seq1 = pF1KE4086.tfa, 1347 bp
seq2 = pF1KE4086/gi568815587r_89957605.tfa (gi568815587r:89957605_90162997), 205393 bp

>pF1KE4086 1347
>gi568815587r:89957605_90162997 (Chr11)

1-408  (10900-11307)   99% ->
409-504  (11846-11941)   98% ->
505-735  (12640-12870)   99% ->
736-758  (13629-13651)   100% ->
759-856  (14593-14690)   100% ->
857-1347  (15792-16282)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCAGACGACCTGCAAGTCTTCCAGAATGAGCTCATTTGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  10900 ATGGATTCAGACGACCTGCAAGTCTTCCAGAATGAGCTCATTTGCTGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGCGTGAACTACTTCATAGATCCGGTCACCATTGACTGTGGGCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  10950 TTGCGTGAACTACTTCATAGATCCGGTCACCATTGACTGTGGGCACAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTGCAGGCCCTGCCTCTGCCTCTGCTCAGAAGAAGGCAGAGCACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11000 TTTGCAGGCCCTGCCTCTGCCTCTGCTCAGAAGAAGGCAGAGCACCAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTGCCCTTCGTGCAGAAAAACCTCAGAGAAGCCCAACTTCAACACCAA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  11050 CGCTGCCCTTCGTGCAGAAAAATCTCAGAGAAGCCCAACTTCAACACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTGGTACTCAAAAAGCTGTCTTCCCTAGCCAGACAGACCAGACCTCAGA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11100 TGTGGTACTCAAAAAGCTGTCTTCCCTAGCCAGACAGACCAGACCTCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATCAACAGCTCAGACAATATCTGTGTGCTCCATGAGGAGACTAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11150 ACATCAACAGCTCAGACAATATCTGTGTGCTCCATGAGGAGACTAAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTTCTGTGAGGCTGACAAGAGATTGCTCTGTGGGCCCTGCTCTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11200 CTCTTCTGTGAGGCTGACAAGAGATTGCTCTGTGGGCCCTGCTCTGAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCAGAGCACATGGCTCACAGCCACAGCCCAATAGGATGGGCTGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  11250 ACCAGAGCACATGGCTCACAGCCACAGCCCAATAGGATGGGCTGCTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AATGCAGG         GAGAAACTTATAAAGGAAATGGACTATTTATGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
  11300 AATGCAGGGTA...CAGGAGAAACTTATAAAGGAAATGGACTATTTATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAATCAATCAAGAGACAAGAAACAATCTAAATCAGGAAACTAGCACATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  11879 GAAATCAATCAAGAGACAAGAAACAATCTAAATCAGGAAACTAGAACATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCATTCGTTAAAG         GACTATGTGTCAGTAAGGAAGAGGATAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
  11929 TCATTCGTTAAAGGTA...CAGGACTATGTGTCAGTAAGGAAGAGGATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCACTATTCAATATCAAAAGATGCCTATATTTCTCGATGAGGAGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12668 TCACTATTCAATATCAAAAGATGCCTATATTTCTCGATGAGGAGGAGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGGCATCTGCAGGCACTGGAAAGAGAAGCAGAAGAGCTTTTCCAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12718 CGGCATCTGCAGGCACTGGAAAGAGAAGCAGAAGAGCTTTTCCAACAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACAAGACAGTCAAGTGAGAATGACCCAACATTTAGAAAGGATGAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12768 ACAAGACAGTCAAGTGAGAATGACCCAACATTTAGAAAGGATGAAAGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGTACAGAGAGCTGTGGGAGACATGCCACATGCCTGACGTGGTGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
  12818 TGTACAGAGAGCTGTGGGAGACATGCCACGTGCCTGACGTGGAGCTGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAG         GATGTGAGAAATGTATCAGCAAG         GACTGA
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  12868 CAGGTG...CAGGATGTGAGAAATGTATCAGCAAGGTG...CAGGACTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTTGGCACAGATGCAAAAGCCCCAGCCAGTGAACCCAGAGCTCACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14599 TTTGGCACAGATGCAAAAGCCCCAGCCAGTGAACCCAGAGCTCACTTCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGTGCATAACTGGAGTCCTAGACATGCTCAACAACTTCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
  14649 GGTGCATAACTGGAGTCCTAGACATGCTCAACAACTTCAGAGGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857  TGGATAGTGCTCTGAGCACGGAAATGATTCCTTGCTATATAAGCCTTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15791 GTGGATAGTGCTCTGAGCACGGAAATGATTCCTTGCTATATAAGCCTTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAGGATGTGAGATATGTGATATTTGGAGATGACCATCTCAGTGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15841 TGAGGATGTGAGATATGTGATATTTGGAGATGACCATCTCAGTGCTCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CGGATCCCCAGGGAGTGGACAGCTTTGCTGTGTGGGGAGCGCAAGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15891 CGGATCCCCAGGGAGTGGACAGCTTTGCTGTGTGGGGAGCGCAAGCATTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACCTCCGGCAAGCATTACTGGGAGGTGGATGTGACCCTCTCCTCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15941 ACCTCCGGCAAGCATTACTGGGAGGTGGATGTGACCCTCTCCTCCAACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GATTCTGGGAGTCTGTCGAGATTCCAGGACTGCAGATGCCAATTTCGTTA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  15991 GATTCTGGGAGTCTGTCAAGATTCCAGGACTGCAGATGCCAATTTCGTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGATTCTGATGAAAGATTTTTTTTAATTTCCTCAAAGAGGAGCAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16041 TTGATTCTGATGAAAGATTTTTTTTAATTTCCTCAAAGAGGAGCAATCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TATAGTCTCTCCACCAACTCTCCACCTTTAATTCAGTATGTGCAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16091 TATAGTCTCTCCACCAACTCTCCACCTTTAATTCAGTATGTGCAAAGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TCTGGGTCGAGTTGGGGTGTTTCTGGATTATGATAATGGATCTGTGAGTT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16141 TCTGGGTCAAGTTGGGGTGTTTCTGGATTATGATAATGGATCTGTGAGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TTTTTGATGTTTCTAAAGGTTCTCTTATCTATGGTTTTCCTCCTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16191 TTTTTGATGTTTCTAAAGGTTCTCTTATCTATGGTTTTCCTCCTTCCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTCTCTTCCCCTCTGAGGCCTTTCTTTTGCTTTGGTTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16241 TTCTCTTCCCCTCTGAGGCCTTTCTTTTGCTTTGGTTGTACA