seq1 = pF1KE4055.tfa, 2661 bp
seq2 = pF1KE4055/gi568815591f_33046253.tfa (gi568815591f:33046253_33704975), 658723 bp

>pF1KE4055 2661
>gi568815591f:33046253_33704975 (Chr7)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-263  (106449-106599)   100% ->
264-328  (109386-109450)   100% ->
329-442  (131226-131339)   100% ->
443-617  (210984-211158)   100% ->
618-702  (218038-218122)   100% ->
703-886  (226760-226943)   100% ->
887-1016  (227575-227704)   100% ->
1017-1198  (290189-290370)   100% ->
1199-1275  (294645-294721)   100% ->
1276-1329  (298329-298382)   100% ->
1330-1432  (302816-302918)   100% ->
1433-1546  (304967-305077)   96% ->
1547-1693  (311598-311743)   97% ->
1694-1789  (321515-321610)   100% ->
1790-1962  (337414-337586)   100% ->
1963-2115  (341740-341892)   100% ->
2116-2298  (459211-459393)   100% ->
2299-2521  (487702-487924)   100% ->
2522-2632  (558613-558723)   100% ->
2633-2661  (558943-558971)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTTATTTAAAGCCCGTGATTGGTGGTCTACTATTCTGGGAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTTATTTAAAGCCCGTGATTGGTGGTCTACTATTCTGGGAGATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGAATTTGATCAAGGCTGTTTGTGTCTGGCTAATGTTGACAATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGAATTTGATCAAGGCTGTTTGTGTCTGGCTAATGTTGACAATAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAATGGACAAG         ATAAAATAATTGTGGGTAGCTTTATGGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAATGGACAAGGTA...CAGATAAAATAATTGTGGGTAGCTTTATGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTAAGGATCTTTAGCCCCCATCCTGCAAAAACAGGAGATGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106478 TACCTAAGGATCTTTAGCCCCCATCCTGCAAAAACAGGAGATGGAGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCGAAGATTTGCTTCTAGAAGTGGATCTACGAGATCCAGTACTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106528 AGCCGAAGATTTGCTTCTAGAAGTGGATCTACGAGATCCAGTACTTCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAAGTAGGAAAGTTTGTTTC         AGGTACCGAAATGCTACAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106578 TGGAAGTAGGAAAGTTTGTTTCGTA...CAGAGGTACCGAAATGCTACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGGCTGTGTTACATTCTAGAAAACTTTGTGTCTACTCTGTCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109405 TTGGCTGTGTTACATTCTAGAAAACTTTGTGTCTACTCTGTCTCAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      GAACCTTGGGTAATGTGGAACATGGGAACCAATGTCAGATGAAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109455 ..TAGGAACCTTGGGTAATGTGGAACATGGGAACCAATGTCAGATGAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATGTATGAACATAATCTTCAGAGAACAGCCTGCAATATGACCTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131271 TGATGTATGAACATAATCTTCAGAGAACAGCCTGCAATATGACCTATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCATTTGGTGGTGTAAAAG         GTCGAGATTTAATTTGCATCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 131321 TCATTTGGTGGTGTAAAAGGTA...TAGGTCGAGATTTAATTTGCATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTCTATGGATGGGATGCTGATGGTATTTGAGCAGGAGAGCTATGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211006 GTCTATGGATGGGATGCTGATGGTATTTGAGCAGGAGAGCTATGCTTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAAGATTTCTCCCTGGCTTTCTTCTGCCTGGTCCTCTTGCCTACAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211056 GAAGATTTCTCCCTGGCTTTCTTCTGCCTGGTCCTCTTGCCTACAGTTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGTACAGATTCCTTCCTTACTGTCTCTTCCTGCCAACAAGTGGAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211106 CGTACAGATTCCTTCCTTACTGTCTCTTCCTGCCAACAAGTGGAAAGTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAA         GTACCAGGTACTTGCTTTTGCAACAGATGCAGATAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211156 TAAGTA...CAGGTACCAGGTACTTGCTTTTGCAACAGATGCAGATAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCAGGAGACTGAACAGCAAAAACTTGGTTCTGGAAAAAGACTAGTT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 218076 GGCAGGAGACTGAACAGCAAAAACTTGGTTCTGGAAAAAGACTAGTTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GTGGATTGGACTCTAAATATTGGAGAGCAAGCCCTTGACATATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218126 ...TAGGTGGATTGGACTCTAAATATTGGAGAGCAAGCCCTTGACATATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATTGTCTCTTTCAATCAGTCGGCATCCTCTGTTTTTGTTCTTGGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226804 TATTGTCTCTTTCAATCAGTCGGCATCCTCTGTTTTTGTTCTTGGTGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAAACTTTTTTTGCCTTAAGGATAATGGACAAATTCGATTCATGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226854 GAAACTTTTTTTGCCTTAAGGATAATGGACAAATTCGATTCATGAAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTGATTGGAGCCCAAGTTGTTTTCTGCCATATTGCTCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 226904 CTTGATTGGAGCCCAAGTTGTTTTCTGCCATATTGCTCAGGTG...CAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTCTGAAGGAACAATAAATACTTTGATTGGAAATCATAATAACATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227576 TTCTGAAGGAACAATAAATACTTTGATTGGAAATCATAATAACATGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATATTTATCAAGATGTGACACTGAAGTGGGCCACCCAACTTCCCCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227626 ATATTTATCAAGATGTGACACTGAAGTGGGCCACCCAACTTCCCCACATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTGTAGCAGTAAGAGTGGGCTGTTTGCA         TGATTTAAAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 227676 CCTGTAGCAGTAAGAGTGGGCTGTTTGCAGTA...TAGTGATTTAAAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGTGATAGTCACTCTGAGTGATGATGGTCACTTGCAGTGTTCATACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290201 AGTGATAGTCACTCTGAGTGATGATGGTCACTTGCAGTGTTCATACCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGACAGATCCTTCTCTGTTCCAAGCTCCAAACGTTCAATCTCGAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290251 GGACAGATCCTTCTCTGTTCCAAGCTCCAAACGTTCAATCTCGAGAACTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACTATGATGAACTTGATGTAGAAATGAAAGAACTTCAGAAAATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290301 AACTATGATGAACTTGATGTAGAAATGAAAGAACTTCAGAAAATCATCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGATGTTAACAAATCACAAG         GTGTTTGGCCCATGACTGAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 290351 AGATGTTAACAAATCACAAGGTA...CAGGTGTTTGGCCCATGACTGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GAGAAGATGACTTGAACGTTTCTGTCGTGGTTTCTCCTAACTTTGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294666 GAGAAGATGACTTGAACGTTTCTGTCGTGGTTTCTCCTAACTTTGATTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTTTCT         CAAGCGACCGATGTTGAGGTGGGAACTGACCTTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294716 GTTTCTGTA...CAGCAAGCGACCGATGTTGAGGTGGGAACTGACCTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCCTTCTGTCACGGTGAAG         GTCACACTGCAGAACAGAGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 298364 CCCTTCTGTCACGGTGAAGGTA...TAGGTCACACTGCAGAACAGAGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TATTGCAAAAAGCCAAATTATCAGTCTACGTGCAACCACCATTAGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302838 TATTGCAAAAAGCCAAATTATCAGTCTACGTGCAACCACCATTAGAATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACTTGTGATCAGTTCACCTTTGAATTTATGA         CACCAGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 302888 ACTTGTGATCAGTTCACCTTTGAATTTATGAGTA...TAGCACCAGATTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GACTAGAACAGTAAGCTTTTCTGTTTATCTGAAAAGAAGTTATACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304977 GACTAGAACAGTAAGCTTTTCTGTTTATCTGAAAAGAAGTTATACACCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGAATTGGAAGGAAATGCTGTTGTTTCTTATTCCAGACCAACAGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |--|
 305027 CAGAATTGGAAGGAAATGCTGTTGTTTCTTATTCCAGACCAACAGGT  A

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AATC         CTGATGGCATTCCGCGAGTTATCCAATGTAAATTTAG
        ||-|>>>...>>> | |-||||||||||||||||||||||||||||||||
 305075 AA CATA...TATTTTA GGCATTCCGCGAGTTATCCAATGTAAATTTAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 ACTTCCCCTAAAGTTAATTTGCCTACCAGGTCAGCCTTCAAAAACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311634 ACTTCCCCTAAAGTTAATTTGCCTACCAGGTCAGCCTTCAAAAACTGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GCCACAAAATTACTATTGATACCAACAAATCTCCAGTCAGTCTTCTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311684 GCCACAAAATTACTATTGATACCAACAAATCTCCAGTCAGTCTTCTTAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CTCTTCCCAG         GTTTTGCCAGTCAGTCAGATGATGATCAGGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 311734 CTCTTCCCAGGTA...TAGGTTTTGCCAGTCAGTCAGATGATGATCAGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GAATGTAATGGGTTTTCACTTCTTAGGAGGTGCTCGAATTACTGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321546 GAATGTAATGGGTTTTCACTTCTTAGGAGGTGCTCGAATTACTGTTCTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CTTCCAAAACTTCTC         AACGATATCGCATTCAGAGTGAACAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 321596 CTTCCAAAACTTCTCGTA...CAGAACGATATCGCATTCAGAGTGAACAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TTTGAAGATCTTTGGCTCATAACCAATGAGCTTATTCTTCGCCTTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337440 TTTGAAGATCTTTGGCTCATAACCAATGAGCTTATTCTTCGCCTTCAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 ATATTTTGAAAAACAGGGAGTCAAAGATTTTGCATGTTCTTTTTCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337490 ATATTTTGAAAAACAGGGAGTCAAAGATTTTGCATGTTCTTTTTCGGGAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CTATACCCCTTCAAGAATATTTTGAGTTGATTGATCATCATTTTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 337540 CTATACCCCTTCAAGAATATTTTGAGTTGATTGATCATCATTTTGAGGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1963       CTACGGATAAATGGTGAAAAATTAGAAGAACTCTTATCTGAGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337590 ...CAGCTACGGATAAATGGTGAAAAATTAGAAGAACTCTTATCTGAGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AGCTGTACAATTTCGGGCCATTCAACGCCGGCTACTAGCAAGATTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341784 AGCTGTACAATTTCGGGCCATTCAACGCCGGCTACTAGCAAGATTCAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 ATAAAACTCCTGCCCCTCTTCAACACCTGGACACCTTGTTAGATGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 341834 ATAAAACTCCTGCCCCTCTTCAACACCTGGACACCTTGTTAGATGGAACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TACAAGCAG         GTAATTGCTCTAGCAGATGCAGTGGAGGAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 341884 TACAAGCAGGTC...CAGGTAATTGCTCTAGCAGATGCAGTGGAGGAAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CCAAGGCAATCTGTTCCAGTCATTCACCAGGCTGAAGAGTGCCACCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459243 CCAAGGCAATCTGTTCCAGTCATTCACCAGGCTGAAGAGTGCCACCCATT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TGGTGATTCTGCTGATCGCGCTGTGGCAGAAGCTTAGTGCTGACCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459293 TGGTGATTCTGCTGATCGCGCTGTGGCAGAAGCTTAGTGCTGACCAGGTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCTATTCTGGAAGCGGCATTTCTGCCGCTACAAGAAGACACTCAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459343 GCTATTCTGGAAGCGGCATTTCTGCCGCTACAAGAAGACACTCAAGAATT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 G         GGCTGGGAAGAAACGGTGGATGCCGCCATTTCCCACCTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 459393 GGTA...CAGGGCTGGGAAGAAACGGTGGATGCCGCCATTTCCCACCTGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 TGAAGACTTGCCTGTCGAAGAGTTCTAAGGAGCAGGCTTTGAACCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 487742 TGAAGACTTGCCTGTCGAAGAGTTCTAAGGAGCAGGCTTTGAACCTCAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 AGCCAGCTGAACATACCCAAAGACACAAGCCAACTGAAGAAACATATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 487792 AGCCAGCTGAACATACCCAAAGACACAAGCCAACTGAAGAAACATATCAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 CTTGCTCTGCGATAGATTATCCAAAGGTGGCCGTCTCTGCCTAAGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 487842 CTTGCTCTGCGATAGATTATCCAAAGGTGGCCGTCTCTGCCTAAGTACCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 ATGCAGCAGCCCCACAGACCATGGTCATGCCAG         GTGGTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 487892 ATGCAGCAGCCCCACAGACCATGGTCATGCCAGGTA...TAGGTGGTTGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 ACTACAATCCCAGAGTCAGACCTAGAAGAAAGATCAGTAGAACAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 558621 ACTACAATCCCAGAGTCAGACCTAGAAGAAAGATCAGTAGAACAAGACTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 TACAGAACTGTTTACCAACCACAGACATCTCACTGCAGAGACACCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 558671 TACAGAACTGTTTACCAACCACAGACATCTCACTGCAGAGACACCCAGGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 CTG         AAGTTTCACCCCTCCAAGGAGTCTCGGAA
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 558721 CTGGTA...CAGAAGTTTCACCCCTCCAAGGAGTCTCGGAA