seq1 = pF1KE4082.tfa, 1287 bp
seq2 = pF1KE4082/gi568815579f_5355492.tfa (gi568815579f:5355492_5556778), 201287 bp

>pF1KE4082 1287
>gi568815579f:5355492_5556778 (Chr19)

1-1287  (100001-101287)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTCTGCCGTCCGGAGCACTTAATGCCTAGAGCCAGCAGGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTCTGCCGTCCGGAGCACTTAATGCCTAGAGCCAGCAGGGTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGGCCGCGTCACTGCCTCTGAGCCACGCGGTCATTCCAACTCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGGCCGCGTCACTGCCTCTGAGCCACGCGGTCATTCCAACTCAACTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCGCGTCCTGGCCACAGGCCCCCTGGGAGACCCCGGAGATGCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCGCGTCCTGGCCACAGGCCCCCTGGGAGACCCCGGAGATGCCCAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTCATGCCTGCCGCCTCCAGTGGGACCTAGCAGCACACAGACAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTCATGCCTGCCGCCTCCAGTGGGACCTAGCAGCACACAGACAGCGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGGTGACCATGGGGTGGCCACGGCCGGGCCGAGCCCTCGTGGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGGGTGACCATGGGGTGGCCACGGCCGGGCCGAGCCCTCGTGGCAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGCCTTGCTGGTCTTGTCGCTGCTCCAGGTGCCCGCGCAGGCAGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAGCCTTGCTGGTCTTGTCGCTGCTCCAGGTGCCCGCGCAGGCAGTGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGGCCGTGCTGGAAGACAACTCGAGCTCGGTGGACTTTGCGGATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGGGCCGTGCTGGAAGACAACTCGAGCTCGGTGGACTTTGCGGATCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCGCTGTTCGGCGTCCCCCTGGCCCCCGAGGGCATACGGGGCTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCGCTGTTCGGCGTCCCCCTGGCCCCCGAGGGCATACGGGGCTACCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGAGGTCAAGCCAGCCAACGCGTGCCATCCCATCGAGGCCCCGCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGAGGTCAAGCCAGCCAACGCGTGCCATCCCATCGAGGCCCCGCGACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCAACCGCTCTCTGGGCTCCATTGCGCTGATCCGCCGCTACGACTGCAC
        |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCAACCGCTCTCTGGGCGCCATCGTGCTGATCCGCCGCTACGACTGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCGACCTCAAGGTGCTGAACGCCCAGCGCGCCGGCTTCGAGGCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCGACCTCAAGGTGCTGAACGCCCAGCGCGCCGGCTTCGAGGCGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCGTGCACAACGTCCACTCCGACGACCTCGTGAGCATGACCCACGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCGTGCACAACGTCCACTCCGACGACCTCGTGAGCATGACCCACGTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGGACTTGAGGGGCCAGATCGCCATCCCCTCAGTGTTCGTGAGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGGACTTGAGGGGCCAGATCGCCATCCCCTCAGTGTTCGTGAGCGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGCCTCGCAGGACCTGCGGGTCATCCTGGGCTGCAACAAGTCGGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGCCTCGCAGGACCTGCGGGTCATCCTGGGCTGCAACAAGTCGGCCCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGCTGCTCCTGCCCGACGACCCACCGTGCCACGACCTGGGCTGTCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGCTGCTCCTGCCCGACGACCCACCGTGCCACGACCTGGGCTGTCACCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGCTGACCGTGTCCTGGGTGCTGGGCTGTACCCTGGCCCTGGTCGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGCTGACCGTGTCCTGGGTGCTGGGCTGTACCCTGGCCCTGGTCGTATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGCCTTCTTTGTCCTGAACCACCTGTGGCTCTGGGCCCAGGCCTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGCCTTCTTTGTCCTGAACCACCTGTGGCTCTGGGCCCAGGCCTGCTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCACAGACGGCCGGTGAAGACGTCTACCTGCCAGAAGGCCCAGGTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCCACAGACGGCCGGTGAAGACGTCTACCTGCCAGAAGGCCCAGGTCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACCTTCACGTGGCACAACGACCTGTGTGCCATCTGCCTGGATGAGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100901 ACCTTCACGTGGCACAACGACCTGTGTGCCATCTGCCTGGATGAGTATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAGGGCGACCAACTCAAGATCCTGCCCTGCTCCCACACCTACCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAGGGCGACCAACTCAAGATCCTGCCCTGCTCCCACACCTACCACTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AATGCATTGACCCCTGGTTCTCCCAAGCCCCCCGGCGCTCCTGCCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AATGCATTGACCCCTGGTTCTCCCAAGCCCCCCGGCGCTCCTGCCCCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGCAAACAGTCGGTGGCCGCCACAGAAGACAGCTTTGACTCCACCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGCAAACAGTCGGTGGCCGCCACAGAAGACAGCTTTGACTCCACCACCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAGCTTCAGGGACGAGGACCCCTCCCTACCGGGCCACCGGCCCCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAGCTTCAGGGACGAGGACCCCTCCCTACCGGGCCACCGGCCCCCCATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GGGCCATTCAAGTCCAGCTACGCTCCCGGAGGCTGGAGCTGCTGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GGGCCATTCAAGTCCAGCTACGCTCCCGGAGGCTGGAGCTGCTGGGCCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCCAGTCCCCACTGCCACTGCAGCACCACGTCCCTGGAGGCAGAGTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCCAGTCCCCACTGCCACTGCAGCACCACGTCCCTGGAGGCAGAGTATAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1251 CACTGTCTCCTCAGCCCCTCCTGAGGCCCCTGGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CACTGTCTCCTCAGCCCCTCCTGAGGCCCCTGGTCAG