seq1 = pF1KE4079.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE4079/gi568815592f_36370098.tfa (gi568815592f:36370098_36587172), 217075 bp

>pF1KE4079 1257
>gi568815592f:36370098_36587172 (Chr6)

1-160  (100001-100160)   100% ->
161-434  (104692-104965)   100% ->
435-537  (109024-109126)   100% ->
538-658  (109494-109614)   100% ->
659-856  (111465-111662)   100% ->
857-967  (114617-114727)   100% ->
968-1257  (116786-117075)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGTTCACCGTGGCAGTGACAGTGACAGGTTATTGCGGCAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGTTCACCGTGGCAGTGACAGTGACAGGTTATTGCGGCAGGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTGCTTAGTGGATGATACTTTAGCTGTAGCCCAAGAAAAAGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTGCTTAGTGGATGATACTTTAGCTGTAGCCCAAGAAAAAGAAGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGCCTGGCTTCATCTGGTCCTCATAATCTTACTTATCCTCTAGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGCCTGGCTTCATCTGGTCCTCATAATCTTACTTATCCTCTAGGTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGAATGAAG         ACCTCTCACTTGACTATGCCTCTCAGCCAGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGAATGAAGGTA...TAGACCTCTCACTTGACTATGCCTCTCAGCCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATCTTCAGTTCCCTCACATAATGCCCCTTGCTGAAGACATCAAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104723 AAATCTTCAGTTCCCTCACATAATGCCCCTTGCTGAAGACATCAAAGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTGCTTCCAAAGTGGGAATAAACGGAACCATGAACCTTTTATTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104773 CTTGCTTCCAAAGTGGGAATAAACGGAACCATGAACCTTTTATTGCTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAGATTTGGAAACAGTAGTGTGGGCTTTGGCAGTAATTCCCATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104823 GAAAGATTTGGAAACAGTAGTGTGGGCTTTGGCAGTAATTCCCATTCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCACCAGAGAAAGTGACGCTTCTTGTAGATGGCACACGTTTTGTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104873 AGCACCAGAGAAAGTGACGCTTCTTGTAGATGGCACACGTTTTGTTGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATCCACAGATTTTCACTGCTCATCCGGATACCATGCTGGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104923 ATCCACAGATTTTCACTGCTCATCCGGATACCATGCTGGGAAGGTA...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435   GATGTTTGGACCAGGAAGAGAGTACAACTTCACTCGGCCCAATGAGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109022 AGGATGTTTGGACCAGGAAGAGAGTACAACTTCACTCGGCCCAATGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGAGAGTATGAGATTGCTGAAGGCATCAGTGCAACTGTATTTCGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109072 GGGAGAGTATGAGATTGCTGAAGGCATCAGTGCAACTGTATTTCGCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCTG         GATTATTACAAAACCGGTATCATCAATTGTCCTGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109122 TGCTGGTG...CAGGATTATTACAAAACCGGTATCATCAATTGTCCTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCATCTCTATCCCAGATCTTAGAGATACTTGTGATTATCTCTGCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109530 GGCATCTCTATCCCAGATCTTAGAGATACTTGTGATTATCTCTGCATTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTTGACTTCAACACTATCCGATGTCAAGATCTGA         GTGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109580 TTTTGACTTCAACACTATCCGATGTCAAGATCTGAGTA...CAGGTGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TACTCCATGAACTGTCTAATGACGGTGCTCATAAGCAGTTTGATCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111471 TACTCCATGAACTGTCTAATGACGGTGCTCATAAGCAGTTTGATCACTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCGAAGAGCTCATCTTGCCCATCATGGTGGGCTGTGCCAAGAAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111521 CTCGAAGAGCTCATCTTGCCCATCATGGTGGGCTGTGCCAAGAAAGGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACGAGAGTGCCACATTGTTGTGCTGACGGATGAGGATTCTGTGGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111571 ACGAGAGTGCCACATTGTTGTGCTGACGGATGAGGATTCTGTGGACTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATGAAGACCACCCTCCACCAATGGGGGAGGAATATTCCCAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111621 ATGAAGACCACCCTCCACCAATGGGGGAGGAATATTCCCAAAGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    857  TTCTTTATAGCTCCAAGCTCTACAGATTCTTCAAATATATTGAGAATAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114616 GTTCTTTATAGCTCCAAGCTCTACAGATTCTTCAAATATATTGAGAATAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGATGTTGCAAAAACAGTGTTAAAGGAACGGGGCCTAAAAAACATTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114666 GGATGTTGCAAAAACAGTGTTAAAGGAACGGGGCCTAAAAAACATTCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTGGAATTGAAG         GTTACCCTACCTGTAAAGAAAAAATTAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114716 TTGGAATTGAAGGTA...CAGGTTACCCTACCTGTAAAGAAAAAATTAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAAGGCCTGGCGGCCGGTCTGAAGTCATCTATAATTATGTACAACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116815 AGAAGGCCTGGCGGCCGGTCTGAAGTCATCTATAATTATGTACAACGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTTCATCCAGATGTCATGGGAAAAGGAAGAAGGGAAGAGTCGCCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116865 CTTCATCCAGATGTCATGGGAAAAGGAAGAAGGGAAGAGTCGCCATGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATTTCCAGTGTGTTCGAAGCAAATCCCTCACGAATCTGGTAGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116915 ATTTCCAGTGTGTTCGAAGCAAATCCCTCACGAATCTGGTAGCTGCTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GATGATGTCTTGGAGGACCAGGAGATATTAATGCATCACCCACCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116965 GATGATGTCTTGGAGGACCAGGAGATATTAATGCATCACCCACCCCAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGATGAACTTGACCGGCTAAATGCCCCACTTTCTCAGATGGCTTCTAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117015 GGATGAACTTGACCGGCTAAATGCCCCACTTTCTCAGATGGCTTCTAACG

   1300     .    :
   1247 ACTTTCAGGAT
        |||||||||||
 117065 ACTTTCAGGAT