seq1 = pF1KE4038.tfa, 759 bp
seq2 = pF1KE4038/gi568815593r_126770636.tfa (gi568815593r:126770636_127018171), 247536 bp

>pF1KE4038 759
>gi568815593r:126770636_127018171 (Chr5)

(complement)

1-188  (100001-100188)   100% ->
189-393  (103038-103242)   100% ->
394-603  (139778-139987)   100% ->
604-759  (147381-147536)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAACCAGCCGCTGCAGTCACCTGCCCGAAGTCCTGCCAGACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAACCAGCCGCTGCAGTCACCTGCCCGAAGTCCTGCCAGACTGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTCAGCTGCACCCGTGGTGAAGACGGTGGAGGATTGTGGCAGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTCAGCTGCACCCGTGGTGAAGACGGTGGAGGATTGTGGCAGCCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAATGGGCAGCCGCAGTATGTCATGCAAGTTTCAGCCAAGGACGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAATGGGCAGCCGCAGTATGTCATGCAAGTTTCAGCCAAGGACGGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTGTCAACAGTAGTGCGGACTCTTGCCACCCAGAG         CCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100151 CTGCTGTCAACAGTAGTGCGGACTCTTGCCACCCAGAGGTA...CAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCAATGACCGGCCGATGTGCAGGATCTGCCACGAGGGCAGCAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103041 CTTCAATGACCGGCCGATGTGCAGGATCTGCCACGAGGGCAGCAGCCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGACTTGCTCTCTCCATGTGAATGTACAGGGACCTTGGGGACAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103091 AGGACTTGCTCTCTCCATGTGAATGTACAGGGACCTTGGGGACAATTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGAGCTGCCTGGAGCACTGGCTGTCATCCTCAAACACCAGCTACTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103141 CGGAGCTGCCTGGAGCACTGGCTGTCATCCTCAAACACCAGCTACTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACTCTGCCACTTCAGGTTTGCAGTCGAGCGCAAACCCAGGCCGTTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103191 ACTCTGCCACTTCAGGTTTGCAGTCGAGCGCAAACCCAGGCCGTTAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AG         TGGCTGAGAAACCCTGGCCCCCAGCATGAGAAGCGGACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103241 AGGTC...CAGTGGCTGAGAAACCCTGGCCCCCAGCATGAGAAGCGGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGTTTGGCGACATGGTGTGCTTCTTGTTTATAACTCCCCTGGCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139817 CTGTTTGGCGACATGGTGTGCTTCTTGTTTATAACTCCCCTGGCCACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCGGGCTGGCTGTGCCTGCGGGGCGCCGTGGACCACCTGCACTTTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139867 CTCGGGCTGGCTGTGCCTGCGGGGCGCCGTGGACCACCTGCACTTTAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTCGGCTGGAAGCCGTCGGACTGATTGCACTCACTGTCGCACTCTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139917 GTCGGCTGGAAGCCGTCGGACTGATTGCACTCACTGTCGCACTCTTCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATTTACCTCTTTTGGACACTA         GTGTCATTTAGGTACCACTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 139967 ATTTACCTCTTTTGGACACTAGTA...CAGGTGTCATTTAGGTACCACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCGATTGTACAACGAGTGGCGTCGGACCAATCAGAGGGTGATTCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147401 TCGATTGTACAACGAGTGGCGTCGGACCAATCAGAGGGTGATTCTCCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTCCAAAGTCTGTCAATGTACCTTCTAACCAGCCGTCCTTGCTGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147451 TTCCAAAGTCTGTCAATGTACCTTCTAACCAGCCGTCCTTGCTGGGCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .
    724 CATTCGGTCAAGAGGAACTCAAAGGAGACAGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147501 CATTCGGTCAAGAGGAACTCAAAGGAGACAGTTGTT