seq1 = pF1KE4091.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KE4091/gi568815587r_17688088.tfa (gi568815587r:17688088_18113010), 424923 bp

>pF1KE4091 1374
>gi568815587r:17688088_18113010 (Chr11)

(complement)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-196  (104935-105070)   100% ->
197-352  (106265-106420)   100% ->
353-447  (108476-108570)   100% ->
448-508  (112454-112514)   100% ->
509-622  (117102-117215)   100% ->
623-685  (120018-120080)   100% ->
686-844  (124256-124414)   100% ->
845-1011  (153375-153541)   99% ->
1012-1048  (234767-234803)   100% ->
1049-1374  (324598-324923)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGCGAGCCCAGCGCCTCGGAGGCCGCCCCCGCGGCGGCCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGCGAGCCCAGCGCCTCGGAGGCCGCCCCCGCGGCGGCCGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGCCTGG         GGTGCAAATAGCTATGGGCAACTTGGCCTCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCGCCTGGGTA...TAGGGTGCAAATAGCTATGGGCAACTTGGCCTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCATAAGGAAGATGTGCTGTTGCCCCAGCAACTGAATGACTTCTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104966 GCCATAAGGAAGATGTGCTGTTGCCCCAGCAACTGAATGACTTCTGTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCAGGAGTGTCAGGAGGATCACAGGAGGAGGGGGCCACTCTGCAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105016 CCCAGGAGTGTCAGGAGGATCACAGGAGGAGGGGGCCACTCTGCAGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACAG         ATGGAGGAGACCTCTTTGTTTGTGGCCTGAACAAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105066 CACAGGTA...CAGATGGAGGAGACCTCTTTGTTTGTGGCCTGAACAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGCAACTGGGGCTTGGTCACACAGAGGATATCCCATATTTTACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106301 ATGGGCAACTGGGGCTTGGTCACACAGAGGATATCCCATATTTTACCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCAAATCCCTCTTTGGCTGTCCCATCCAACAGGTGGCCTGTGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106351 TGCAAATCCCTCTTTGGCTGTCCCATCCAACAGGTGGCCTGTGGCTGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTTACGATTATGCTCACAG         AAAATGGTCAAGTTCTATCAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106401 TTTTACGATTATGCTCACAGGTG...CAGAAAATGGTCAAGTTCTATCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGGATCCAACTCCTTTGGCCAGTTAGGAGTTCCTCATGGACCTCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108497 GTGGATCCAACTCCTTTGGCCAGTTAGGAGTTCCTCATGGACCTCGAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGTGGTTCCCCAGGCCATTGAG         CTCCATAAAGAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108547 TGTGTGGTTCCCCAGGCCATTGAGGTG...CAGCTCCATAAAGAGAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTTTGTATTGCTGCTGGACTGAGGCATGCAGTAGCTGCTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112471 TGTTTGTATTGCTGCTGGACTGAGGCATGCAGTAGCTGCTACAGGTG...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509    CGAGTGGCATCGTGTTCCAGTGGGGGACTGGTTTGGCATCATGTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117099 AAGCGAGTGGCATCGTGTTCCAGTGGGGGACTGGTTTGGCATCATGTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGACGGTTGTGCCCTGGGCAGACTCTTCCATTGTTTTTCACAGCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117149 CGACGGTTGTGCCCTGGGCAGACTCTTCCATTGTTTTTCACAGCAAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACCAAGCAGAGTGACAG         GTCTAGAGAATTCTAAAGCAATGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117199 ACCAAGCAGAGTGACAGGTA...TAGGTCTAGAGAATTCTAAAGCAATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTGTTCTTGCTGGCTCAGACCACTCAGCTTCATTAACAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120042 GTGTTCTTGCTGGCTCAGACCACTCAGCTTCATTAACAGGTA...AAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCAGGAGAGGTGTATGTTTGGGGAAGCAACAAGCATGGGCAACTGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124258 GCAGGAGAGGTGTATGTTTGGGGAAGCAACAAGCATGGGCAACTGGCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAGGCTGCTTTCCTTCCTGTGCCCCAGAAAATAGAAGCACATTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124308 TGAGGCTGCTTTCCTTCCTGTGCCCCAGAAAATAGAAGCACATTGTTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGAATGAAAAGGTCACTGCCATCTGGAGTGGATGGACACACCTGGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124358 AGAATGAAAAGGTCACTGCCATCTGGAGTGGATGGACACACCTGGTTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGACAG         AAACTGGCAAGATGTTTACCTGGGGCCGAGCAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124408 CAGACAGGTG...TAGAAACTGGCAAGATGTTTACCTGGGGCCGAGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTATGGTCAGCTAGGGAGGAAGTTGGAGACTTATGAAGGCTGGAAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153409 CTATGGTCAGCTAGGGAGGAAGTTGGAGACTTATGAAGGCTGGAAACTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAAAGCAAGATTCATTTCTCCCCTGTTCAAGACCACCGAACAGCATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153459 AAAAGCAAGATTCATTTCTCCCCTGTTCAAGACCACCGAACAGCATGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCATCTCCGCATTGCTTAACTGGAGCAACTGAG         GTCTCTTG
        || ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 153509 TCGTCTCCGCATTGCTTAACTGGAGCAACTGAGGTA...CAGGTCTCTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGCTCAGAGCATAATTTGGCAATAATTG         GTGGAGTGTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 234775 TGGCTCAGAGCATAATTTGGCAATAATTGGTA...CAGGTGGAGTGTGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACTCTTGGGGCTGGAATGAGCATGGCATGTGCGGAGATGGCACTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324610 ACTCTTGGGGCTGGAATGAGCATGGCATGTGCGGAGATGGCACTGAAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AACGTCTGGGCCCCAAAGCCGGTGCAGGCTCTGCTGTCATCGTCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324660 AACGTCTGGGCCCCAAAGCCGGTGCAGGCTCTGCTGTCATCGTCAGGACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCTTGTGGGCTGTGGGGCTGGCCACTCCTTGGCCCTCTGCCAGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324710 CCTTGTGGGCTGTGGGGCTGGCCACTCCTTGGCCCTCTGCCAGCTGCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTCACCCTGCATTGGTCCAGGACCCCAAGGTCACCTACCTTTCCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324760 CTCACCCTGCATTGGTCCAGGACCCCAAGGTCACCTACCTTTCCCCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCCATCGAGGACACTGAATCTCAGAAAGCCATGGACAAAGAGAGAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324810 GCCATCGAGGACACTGAATCTCAGAAAGCCATGGACAAAGAGAGAAACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAAGGAAAGACAATCAGAAACTTCAACCCAAAGCCAATCTGACTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324860 GAAGGAAAGACAATCAGAAACTTCAACCCAAAGCCAATCTGACTGGTCCA

   1450     .    :
   1361 GAAATGGGGGACTG
        ||||||||||||||
 324910 GAAATGGGGGACTG