seq1 = pF1KE4047.tfa, 819 bp
seq2 = pF1KE4047/gi568815595f_140966105.tfa (gi568815595f:140966105_141247266), 281162 bp

>pF1KE4047 819
>gi568815595f:140966105_141247266 (Chr3)

1-694  (100001-100694)   99% ->
695-819  (181038-181162)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCAGAAGCTCTCGGGGAGCCTCAAGTCAGTGGAGGTGCGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCAGAAGCTCTCGGGGAGCCTCAAGTCAGTGGAGGTGCGAGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCTGCGGCCGGCCAAGCGGGAGCTGCGGGGTGCAGAGCCCGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGCTGCGGCCGGCCAAGCGGGAGCTGCGGGGTGCAGAGCCCGGGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGCGGCTGGACCAGCTGTTGGACATGCCAGCGGCGGGGCTGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGCGGCTGGACCAGCTGTTGGACATGCCAGCGGCGGGGCTGGCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCTGCGGCACGCGTGGAACCCCGAGGACCGCTCGCTCAACGTCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCTGCGGCACGCGTGGAACCCCGAGGACCGCTCGCTCAACGTCTTCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGGACGACGACCGGCTCACCTTCCACAGGCACCCCGTGGCCCAGAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGACGACGACCGGCTCACCTTCCACCGGCACCCCGTGGCCCAGAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGACGGCATCCGCGGCAAGGTGGGCCACGCCCGCGGCCTGCACGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGACGGCATCCGCGGCAAGGTGGGCCACGCCCGCGGCCTGCACGCCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGATCAACTGGCCGGCTCGGCAGCGCGGCACCCACGCTGTAGTTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGATCAACTGGCCGGCTCGGCAGCGCGGCACCCACGCTGTAGTTGGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCACGGCCCGTGCTCCCCTGCACTCCGTGGGCTACACGGCGCTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGCCACGGCCCGTGCTCCCCTGCACTCCGTGGGCTACACGGCGCTGGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCAGTGACGCCGAGTCGTGGGGCTGGGACCTGGGCCGCAGCCGCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCAGTGACGCCGAGTCGTGGGGCTGGGACCTGGGCCGCAGCCGCCTCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CACGACGGCAAGAACCAGCCCGGCGTGGCCTACCCGGCCTTTCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CACGACGGCAAGAACCAGCCCGGCGTGGCCTACCCGGCCTTTCTGGGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGACGAGGCCTTTGCGCTGCCCGACTCGCTGCTCGTGGTGCTGGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGACGAGGCCTTTGCGCTGCCCGACTCGCTGCTCGTGGTGCTGGACATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGAGGGCACACTCAGCTTCATCGTGGATGGCCAGTACCTGGGCGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGAGGGCACACTCAGCTTCATCGTGGATGGCCAGTACCTGGGCGTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCCGAGGTCTCAAGGGCAAGAAGCTGTACCCGGTGGTGAGTGCCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCCGAGGTCTCAAGGGCAAGAAGCTGTACCCGGTGGTGAGTGCCGTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGGCCACTGTGAAGTCACCATGCGCTACATCAACGGCCTTGACC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100651 GGGCCACTGTGAAGTCACCATGCGCTACATCAACGGCCTTGACCGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695    CCGAGCCCCTGCCACTGATGGACCTGTGCCGGAGATCCATCCGCTCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181035 CAGCCGAGCCCCTGCCACTGATGGACCTGTGCCGGAGATCCATCCGCTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCCTGGGCCGCCAGCGCCTGCAGGACATCAGCTCCCTGCCCCTGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181085 GCCCTGGGCCGCCAGCGCCTGCAGGACATCAGCTCCCTGCCCCTGCCTCA

    800     .    :    .    :    .
    792 GTCTCTCAAAAACTATCTGCAGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 181135 GTCTCTCAAAAACTATCTGCAGTACCAG