seq1 = pF1KE4065.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KE4065/gi568815580f_46234275.tfa (gi568815580f:46234275_46556633), 322359 bp

>pF1KE4065 1038
>gi568815580f:46234275_46556633 (Chr18)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-377  (198916-199231)   100% ->
378-485  (201015-201122)   100% ->
486-615  (213289-213418)   100% ->
616-720  (216022-216126)   100% ->
721-816  (216430-216525)   100% ->
817-923  (221700-221806)   100% ->
924-1038  (222245-222359)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCTGGTCCACGTCGGCTATCTCGTGCTTCCAGTGTTTGGCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCTGGTCCACGTCGGCTATCTCGTGCTTCCAGTGTTTGGCTCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGAAACAGAG         GTGCCCCCTTTCAAAGGTCTCAGCATCCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGAAACAGAGGTA...CAGGTGCCCCCTTTCAAAGGTCTCAGCATCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGCTACCTCCTGCCGCCACTTCCACCTGGGCCCCCCGCAGCCGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198946 ACGCTACCTCCTGCCGCCACTTCCACCTGGGCCCCCCGCAGCCGCAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCGCTCCCGACTTCCCGCTGGCCCACCCCGTGCAGTCGCAGCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198996 CTCGCTCCCGACTTCCCGCTGGCCCACCCCGTGCAGTCGCAGCCAGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCGCCCACATGGCCCCGGCCCACCAGCACAGCGGCGCCCTGCACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199046 CAGCGCCCACATGGCCCCGGCCCACCAGCACAGCGGCGCCCTGCACCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGCTGACCCCGCTGCCCACCCTGCAGTTCCAGGACGTCACAGGTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199096 CGCTGACCCCGCTGCCCACCCTGCAGTTCCAGGACGTCACAGGTCCCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCTACCTCAGGCCCTGCACCAGCAATACCTCCTGCAGCAGCAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199146 TTCCTACCTCAGGCCCTGCACCAGCAATACCTCCTGCAGCAGCAGCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAAGCCCAGCACCGCAGGCTGGTCTCGCACCCCAG         GCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 199196 GGAAGCCCAGCACCGCAGGCTGGTCTCGCACCCCAGGTT...CAGGCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCAGGAGCGTGTATCTGTCCACCCCCACCGCCTCCATCCCAGCTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201020 GTCAGGAGCGTGTATCTGTCCACCCCCACCGCCTCCATCCCAGCTTCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCGGCCAACTGCAGACACCTCAGCCCAGGTATTTGGCTGAGGGCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201070 TTCGGCCAACTGCAGACACCTCAGCCCAGGTATTTGGCTGAGGGCACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTG         GGATCTCAGTGTGGATGCTGGCTTGAGTCCTGCTCAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201120 CTGGTG...CAGGGATCTCAGTGTGGATGCTGGCTTGAGTCCTGCTCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCAGGTGCGGCCCATCCCTCAGCACTATCAGCATTACCTAGCCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213327 TCCAGGTGCGGCCCATCCCTCAGCACTATCAGCATTACCTAGCCACTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGAATGCACCACTTTCCCAGAAACTCCTCCTCCACACAGATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 213377 CGAATGCACCACTTTCCCAGAAACTCCTCCTCCACACAGATGGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    616  GTCGTCCATGAAATCCGAAACTACCCTTACCCTCAGCTTCACTTCCTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216021 GGTCGTCCATGAAATCCGAAACTACCCTTACCCTCAGCTTCACTTCCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTCTCCAGGGACTAAATCCCAGCAGACACACCTCCGCCGTACGGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216071 CTCTCCAGGGACTAAATCCCAGCAGACACACCTCCGCCGTACGGGAGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATGAG         GAGCTGCTGCAGCTCGAGGACAGGTTGGGTAATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216121 TATGAGGTA...CAGGAGCTGCTGCAGCTCGAGGACAGGTTGGGTAATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACTCGGGGAGCTGTACAGAACACCATTGAGAGGTTCACCTTCCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216465 GACTCGGGGAGCTGTACAGAACACCATTGAGAGGTTCACCTTCCCCCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGTATAAGAAG         CGAAGACCCCAGGATGGCAAGGGCAAGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 216515 AGTATAAGAAGGTG...TAGCGAAGACCCCAGGATGGCAAGGGCAAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATGAGGGGGAGGAGTCAGACACAGATGAGAAATGCACAATTTGTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221730 GATGAGGGGGAGGAGTCAGACACAGATGAGAAATGCACAATTTGTCTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TATGCTGGAAGATGGAGAAGATGTGAG         ACGCCTACCCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 221780 TATGCTGGAAGATGGAGAAGATGTGAGGTA...CAGACGCCTACCCTGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCATCTCTTTCACCAACTGTGCGTGGACCAGTGGCTCGCCATGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222259 TGCATCTCTTTCACCAACTGTGCGTGGACCAGTGGCTCGCCATGAGCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAATGCCCCATCTGCCGAGTGGACATTGAGACACAACTGGGAGCCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222309 AAATGCCCCATCTGCCGAGTGGACATTGAGACACAACTGGGAGCCGACAG

   1100 
   1038 C
        |
 222359 C