seq1 = pF1KE4077.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KE4077/gi568815595r_160337975.tfa (gi568815595r:160337975_160539183), 201209 bp

>pF1KE4077 1209
>gi568815595r:160337975_160539183 (Chr3)

(complement)

1-1209  (100001-101209)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAATTTTGAGGAAGAGTTAACTTGTCCCATATGTTATAGTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACAATTTTGAGGAAGAGTTAACTTGTCCCATATGTTATAGTATTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGATCCTCGTGTACTGCCATGCTCTCATACATTTTGTAGAAATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGATCCTCGTGTACTGCCATGCTCTCATACATTTTGTAGAAATTGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAAAACATTCTTCAGGCATCTGGTAACTTTTATATATGGAGACCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAAAACATTCTTCAGGCATCTGGTAACTTTTATATATGGAGACCTTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGAATTCCACTCAAGTGCCCTAATTGCAGAAGTATTACTGAAATTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGAATTCCACTCAAGTGCCCTAATTGCAGAAGTATTACTGAAATTGCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACTGGCATTGAATCTTTACCTGTTAATTTTGCACTAAGGGCTATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACTGGCATTGAATCTTTACCTGTTAATTTTGCACTAAGGGCTATTATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAAAGTACCAGCAAGAAGACCATCCAGATATTGTCACCTGCCCTGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAAAGTACCAGCAAGAAGACCATCCAGATATTGTCACCTGCCCTGAACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACAGGCAACCATTAAATGTTTACTGTCTATTAGATAAAAAATTAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACAGGCAACCATTAAATGTTTACTGTCTATTAGATAAAAAATTAGTTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGTCATTGCCTTACCATAGGTCAACATCATGGTCATCCTATAGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGTCATTGCCTTACCATAGGTCAACATCATGGTCATCCTATAGATGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTCAAAGTGCCTATTTGAAAGAAAAGGACACTCCTCAAAAACTGCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTCAAAGTGCCTATTTGAAAGAAAAGGACACTCCTCAAAAACTGCTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGTTGACTGACACACACTGGACAGATCTTACCCATCTTATTGAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGTTGACTGACACACACTGGACAGATCTTACCCATCTTATTGAAAAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAAGAACAAAAATCTCATTCTGAGAAAATGATCCAAGGCGATAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAAAGAACAAAAATCTCATTCTGAGAAAATGATCCAAGGCGATAAGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGTTCTCCAGTATTTTAAGGAGCTTAATGATACATTAGAACAGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGTTCTCCAGTATTTTAAGGAGCTTAATGATACATTAGAACAGAAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAAAGTTTCCTAACGGCTCTCTGTGATGTTGGCAATCTAATTAATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAAAGTTTCCTAACGGCTCTCTGTGATGTTGGCAATCTAATTAATCAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATATACTCCACAAATTGAAAGAATGAAGGAAATACGAGAGCAGCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATATACTCCACAAATTGAAAGAATGAAGGAAATACGAGAGCAGCAGCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AATTAATGGCACTGACAATATCTTTACAAGAAGAGTCTCCACTTAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AATTAATGGCACTGACAATATCTTTACAAGAAGAGTCTCCACTTAAATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTTGAAAAAGTTGATGATGTACGCCAGCATGTACAGATCTTGAAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTTGAAAAAGTTGATGATGTACGCCAGCATGTACAGATCTTGAAACAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACCACTTCCTGAGGTTCAACCCGTTGAAATTTATCCTCGAGTAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACCACTTCCTGAGGTTCAACCCGTTGAAATTTATCCTCGAGTAAGCAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TATTGAAAGAAGAATGGAGCAGAACAGAAATTGGACAAATTAAGAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TATTGAAAGAAGAATGGAGCAGAACAGAAATTGGACAAATTAAGAACGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCATTCCCAAAATGAAAATTTCTCCAAAAAGGATGTCATGTTCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCATTCCCAAAATGAAAATTTCTCCAAAAAGGATGTCATGTTCCTGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGGTAAGGATGAAAAGGAAGTTGAATTTTTAAAAATTTTAAACATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGGTAAGGATGAAAAGGAAGTTGAATTTTTAAAAATTTTAAACATTGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TAGTTACATTAATTTCAGTAATACTGATGTCGATACTCTTTTTCAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TAGTTACATTAATTTCAGTAATACTGATGTCGATACTCTTTTTCAACCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CACATCATAACCTTTTTAAGTGAAATCACTTTAATATGGTTTTCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CACATCATAACCTTTTTAAGTGAAATCACTTTAATATGGTTTTCTGAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTCTCTATCTGTTTACCAAAGTTTATCTAACAGTCTGCATAAGGTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTCTCTATCTGTTTACCAAAGTTTATCTAACAGTCTGCATAAGGTAAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ATATACTGTGTCACATTTTCTATTTGTTGAAGGAATTTGTGTGGAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ATATACTGTGTCACATTTTCTATTTGTTGAAGGAATTTGTGTGGAAAATA

   1200     .
   1201 GTTTCCCAT
        |||||||||
 101201 GTTTCCCAT