seq1 = pF1KE4050.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KE4050/gi568815594f_140425429.tfa (gi568815594f:140425429_140650372), 224944 bp

>pF1KE4050 879
>gi568815594f:140425429_140650372 (Chr4)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-171  (102038-102066)   100% ->
172-269  (110305-110402)   100% ->
270-399  (111984-112113)   100% ->
400-533  (114740-114873)   100% ->
534-602  (117146-117214)   100% ->
603-736  (118025-118158)   100% ->
737-879  (124802-124944)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTATTTCTTTGTGGGAGTTCTTCTATGGGCACTTTTTTCGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTATTTCTTTGTGGGAGTTCTTCTATGGGCACTTTTTTCGATTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGAAATGGCTATTACGACAGATGACTGGGAAGTGTGAATTGCAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGAAATGGCTATTACGACAGATGACTGGGAAGTGTGAATTGCAGCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATTTGATACCTATGTAGGTGCACAAAGGACACACAGGATAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 TATTTGATACCTATGTAGGTGCACAAAGGACACACAGGATAGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  AAAATTCCTTGACATACTCCAAGAATAAG         GTTTTACAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102037 GAAAATTCCTTGACATACTCCAAGAATAAGGTA...TAGGTTTTACAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCGACACATGTTGTTCAGAGTGAAGTGGACAAATATGTAGATGATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110316 GGCGACACATGTTGTTCAGAGTGAAGTGGACAAATATGTAGATGATATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAGGAAAAGAATATTAACCCTGAGAAGGATGCCAG         TTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110366 TGAAGGAAAAGAATATTAACCCTGAGAAGGATGCCAGGTG...TAGTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAAATATGCATGAAGATGTGCTTACTGCAGATAACTGGTTATAAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111988 AAAATATGCATGAAGATGTGCTTACTGCAGATAACTGGTTATAAACAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTATTTGGATGTAGAAAGTGTGAGGAAAAGGCCATATGATTCTGATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112038 GTATTTGGATGTAGAAAGTGTGAGGAAAAGGCCATATGATTCTGATAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACAGCATGAAGAGCTACTCATGAAG         CTTTGGAATCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112088 TACAGCATGAAGAGCTACTCATGAAGGTA...CAGCTTTGGAATCTTCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGCCCACGAAGAAGTTAAACGCTAGAATCTCCAAGCAGTGGGCTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114755 ATGCCCACGAAGAAGTTAAACGCTAGAATCTCCAAGCAGTGGGCTGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGTTTTCAGGGTGATGATCCCAAGACAGACTTCAGAGGCATGGGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114805 TGGTTTTCAGGGTGATGATCCCAAGACAGACTTCAGAGGCATGGGCATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGGGTTAATCAATCTTGT         GTATTTCAGTGAAAATTACACT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114855 TTGGGTTAATCAATCTTGTGTA...TAGGTATTTCAGTGAAAATTACACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGTGAAGCTCATCAGATTCTTTCCCGTTCAAATCATCCAAAATTAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 117168 AGTGAAGCTCATCAGATTCTTTCCCGTTCAAATCATCCAAAATTAGGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603       GTATTCTTATGCAATAGTTGGAATCAATCTTACAGAGATGGCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117218 ...TAGGTATTCTTATGCAATAGTTGGAATCAATCTTACAGAGATGGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATAGCTTACTGAAGAGTGAAGCTTTGAAGTTTCATCTCTATAACCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118069 ATAGCTTACTGAAGAGTGAAGCTTTGAAGTTTCATCTCTATAACCTTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTGGTATACCAACAATGGAACACTTTCATCAGTTTTACT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118119 CCTGGTATACCAACAATGGAACACTTTCATCAGTTTTACTGTG...CAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTATCTTGTCTATGAATTTGACAAGTTTTGGTTTGAAGAAGAACCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124803 TTATCTTGTCTATGAATTTGACAAGTTTTGGTTTGAAGAAGAACCAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCATTATGTATTTCAATTTGTATAGAGAGAAGTTTCATGAAAAGATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124853 GCATTATGTATTTCAATTTGTATAGAGAGAAGTTTCATGAAAAGATTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGACTTTTACTGGATTGTAATGTAGCACTTACTTTAAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124903 GGACTTTTACTGGATTGTAATGTAGCACTTACTTTAAAAGTA