seq1 = pF1KE4059.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KE4059/gi568815589r_127963431.tfa (gi568815589r:127963431_128167101), 203671 bp

>pF1KE4059 981
>gi568815589r:127963431_128167101 (Chr9)

(complement)

1-511  (100001-100511)   99% ->
512-981  (103202-103671)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGTCCCAGCCAAGAAAAGGAAGATGAACTTCTCAGAGCGGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGTCCCAGCCAAGAAAAGGAAGATGAACTTCTCAGAGCGGGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGATCATCGTGGAGGAGCTGGAGCTGAAGAAGCACCTGCTGGTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGATCATCGTGGAGGAGCTGGAGCTGAAGAAGCACCTGCTGGTGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCAACGCCGGGGTACCCCTGGCCGCCAAGAGTGCGGCCTGGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCAACGCCGGGGTACCCCTGGCCGCCAAGAGTGCGGCCTGGCACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCTGAGAAGGGTCAACGCCGTGGCCACCTGCCGCAGAGAGCTGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCTGAGAAGGGTCAACGCCGTGGCCACCTGCCGCAGAGAGCTGCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTCAAGAAGAAGTGGTCTGACCTCAAGACCGAGGTCCGTCGCAAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTCAAGAAGAAGTGGTCTGACCTCAAGACCGAGGTCCGTCGCAAGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCAGGTCCGGGCCGCCGTGGAGGGTGGTGAGGCGCCGGGGCCCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCAGGTCCGGGCCGCCGTGGAGGGTGGTGAGGCGCCGGGGCCCACTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGGACGGAGCTGGGGGGCCTGGGACAGGCGGTGGCAGTGGCGGCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100301 GAGGACGGAGCTGGGGGGCCTGGGACAGGCGGTGGCAGTGGTGGCGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCAGCTGTAGCCCCAGTGCTGCTGACCCCCATGCAACAACGTATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCAGCTGTAGCCCCAGTGCTGCTGACCCCCATGCAACAACGTATCTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGCTGGGCGAGGCCACCATCATCAGCCTGCCCAGCACCACAGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTGCTGGGCGAGGCCACCATCATCAGCCTGCCCAGCACCACAGAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CACCCTGTGGCCCTCGGACCCTCGGCCACCGCAGCCGCAGCCACGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CACCCTGTGGCCCTCGGACCCTCGGCCACCGCAGCCGCAGCCACGGTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGACACAGA         TCCCCACAGAGACCACCTATCACACGCTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGACACAGAGTG...CAGTCCCCACAGAGACCACCTATCACACGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGAGGGCGTGGTGGAGTACTGCACGGCTGAGGCGCCCCCACCTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103232 AGGAGGGCGTGGTGGAGTACTGCACGGCTGAGGCGCCCCCACCTCTGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCAGAGACCCCTGTGGACATGATGGCCCAGCATGCAGACACGTCGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103282 CCAGAGACCCCTGTGGACATGATGGCCCAGCATGCAGACACGTCGGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCGCAAGCGCTCAAGAGCCGCATTGCTCTCAACTCCGCCAAGCTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103332 GCCGCAAGCGCTCAAGAGCCGCATTGCTCTCAACTCCGCCAAGCTGATAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGAGCAGCGGGTCACCAACCTGCATGTGAAGGAGATCGCACAGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103382 AGGAGCAGCGGGTCACCAACCTGCATGTGAAGGAGATCGCACAGCACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAACAGCAGAACGACCTACTGCAGATGATCCGCCGCTCCCAGGAAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103432 GAACAGCAGAACGACCTACTGCAGATGATCCGCCGCTCCCAGGAAGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCCTGTGCCCAGGAGCGCCAGGCCCAGGCCATGGAGGGCACACAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103482 GGCCTGTGCCCAGGAGCGCCAGGCCCAGGCCATGGAGGGCACACAGGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCTGAGCGTCCTCATCCAGGTCCTCCGGCCTATGATCAAAGATTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103532 CCCTGAGCGTCCTCATCCAGGTCCTCCGGCCTATGATCAAAGATTTCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGCTACCTGCAGAGCAACACAGCTAACCCGGCCCCCGCCTCTGACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103582 CGCTACCTGCAGAGCAACACAGCTAACCCGGCCCCCGCCTCTGACCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCAGGTGGCCCAGAATGGGCAGCCAGACAGCATCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103632 GCAGGTGGCCCAGAATGGGCAGCCAGACAGCATCATCCAG