seq1 = pF1KE4046.tfa, 819 bp
seq2 = pF1KE4046/gi568815596r_24847619.tfa (gi568815596r:24847619_25071904), 224286 bp

>pF1KE4046 819
>gi568815596r:24847619_25071904 (Chr2)

(complement)

1-87  (100001-100087)   98% ->
88-170  (104612-104694)   100% ->
171-240  (108431-108500)   100% ->
241-405  (113931-114095)   100% ->
406-528  (114740-114862)   100% ->
529-689  (120351-120511)   100% ->
690-819  (124157-124286)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCCAACATGCCGAAGCGGAAGGAGCCTGGCAGGTCTCTCCGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCCAACATGCCGAAGCGGAAGGAGCCCGGCAGGTCTCTCCGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGTCATCTCCATGGGCAACGCCGAAGTGGGGAAA         AGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CAAAGTCATCTCCATGGGCAACGCCGAAGTGGGGAAAGTG...TAGAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTATTATAAAGCGATACTGTGAGAAAAGATTCGTGTCTAAATACCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104616 GTATTATAAAGCGATACTGTGAGAAAAGATTCGTGTCTAAATACCTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAATTGGAATTGACTATGGAGTCACAAA         GGTACACGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104666 ACAATTGGAATTGACTATGGAGTCACAAAGTA...CAGGGTACACGTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGACAGAGAAATCAAAGTTAACATCTTTGATATGGCTGGACATCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108443 AGACAGAGAAATCAAAGTTAACATCTTTGATATGGCTGGACATCCCTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTATGAG         GTTCGAAATGAGTTTTACAAGGACACACAGGGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108493 TCTATGAGGTA...AAGGTTCGAAATGAGTTTTACAAGGACACACAGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGATACTGGTCTATGATGTTGGGCAGAAAGACTCCTTTGACGCCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113964 GTGATACTGGTCTATGATGTTGGGCAGAAAGACTCCTTTGACGCCCTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCGTGGCTGGCAGAAATGAAGCAAGAGCTTGGACCTCATGGAAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114014 TGCGTGGCTGGCAGAAATGAAGCAAGAGCTTGGACCTCATGGAAACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAATATTATATTTGTAGTTTGTGCCAACAAG         ATTGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114064 AAAATATTATATTTGTAGTTTGTGCCAACAAGGTA...CAGATTGATTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCAAACATCGCTGTGTAGATGAAAGTGAAGGACGTCTTTGGGCTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114749 ACCAAACATCGCTGTGTAGATGAAAGTGAAGGACGTCTTTGGGCTGAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAAGGGTTCCTGTACTTTGAAACTTCAGCACAAACTGGAGAAGGCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114799 CAAAGGGTTCCTGTACTTTGAAACTTCAGCACAAACTGGAGAAGGCATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAGATGTTCCAG         ACCTTTTATATATCCATAGTTGATTTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114849 ATGAGATGTTCCAGGTA...TAGACCTTTTATATATCCATAGTTGATTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGTGAAAATGGCGGGAAACGCCCTACCACCAATAGCAGTGCTAGTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120378 TGTGAAAATGGCGGGAAACGCCCTACCACCAATAGCAGTGCTAGTTTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAAGAACAAGCAGATGCCATTCGCAGAATTCGAAATAGTAAAGACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120428 CAAAGAACAAGCAGATGCCATTCGCAGAATTCGAAATAGTAAAGACAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGACATGCTGGGAGTCAAACCTGGGGCCTCAAG         GGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120478 GGGACATGCTGGGAGTCAAACCTGGGGCCTCAAGGTA...CAGGGATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTCAATAAAGCGTATCGGAAACTTGCTGTGCTTCTTCACCCTGACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124164 GTCAATAAAGCGTATCGGAAACTTGCTGTGCTTCTTCACCCTGACAAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTAGCACCTGGCAGTGAAGATGCCTTCAAAGCAGTTGTGAATGCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124214 TGTAGCACCTGGCAGTGAAGATGCCTTCAAAGCAGTTGTGAATGCTCGGA

    850     .    :    .    :
    797 CAGCCCTCCTGAAAAACATCAAG
        |||||||||||||||||||||||
 124264 CAGCCCTCCTGAAAAACATCAAG