seq1 = pF1KE4058.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE4058/gi568815575r_15183508.tfa (gi568815575r:15183508_15415510), 232003 bp

>pF1KE4058 969
>gi568815575r:15183508_15415510 (ChrX)

(complement)

1-181  (99906-100086)   100% ->
182-261  (112704-112783)   100% ->
262-369  (117830-117937)   100% ->
370-520  (122191-122341)   100% ->
521-655  (125873-126007)   100% ->
656-847  (127439-127630)   100% ->
848-969  (131882-132003)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGATGGTCCTGTTTTCTATGGCTTTAAAAACATTTTTATTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99906 ATGGAAGATGGTCCTGTTTTCTATGGCTTTAAAAACATTTTTATTACAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTGCTACGTTTTTTTTCTTTAAGCTTTTAATTAAAGTTTTTTTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99956 GTTTGCTACGTTTTTTTTCTTTAAGCTTTTAATTAAAGTTTTTTTGGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTAACCCATTTCTATATCGTCAAAGGAAATAGAAAAGAAGCGGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 TCCTAACCCATTTCTATATCGTCAAAGGAAATAGAAAAGAAGCGGCTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAGCAGAAGAGATCTATGGTGGAATTTCAG         ATTGCTGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100056 ATAGCAGAAGAGATCTATGGTGGAATTTCAGGTA...CAGATTGCTGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATCGATCCCCACTTCATGAAGCTGCAGCTCAGGGGCGCTTACTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112714 TGATCGATCCCCACTTCATGAAGCTGCAGCTCAGGGGCGCTTACTGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAAAACTTTAATTGCACAA         GGTGTCAATGTGAACCTTGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112764 TTAAAACTTTAATTGCACAAGTA...TAGGGTGTCAATGTGAACCTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAATTAACCGGGTGTCTTCTCTCCACGAGGCATGCCTTGGAGGTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117851 ACAATTAACCGGGTGTCTTCTCTCCACGAGGCATGCCTTGGAGGTCACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCTGTGCCAAAGCCTTATTGGAAAATGGTGCACAC         GTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117901 GGCCTGTGCCAAAGCCTTATTGGAAAATGGTGCACACGTG...TAGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGGAGTGACAGTTCACGGAGCCACACCCCTCTTCAATGCTTGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122195 ATGGAGTGACAGTTCACGGAGCCACACCCCTCTTCAATGCTTGCTGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCAGTGCTGCATGTGTCAATGTGCTGCTGGAGTTCGGAGCCAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122245 GGCAGTGCTGCATGTGTCAATGTGCTGCTGGAGTTCGGAGCCAAGGCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTGGAGGTGCACCTGGCCTCGCCCATCCATGAGGCAGTGAAGAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 122295 GTTGGAGGTGCACCTGGCCTCGCCCATCCATGAGGCAGTGAAGAGAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       GTCACAGAGAGTGCATGGAGATCCTGCTGGCAAATAATGTTAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122345 ...CAGGTCACAGAGAGTGCATGGAGATCCTGCTGGCAAATAATGTTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGACCATGAGGTGCCTCAGCTCGGAACTCCCCTATATGTGGCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125917 ATTGACCATGAGGTGCCTCAGCTCGGAACTCCCCTATATGTGGCCTGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACCAGAGGGTAGACTGTGTGAAGAAACTTCTAGAATTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125967 CTACCAGAGGGTAGACTGTGTGAAGAAACTTCTAGAATTAGGTA...AAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGCCAGTGTCGACCATGGCCAGTGGCTGGACACCCCACTCCATGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127439 GAGCCAGTGTCGACCATGGCCAGTGGCTGGACACCCCACTCCATGCTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCGAGGCAGTCCAATGTGGAGGTCATCCACCTGCTAACCGACTATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127489 GCGAGGCAGTCCAATGTGGAGGTCATCCACCTGCTAACCGACTATGGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAACCTGAAGCGTAGAAATGCTCAGGGCAAAAGTGCGCTTGATCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127539 TAACCTGAAGCGTAGAAATGCTCAGGGCAAAAGTGCGCTTGATCTGGCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTCCAAAAAGCAGCGTGGAGCAGGCACTCTTGCTCCGTGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 127589 CTCCAAAAAGCAGCGTGGAGCAGGCACTCTTGCTCCGTGAAGGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848  GCCCACCTGCTCTTTCCCAGCTCTGCCGCCTGTGTGTCCGGAAGTGTCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131881 GGCCCACCTGCTCTTTCCCAGCTCTGCCGCCTGTGTGTCCGGAAGTGTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGGTCGAGCATGTCATCAAGCCATCCACAAGCTACATCTGCCAGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131931 CGGTCGAGCATGTCATCAAGCCATCCACAAGCTACATCTGCCAGAGCCAC

   1000     .    :    .    :
    947 TCGAACGATTCCTCCTATACCAA
        |||||||||||||||||||||||
 131981 TCGAACGATTCCTCCTATACCAA