seq1 = pF1KE4070.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KE4070/gi568815586f_121316157.tfa (gi568815586f:121316157_121523573), 207417 bp

>pF1KE4070 1119
>gi568815586f:121316157_121523573 (Chr12)

8-228  (100001-100221)   100% ->
229-636  (101348-101755)   100% ->
637-729  (104086-104178)   100% ->
730-931  (104421-104622)   100% ->
932-1119  (107230-107417)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 AGGCGGGTGCCACGTCTATGTGGGCTTCGTGCTGTGGGCTGCTGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGCGGGTGCCACGTCTATGTGGGCTTCGTGCTGTGGGCTGCTGAATGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 GTCATGGGAACTGGAGCTGTCAGGGGCCAGCAGTCAGCATTTGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCATGGGAACTGGAGCTGTCAGGGGCCAGCAGTCAGCATTTGCAGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 CACCGGTCCATTCAGATTTACACCAAACCCTGAGTTTTCCACCTACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCGGTCCATTCAGATTTACACCAAACCCTGAGTTTTCCACCTACCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    158 CAGCAGCTACGGAAGGGCCCAACATAGTTTGTAAAGCCTGTGGGCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCAGCTACGGAAGGGCCCAACATAGTTTGTAAAGCCTGTGGGCTTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    208 TTTTCAGTCTTTAGAAAGAAG         CATGTTTGCTGTGACTGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100201 TTTTCAGTCTTTAGAAAGAAGGTG...CAGCATGTTTGCTGTGACTGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249 GAAGGATTTTTGCTCCGTTTGTTCAGTCTTACAAGAAAATCTCCGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101368 GAAGGATTTTTGCTCCGTTTGTTCAGTCTTACAAGAAAATCTCCGTAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299 GTTCTACTTGTCACTTATTACAAGAGACAGCATTTCAGCGCCCTCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101418 GTTCTACTTGTCACTTATTACAAGAGACAGCATTTCAGCGCCCTCAGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349 ATGCGACTGAAGGTGAAGGACCTGCGGCAGTATCTCATTCTGAGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101468 ATGCGACTGAAGGTGAAGGACCTGCGGCAGTATCTCATTCTGAGAAATAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399 ACCCATAGATACTTGTCGTGAGAAAGAAGACTTGGTGGATCTAGTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101518 ACCCATAGATACTTGTCGTGAGAAAGAAGACTTGGTGGATCTAGTACTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449 GCCATCATGGACTAGGCTCTGAGGACGACATGGACACAAGCAGTCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101568 GCCATCATGGACTAGGCTCTGAGGACGACATGGACACAAGCAGTCTGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 TCTTCAAGGTCCCAGACTTCTAGCTTTTTTACACGTTCGTTTTTTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101618 TCTTCAAGGTCCCAGACTTCTAGCTTTTTTACACGTTCGTTTTTTTCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 CTATACAGCCCCCTCTGCTACTATGTCTTCGTTTCAGGGAGAGCTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101668 CTATACAGCCCCCTCTGCTACTATGTCTTCGTTTCAGGGAGAGCTTATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599 ATGGAGACCAAACATCCAGATCTGGAGTGCCGGCACAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101718 ATGGAGACCAAACATCCAGATCTGGAGTGCCGGCACAGGTA...TAGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 CAAAGTGAAATCACTTCAGCAAACACAGAAGATGATGATGACGACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104089 CAAAGTGAAATCACTTCAGCAAACACAGAAGATGATGATGACGACGATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 TGAGGATGATGATGATGAAGAAGAAAACGCAGAGGATCGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104139 TGAGGATGATGATGATGAAGAAGAAAACGCAGAGGATCGGGTG...CAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    731 ACCCCGGGCTCTCCAAGGAGAGAGTGAGAGCTTCACTGTCTGACTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104422 ACCCCGGGCTCTCCAAGGAGAGAGTGAGAGCTTCACTGTCTGACTTGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781 AGCCTTGATGATGTGGAAGGAATGAGCGTGCGCCAGCTGAAGGAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104472 AGCCTTGATGATGTGGAAGGAATGAGCGTGCGCCAGCTGAAGGAAATTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    831 GGCTCGGAATTTTGTCAACTATTCTGGCTGTTGTGAAAAATGGGAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104522 GGCTCGGAATTTTGTCAACTATTCTGGCTGTTGTGAAAAATGGGAACTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    881 TAGAGAAAGTAAACCGGTTATACAAAGAGAATGAAGAAAACCAAAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104572 TAGAGAAAGTAAACCGGTTATACAAAGAGAATGAAGAAAACCAAAAGTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    931 T         ATGGCGAGCGGCTGCAGCTGCAGGATGAGGAAGACGACAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104622 TGTA...CAGATGGCGAGCGGCTGCAGCTGCAGGATGAGGAAGACGACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    972 CCTGTGTCGCATCTGCATGGATGCCGTCATCGACTGTGTCCTACTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107270 CCTGTGTCGCATCTGCATGGATGCCGTCATCGACTGTGTCCTACTGGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1022 GTGGGCACATGGTTACCTGCACCAAGTGCGGCAAGCGCATGAGTGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107320 GTGGGCACATGGTTACCTGCACCAAGTGCGGCAAGCGCATGAGTGAGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1072 CCCATCTGCCGGCAGTATGTGGTGCGAGCCGTGCACGTGTTCAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107370 CCCATCTGCCGGCAGTATGTGGTGCGAGCCGTGCACGTGTTCAAGTCC