGGACACGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAACTTTGAG         AAATTCCTGGAGCTGGCCAAGCAGGTGGGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123598 CAACTTTGAGGTA...CAGAAATTCCTGGAGCTGGCCAAGCAGGTGGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGTTCATCACCTGGAAACAAGTGGAGTGTCCCTTCGAGCAAGACGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126504 AGTTCATCACCTGGAAACAAGTGGAGTGTCCCTTCGAGCAAGACGCCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCACCCACTACCTGTACACCGCCCCCATCTTCAGTGAGGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 126554 ATCACCCACTACCTGTACACCGCCCCCATCTTCAGTGAGGATGGTA...T

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1304   GTCTTTATTTGGCTTCTTATGAAAGTGAGAGCCCAGAGAACCAAACAG
        >>||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 135908 AGGTCTTTATTTGGCTTCTTACGAAAGTGAGAGCCCAGAGAACCAAACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAAAAGAAAGATGGAAAGCTCTAAG         ATCTTCTATTTTGGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 135958 AAAAAGAAAGATGGAAAGCTCTAAGGTG...CAGATCTTCTATTTTGGGG

   1500     .
   1393 AAGACA
        ||||||
 136544 AAGACA