seq1 = pF1KE4061.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE4061/gi568815587f_107530415.tfa (gi568815587f:107530415_107765194), 234780 bp

>pF1KE4061 1002
>gi568815587f:107530415_107765194 (Chr11)

1-17  (87776-87792)   100% ->
18-163  (100003-100148)   100% ->
164-192  (100286-100314)   100% ->
193-290  (101166-101263)   100% ->
291-420  (105222-105351)   100% ->
421-554  (117054-117187)   100% ->
555-623  (119921-119989)   100% ->
624-647  (120471-120494)   100% ->
648-698  (123758-123808)   100% ->
699-832  (125519-125652)   100% ->
833-1002  (134611-134780)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCACTTCCTGAG         AATGTTGATCCAGGTATGCCTGTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  87776 ATGAAGCACTTCCTGAGGTA...CAGAATGTTGATCCAGGTATGCCTGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTTTTACTGTAAATTTCTGTGGCGCTGCCTGAAATTTGTAATGAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 TTTTTACTGTAAATTTCTGTGGCGCTGCCTGAAATTTGTAATGAGGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAACTGGAAGATGTGAACTACAACGGATCTGTTATAATACCAAGCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 TAACTGGAAGATGTGAACTACAACGGATCTGTTATAATACCAAGCCGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTTCTAGAACCATGAAAATCG         AAACATCACTGAGGGATTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100127 GCTTCTAGAACCATGAAAATCGGTA...CAGAAACATCACTGAGGGATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAAAAGTAAG         CTGTTGCAGACTTCTGTGAGTGTTCACCCCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100305 TAAAAGTAAGGTA...CAGCTGTTGCAGACTTCTGTGAGTGTTCACCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACGCTATTGAAAAAACTATAGAAGATATCATGGAACTGAAAAAAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101197 ACGCTATTGAAAAAACTATAGAAGATATCATGGAACTGAAAAAAATTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTGACGTAAATCCACA         GCTGGGAATCTCTCTTCAGGCTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101247 CCTGACGTAAATCCACAGTA...TAGGCTGGGAATCTCTCTTCAGGCTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CCTTCTGCAAATCGTTGGGTACAGGAACCTTATTGCAGATGTGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105246 CCTTCTGCAAATCGTTGGGTACAGGAACCTTATTGCAGATGTGGAAAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCGTAGAGAGGCCTATGATTCTGATAATCCCCAACATGAAGAAATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105296 TGCGTAGAGAGGCCTATGATTCTGATAATCCCCAACATGAAGAAATGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGAAG         TTATGGAAATTCTTGAAGCCCAATACTCCACTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105346 TTGAAGGTT...CAGTTATGGAAATTCTTGAAGCCCAATACTCCACTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATCTCGGATTTCTAAGCAGTGGTGTGAAATTGGTTTCCAAGGTGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117089 ATCTCGGATTTCTAAGCAGTGGTGTGAAATTGGTTTCCAAGGTGATGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTAAAACAGACTTTCGAGGAATGGGACTTCTGGGACTGTACAATTTGCA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117139 CTAAAACAGACTTTCGAGGAATGGGACTTCTGGGACTGTACAATTTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555         GTATTTCGCGGAAAGGGATGCCACAGCAGCTCAGCAGGTCCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117189 TA...CAGGTATTTCGCGGAAAGGGATGCCACAGCAGCTCAGCAGGTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTCTGACTCTCTTCATCCGAAATGCAG         GGATATCACTAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119963 GTCTGACTCTCTTCATCCGAAATGCAGGTA...AAGGGATATCACTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGAAATAAG         CAAATTCAGCAAAGCAGAATGGGAGAAGAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120485 AAGAAATAAGGTA...CAGCAAATTCAGCAAAGCAGAATGGGAGAAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGGATGGATAAGGCAATTGG         GTACTCATTTGCAATTGTGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 123789 AGGATGGATAAGGCAATTGGGTG...TAGGTACTCATTTGCAATTGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CATCAATATAACTGACCTGGCATATAATCTACTGGTCAGCGGAGCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125540 CATCAATATAACTGACCTGGCATATAATCTACTGGTCAGCGGAGCTCTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAACCCATTTCTACAATATCGCCCCAGAAGCTCCAACATTGTCTCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125590 AAACCCATTTCTACAATATCGCCCCAGAAGCTCCAACATTGTCTCACTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAGCAAACATTCT         GCTATTTGATGCATGAATTTCATAAGTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125640 CAGCAAACATTCTGTA...CAGGCTATTTGATGCATGAATTTCATAAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TTGGATCGAAGAGGACCCCATGGACATAATGGAATTTAATCGTGTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134639 TTGGATCGAAGAGGACCCCATGGACATAATGGAATTTAATCGTGTGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGAAATTCCGCAAGAGGATCATCAAACAGCTGCAGAACCCAGACATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134689 AGAAATTCCGCAAGAGGATCATCAAACAGCTGCAGAACCCAGACATGGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTGTGCCCACATTTTGCTGCCTCGGAAGGTTTAATCAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134739 CTGTGCCCACATTTTGCTGCCTCGGAAGGTTTAATCAACATG