seq1 = pF1KE4076.tfa, 1206 bp
seq2 = pF1KE4076/gi568815593r_15967474.tfa (gi568815593r:15967474_16279575), 312102 bp

>pF1KE4076 1206
>gi568815593r:15967474_16279575 (Chr5)

(complement)

1-537  (100001-100537)   100% ->
538-693  (101695-101850)   100% ->
694-886  (188495-188687)   100% ->
887-1206  (211783-212102)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTTGAGGGCGGCCACGGCGGCAGTCGGTGTCGCGGGGCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTTTGAGGGCGGCCACGGCGGCAGTCGGTGTCGCGGGGCGGAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGACGCCGAGCCTCCCCCGCAACCTCCCCCGCCGCCGCCGCCGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGACGCCGAGCCTCCCCCGCAACCTCCCCCGCCGCCGCCGCCGACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCGCCGGGAGAGCCGGCCCCGGTCCCCGCGGCCCCGCGCTACCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCGCCGGGAGAGCCGGCCCCGGTCCCCGCGGCCCCGCGCTACCTGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCTGCCCGCGTCCCCCGAGACCCCCGAGCGCGCCGCGGGGCCAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCTGCCCGCGTCCCCCGAGACCCCCGAGCGCGCCGCGGGGCCAAGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGCTAGGGGAGGTGGCCCCGCGGTGCAGGGGAGCGGACGAGCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCGCTAGGGGAGGTGGCCCCGCGGTGCAGGGGAGCGGACGAGCTGCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCCGCCCCTGCCCCTGCAGCCCGCCGGCCAGGAAGTGGCGGCGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCCGCCCCTGCCCCTGCAGCCCGCCGGCCAGGAAGTGGCGGCGGCCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACTCCGGGGAAGGTCCGAGGCGCCTCCCGGAGGCGGCAGCAGCGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACTCCGGGGAAGGTCCGAGGCGCCTCCCGGAGGCGGCAGCAGCGAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCCCCGGGGAGTCTGAGGCCGGCGCGGGCGGCGAGCGCGAGCGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCCCCGGGGAGTCTGAGGCCGGCGCGGGCGGCGAGCGCGAGCGGCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCCGGAGACCAGCCCGAGACGCGCTCGGTGTGCAGCAGCCGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGCCGGAGACCAGCCCGAGACGCGCTCGGTGTGCAGCAGCCGCAGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCAGTGGCGGCGGCGACCAGCGCGCTGGGCACCAGCACCAGCACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCAGTGGCGGCGGCGACCAGCGCGCTGGGCACCAGCACCAGCACCACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCCATCTGCAAGATCTGCTTCCAGGGCGCGGAGCAG         GGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100501 GCCCATCTGCAAGATCTGCTTCCAGGGCGCGGAGCAGGTA...TAGGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTTGTTGAACCCCTGCCGATGTGATGGGTCAGTTCGGTATACACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101699 AGTTGTTGAACCCCTGCCGATGTGATGGGTCAGTTCGGTATACACATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGTGCCTGCTAAAATGGATCAGTGAGAGAGGTTCCTGGACCTGTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101749 CTGTGCCTGCTAAAATGGATCAGTGAGAGAGGTTCCTGGACCTGTGAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTGCTGTTATAGATACCATGTTATAGCCATTAAAATGAAACAACCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101799 TTGCTGTTATAGATACCATGTTATAGCCATTAAAATGAAACAACCTTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AG         TGGCAGAGCATTTCTATAACACTGGTTGAGAAAGTTCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101849 AGGTA...TAGTGGCAGAGCATTTCTATAACACTGGTTGAGAAAGTTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATGATTGCTGTAATCCTAGGATCCCTGTTCTTAATAGCCAGTGTGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188534 ATGATTGCTGTAATCCTAGGATCCCTGTTCTTAATAGCCAGTGTGACTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCTCCTCTGGTCAGCCTTCAGCCCCTATGCAGTGTGGCAGAGGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188584 GCTCCTCTGGTCAGCCTTCAGCCCCTATGCAGTGTGGCAGAGGAAGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCCTTTTTCAGATCTGCTATGGAATGTATGGTTTTATGGATCTAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188634 TCCTTTTTCAGATCTGCTATGGAATGTATGGTTTTATGGATCTAGTGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATAG         GTCTCATTGTTCATGAAGGAGCTGCAGTTTACAGAGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188684 ATAGGTA...TAGGTCTCATTGTTCATGAAGGAGCTGCAGTTTACAGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTTTAAGCGCTGGCGAGCTGTGAATTTGCACTGGGATGTGTTAAATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211820 GTTTAAGCGCTGGCGAGCTGTGAATTTGCACTGGGATGTGTTAAATTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACAAAGCCACAGACATCGAAGAAAGCAGCCGGGGAGAGTCTTCCACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211870 ACAAAGCCACAGACATCGAAGAAAGCAGCCGGGGAGAGTCTTCCACAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGGACTTTGTGGTTGCCATTGACAGCTCTGCGGAACAGAAACTTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211920 AGGACTTTGTGGTTGCCATTGACAGCTCTGCGGAACAGAAACTTGGTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCCAACTCAGTTAACCTCACCAAGGTTTCAGTGTGGCTATGTGTTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211970 CCCAACTCAGTTAACCTCACCAAGGTTTCAGTGTGGCTATGTGTTATTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ACCTGTTCAATCGGATGAGGCCCCATGAAGACTTATCAGAAGATAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212020 ACCTGTTCAATCGGATGAGGCCCCATGAAGACTTATCAGAAGATAACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :
   1174 TCGGGGGAGGTTGTGATGAGAGTGACTTCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 212070 TCGGGGGAGGTTGTGATGAGAGTGACTTCAGTG