seq1 = pF1KE4052.tfa, 696 bp
seq2 = pF1KE4052/gi568815594r_973019.tfa (gi568815594r:973019_1213464), 240446 bp

>pF1KE4052 696
>gi568815594r:973019_1213464 (Chr4)

(complement)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-171  (105061-105122)   100% ->
172-246  (116626-116700)   100% ->
247-303  (122627-122683)   100% ->
304-362  (127511-127569)   100% ->
363-415  (131846-131898)   100% ->
416-464  (131998-132046)   100% ->
465-510  (133777-133822)   100% ->
511-574  (139803-139866)   100% ->
575-696  (140325-140446)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACTGGGTGTTCTGTAATCGCTGCTTCCAGCCGCCCCACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAACTGGGTGTTCTGTAATCGCTGCTTCCAGCCGCCCCACAGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCGTGCTTCAGCCTCACCAACTGCGGGCACGTGTACTGCGACGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCGTGCTTCAGCCTCACCAACTGCGGGCACGTGTACTGCGACGCCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGGCAAAG         GTAAAAAGAATGAATGCTTGATTTGTAAAGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGGCAAAGGTC...TAGGTAAAAAGAATGAATGCTTGATTTGTAAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTGTCGTACAGTTTTGCTTTCAAAGCAT         ACCGACGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105093 CCTTGTCGTACAGTTTTGCTTTCAAAGCATGTA...CAGACCGACGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATCCAGGCATTCTTCATGAGCATAGACAGTCTGTGTAAGAAGTACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116637 TATCCAGGCATTCTTCATGAGCATAGACAGTCTGTGTAAGAAGTACTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGAAACCTCCCAG         ATTTTAGAATTTCAAGAAAAACACAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116687 GGGAAACCTCCCAGGTG...CAGATTTTAGAATTTCAAGAAAAACACAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAGATTGTTAGCCTTCTATAGAGAAAAG         ATTTCTAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122654 AAGAGATTGTTAGCCTTCTATAGAGAAAAGGTA...TAGATTTCTAGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGAAGAATCCCTTAGGAAGTCAGTGCTGCAGATAGAACAACTACAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 127522 GGAAGAATCCCTTAGGAAGTCAGTGCTGCAGATAGAACAACTACAAAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363        TATGAGATCATCACAACAAACAGCTTTCAGCACAATAAAAAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127572 A...TAGTATGAGATCATCACAACAAACAGCTTTCAGCACAATAAAAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TCAGTTTCAA         CAAAACCACACGGATGCCTGCTGCCACCTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 131889 TCAGTTTCAAGTA...CAGCAAAACCACACGGATGCCTGCTGCCACCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CTCATCAGCCCCCGACAG         ACTGGAGTCGATGGAAGTTGATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 132029 CTCATCAGCCCCCGACAGGTG...CAGACTGGAGTCGATGGAAGTTGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TCTCTCCTTCTCCGATTAGAAAA         TCTGAGATAGCAGCCGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133800 TCTCTCCTTCTCCGATTAGAAAAGTA...TAGTCTGAGATAGCAGCCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 CCTGCGAGAATCTCCATGATTAGTCCACCTCAAGATGGACGAATGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 139821 CCTGCGAGAATCTCCATGATTAGTCCACCTCAAGATGGACGAATGGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    575      CCCCCTGTGCCCGGAGAGTGTGTCATTTCCAGAGGTTCACCATGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139871 ..AAGCCCCCTGTGCCCGGAGAGTGTGTCATTTCCAGAGGTTCACCATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 TTCTGCATAGACGTCTGTCCTCACTGGCTGCTCCTCCTAGCGTTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140370 TTCTGCATAGACGTCTGTCCTCACTGGCTGCTCCTCCTAGCGTTCAGTTC

    750     .    :    .    :    .
    670 TGGAAGGCACGGGGAACTCACCAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 140420 TGGAAGGCACGGGGAACTCACCAACTC