seq1 = pF1KE4041.tfa, 789 bp
seq2 = pF1KE4041/gi568815592f_112249709.tfa (gi568815592f:112249709_112450497), 200789 bp

>pF1KE4041 789
>gi568815592f:112249709_112450497 (Chr6)

1-789  (100001-100789)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAACGCCTGCAAGCAGAGTTGTCCTGTCCAGTTTGCCTGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAACGCCTGCAAGCAGAGTTGTCCTGTCCAGTTTGCCTGGATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCTCCTGTTCCATTTCTCTCTCTTGTACACACGTGTTCTGCTTTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCTCCTGTTCCATTTCTCTCTCTTGTACACACGTGTTCTGCTTTGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCCAGAGGTATATACTAGAAAACCATGATTTTAGAGCGATGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATCCAGAGGTATATACTAGAAAACCATGATTTTAGAGCGATGTGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGTGTCGAGACGTGGTGAAGGTACCTGCTTTGGAAGAATGGCAAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGTGTCGAGACGTGGTGAAGGTACCTGCTTTGGAAGAATGGCAAGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTCCTAACACTTATGACCAAGCAGCACAATAGCCGACTTGAGCAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTCCTAACACTTATGACCAAGCAGCACAATAGCCGACTTGAGCAAAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCACGTGAGGGAGGAGCTCCGGCATTTTCGGGAGGATGTGACCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCACGTGAGGGAGGAGCTCCGGCATTTTCGGGAGGATGTGACCCTGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCAGCCACTGCCAGCTCCCTCCTTGTCTTCTCCAATGATCTAAGAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCAGCCACTGCCAGCTCCCTCCTTGTCTTCTCCAATGATCTAAGAAGCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCAGTGTAAGAAGATCCACCACGATCTGACAAAAGATCCCAGGCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCAGTGTAAGAAGATCCACCACGATCTGACAAAAGATCCCAGGCTGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGTCCTGGGTACTCCCTGCTTCTCCTCCGGCCAACATTACTGGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGTCCTGGGTACTCCCTGCTTCTCCTCCGGCCAACATTACTGGGAGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAGTGGGAGAGGTGAAGTCATGGTCCCTGGGCGTCTGCAAGGAGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAGTGGGAGAGGTGAAGTCATGGTCCCTGGGCGTCTGCAAGGAGCCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGACAGAAAGAGCAATGATTTATTCCCTGAGCATGGCTTCTGGATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGACAGAAAGAGCAATGATTTATTCCCTGAGCATGGCTTCTGGATCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAAGGCAGGAGCAATCCATGCTAACACCCACCTGGAGAGAATTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGAAGGCAGGAGCAATCCATGCTAACACCCACCTGGAGAGAATTCCTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCCTCGCCTTCGCCGTGTGGGAATTTTCCTGGATGCTGACTTAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCCCTCGCCTTCGCCGTGTGGGAATTTTCCTGGATGCTGACTTAGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATCCAGTTTTTTGATGTTGACAATAATGTCCTCATCTATACACATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATCCAGTTTTTTGATGTTGACAATAATGTCCTCATCTATACACATGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTTTCTTCTCTTTGGAGCTTTTGTGTCCATTCTTCTGTCTTGAGCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTTTCTTCTCTTTGGAGCTTTTGTGTCCATTCTTCTGTCTTGAGCTCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .
    751 GGAGAAGGGGAGAGTGGCAACGTCCTGACCATCTGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGAGAAGGGGAGAGTGGCAACGTCCTGACCATCTGCCCA