seq1 = pF1KE4085.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KE4085/gi568815587f_67304203.tfa (gi568815587f:67304203_67509677), 205475 bp

>pF1KE4085 1338
>gi568815587f:67304203_67509677 (Chr11)

1-152  (100001-100152)   99% ->
153-252  (100883-100982)   100% ->
253-360  (101197-101304)   100% ->
361-467  (101393-101499)   100% ->
468-582  (101701-101815)   100% ->
583-648  (102425-102490)   100% ->
649-838  (102625-102814)   100% ->
839-993  (104777-104931)   100% ->
994-1338  (105205-105549)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGGCCCTGGGGGAGGACCTGGTGCAGCCTCCCGAGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGGCCCTGGGGGAGGACCTGGTGCAGCCTCCCGAGCTGCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACTCCAGCTCTTTGGGGTCCGACTCAGAGCTCAGCGGGCCTGGCCCAT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACTCCAGCTCCTTGGGGTCCGACTCAGAGCTCAGCGGGCCTGGCCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCGCCAGGCCGACCGCTATGGATTCATTGGGGGCAGCTCAGCAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCGCCAGGCCGACCGCTATGGATTCATTGGGGGCAGCTCAGCAGAGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GG         GCCGGGCCACCCACCTGCAGACCTCATCCGCCAACGGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGTA...CAGGCCGGGCCACCCACCTGCAGACCTCATCCGCCAACGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGAAGTGGGTGGAGATGACCTCGCACTGGGAGAAAACCATGTCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100922 GATGAAGTGGGTGGAGATGACCTCGCACTGGGAGAAAACCATGTCCCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGTACAAGAAG         GTAAAGATGCAGTGCCGGAAAGGCATCCCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100972 GGTACAAGAAGGTG...CAGGTAAAGATGCAGTGCCGGAAAGGCATCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGCCCTGCGCGCCCGATGCTGGCCCCTGTTGTGTGGGGCCCATGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101227 TCTGCCCTGCGCGCCCGATGCTGGCCCCTGTTGTGTGGGGCCCATGTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGAAGAACAGCCCTGGCACCTATCAG         GAGCTGGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101277 CCAGAAGAACAGCCCTGGCACCTATCAGGTG...CAGGAGCTGGCAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCCTGGAGACCCACAGTGGATGGAGACCATTGGCAGGGACCTGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101406 CCCCTGGAGACCCACAGTGGATGGAGACCATTGGCAGGGACCTGCACCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAATTCCCTCTGCACGAGATGTTTGTGTCGCCTCAGGGCCACGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101456 CAATTCCCTCTGCACGAGATGTTTGTGTCGCCTCAGGGCCACGGGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468    GCAGCAGGGGCTCCTGCAGGTGCTCAAGGCCTACACCCTGTATCGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101698 CAGGCAGCAGGGGCTCCTGCAGGTGCTCAAGGCCTACACCCTGTATCGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGGAGCAGGGCTACTGCCAGGCCCAGGGGCCCGTGGCTGCTGTGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101748 CGGAGCAGGGCTACTGCCAGGCCCAGGGGCCCGTGGCTGCTGTGCTGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGCACCTGCCCCCAGAG         GAGGCCTTCTGGTGCCTGGTGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101798 ATGCACCTGCCCCCAGAGGTG...CAGGAGGCCTTCTGGTGCCTGGTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATCTGTGAGGTCTACCTCCCTGGGTACTACGGGCCCCACATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102448 GATCTGTGAGGTCTACCTCCCTGGGTACTACGGGCCCCACATGGTG...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   GAGGCTGTGCGGCTGGACGCCGAGGTGTTCATGGCCCTGCTGCGGCGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102623 AGGAGGCTGTGCGGCTGGACGCCGAGGTGTTCATGGCCCTGCTGCGGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGCTTCCGCACGTGCACAAGCACCTGCAGCAGGTGGGCGTCGGACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102673 CTGCTTCCGCACGTGCACAAGCACCTGCAGCAGGTGGGCGTCGGACCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTGTACCTGCCCGAGTGGTTCCTGTGCCTCTTCGCCCGCTCCCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102723 GCTGTACCTGCCCGAGTGGTTCCTGTGCCTCTTCGCCCGCTCCCTGCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCCCACAGTGCTGCGTGTCTGGGATGCCTTCCTCAGTGAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102773 TCCCCACAGTGCTGCGTGTCTGGGATGCCTTCCTCAGTGAGGGTG...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839  GTGCCAGAGTACTGTTCCGTGTGGGGCTGACACTGGTGCGCCTGGCGCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104776 GGTGCCAGAGTACTGTTCCGTGTGGGGCTGACACTGGTGCGCCTGGCGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGCACTGCAGAGCAGCGAGGGGCCTGCCCTGGCCTCCTGGAGACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104826 GGGCACTGCAGAGCAGCGAGGGGCCTGCCCTGGCCTCCTGGAGACACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAGCCCTTCGAGCCATCCCCCCCGCGCAGCTGCAGGAGGAGGCCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104876 GAGCCCTTCGAGCCATCCCCCCCGCGCAGCTGCAGGAGGAGGCCTTCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCACAG         GTGCACAGCGTGGTGCTGTCGGAGCGGGACCTGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 104926 TCACAGGTG...CAGGTGCACAGCGTGGTGCTGTCAGAGCGGGACCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCGGGAGATCAAGGCCCAGCTGGCCCAGCTGCCCGATTCCGCGCCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105240 GCGGGAGATCAAGGCCCAGCTGGCCCAGCTGCCCGATTCCGCGCCGGGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCCGCCCCGGCCACAGGTCCGCCTCGCCGGGGCCCAAGCCATCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105290 CCCCGCCCCGGCCACAGGTCCGCCTCGCCGGGGCCCAAGCCATCTTTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCCAGCAGCTGGCAGGAGTGCGACGAGGCGCCAAGCCTGAGGTGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105340 GCCCAGCAGCTGGCAGGAGTGCGACGAGGCGCCAAGCCTGAGGTGCCTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GATTGTGGTGCAGCCCCCGGAGGAGCCCAGACCACCGCGGCGGAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105390 GATTGTGGTGCAGCCCCCGGAGGAGCCCAGACCACCGCGGCGGAAACCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGACCCGCGGCAAGACTTTCCATGGGCTCCTGACTCGGGCCCGGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105440 AGACCCGCGGCAAGACTTTCCATGGGCTCCTGACTCGGGCCCGGGGCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCCATCGAGGGGCCCCCCAGGCCCCAACGAGGCTCCACCTCCTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105490 CCCATCGAGGGGCCCCCCAGGCCCCAACGAGGCTCCACCTCCTTCCTGGA

   1400     .    :
   1329 CACCCGCTTC
        ||||||||||
 105540 CACCCGCTTC