seq1 = pF1KE4089.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KE4089/gi568815581f_44070790.tfa (gi568815581f:44070790_44278387), 207598 bp

>pF1KE4089 1359
>gi568815581f:44070790_44278387 (Chr17)

1-301  (100001-100301)   99% ->
302-569  (101257-101524)   100% ->
570-1062  (105949-106441)   100% ->
1063-1176  (106820-106933)   100% ->
1177-1359  (107416-107598)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAGAGAGACCTTCCCCTTCACCTCCTCCATGCTGCGCTCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAGAGAGACCTTCCCCTTCACCTCCTCCATGCTGCGCTCTCTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCAGCAGGAGTGGCTGGAATGGGAGGACCGGCGGCGGGCGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCAGCAGGAGTGGCTGGAATGGGAGGACCGGCGGCGGGCGGCTGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGTGCCGGAGCCGCAGGTGCCCGTCAAGTCCCCGGGCCCGACTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGTGCCGGAGCCGCAGGTGCCCGTCAAGTCCCCGGGCCCGACTCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGCCTCACCGTTCCTGCCGAGACCCAGCTGTCCACCATGCCCTCTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100151 AGGCCTCACCGTTCCTGCCGAGACCCAGCTGTCCACCAAGCCCTCTTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCAACCTGCAGCAGGTCCAAGCCCTGTTCCAAGATGAAGAGGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCAACCTGCAGCAGGTCCAAGCCCTGTTCCAAGATGAAGAGGCCGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATGATTGTGGAGACTGTGAGCAACCAGCTGGCCTGGTCGGCTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATGATTGTGGAGACTGTGAGCAACCAGCTGGCCTGGTCGGCTGAACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 G         GGTTCTGGGTGCTGACCCCCAAGACCAAGCAGACGGCACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTA...TAGGGTTCTGGGTGCTGACCCCCAAGACCAAGCAGACGGCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCGCCATCGCTACAGCCCGAGGCTACACAGACTGTGCTCGACACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101297 CCTCGCCATCGCTACAGCCCGAGGCTACACAGACTGTGCTCGACACCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCGGCAGGGAGCTGAGCTGGATGCCCGTGTCGGGGGTCGCGCTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101347 TCCGGCAGGGAGCTGAGCTGGATGCCCGTGTCGGGGGTCGCGCTGCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CATGAGGCCTGTGCCCGAGCCCAGTTTGACTGTGTGCGGCTGCTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101397 CATGAGGCCTGTGCCCGAGCCCAGTTTGACTGTGTGCGGCTGCTGCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTCGGAGCCAAGGCTAATGTGCTGACTGAGGAGGGCACGACTCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101447 CTTCGGAGCCAAGGCTAATGTGCTGACTGAGGAGGGCACGACTCCTTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCTCTGCACGATCCCCGAGTCCTTGCA         GTGCGCCAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101497 ACCTCTGCACGATCCCCGAGTCCTTGCAGTA...CAGGTGCGCCAAGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGCTGGAAGCAGGAGCGACGGTGAACCTGGCAGCAGGCGAGAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105962 CTGCTGGAAGCAGGAGCGACGGTGAACCTGGCAGCAGGCGAGAGCCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GACGCCCCTGCACGTGGCGGCGGCGCGCGGCCTGGAGCAACATGTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106012 GACGCCCCTGCACGTGGCGGCGGCGCGCGGCCTGGAGCAACATGTGGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGTACCTGGAGCATGGCGCCGACGTGGGCCTGCGCACCAGCCAGGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106062 TGTACCTGGAGCATGGCGCCGACGTGGGCCTGCGCACCAGCCAGGGCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACTGCGCTGAACACGGCGTGCGCTGGGGCCGAGGGCCCAGGTAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106112 ACTGCGCTGAACACGGCGTGCGCTGGGGCCGAGGGCCCAGGTAGCTGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCGACACCAGGCTGCGGCGCGCCGGCTCCTGGAGGCTGGAGCTGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106162 GCGACACCAGGCTGCGGCGCGCCGGCTCCTGGAGGCTGGAGCTGATGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGGCGGCCGGGCGCAAGCGCCACACGCCGCTGCACAACGCTTGTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106212 GGGCGGCCGGGCGCAAGCGCCACACGCCGCTGCACAACGCTTGTGCCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGCTGCGGGGGCCTGGCCGAGCTGCTGCTGCGTTACGGGGCCCGCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106262 GGCTGCGGGGGCCTGGCCGAGCTGCTGCTGCGTTACGGGGCCCGCGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGTCCCCAATGGGGCGGGCCACACGCCCATGGACTGTGCGCTGCAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106312 GGTCCCCAATGGGGCGGGCCACACGCCCATGGACTGTGCGCTGCAGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCCAGGACTCCCCCAACTGGGAGCCTGAAGTCCTTTTCGCCGCACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106362 TCCAGGACTCCCCCAACTGGGAGCCTGAAGTCCTTTTCGCCGCACTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GACTACGGGGCGCAGCCAGTGCGCCCTGAG         ATGCTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106412 GACTACGGGGCGCAGCCAGTGCGCCCTGAGGTG...TAGATGCTGAAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTGCGCCAACTTCCCTCGGGCCCTGGAAGTCCTGCTTAATGCCTATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106831 CTGCGCCAACTTCCCTCGGGCCCTGGAAGTCCTGCTTAATGCCTATCCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GTGTCCCATCCTGTGAGACCTGGGTGGAGGCGGTGCTCCCAGAGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106881 GTGTCCCATCCTGTGAGACCTGGGTGGAGGCGGTGCTCCCAGAGCTGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAG         GAGCACGAAGCCTTCTACAGCTCGGCCCTGTGCATGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106931 AAGGTA...TAGGAGCACGAAGCCTTCTACAGCTCGGCCCTGTGCATGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GAACCAGCCAAGGCAGCTGCAGCACCTGGCCCGACTAGCTGTGCGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107454 GAACCAGCCAAGGCAGCTGCAGCACCTGGCCCGACTAGCTGTGCGCGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GGTTGGGAAGCCGCTGCCGGCAGGGTGCCACCCGGCTGCCACTGCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107504 GGTTGGGAAGCCGCTGCCGGCAGGGTGCCACCCGGCTGCCACTGCCCCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1315 CTCCTCAGGGACTACCTGCTGCTGCGTGTGGAGGGGTGCATCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107554 CTCCTCAGGGACTACCTGCTGCTGCGTGTGGAGGGGTGCATCCAG