seq1 = pF1KE4037.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KE4037/gi568815587r_47066267.tfa (gi568815587r:47066267_47276853), 210587 bp

>pF1KE4037 1563
>gi568815587r:47066267_47276853 (Chr11)

(complement)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-191  (100220-100338)   100% ->
192-264  (100931-101003)   100% ->
265-396  (101541-101672)   100% ->
397-480  (101756-101839)   100% ->
481-562  (103014-103095)   100% ->
563-619  (103372-103428)   100% ->
620-672  (104521-104573)   100% ->
673-809  (105054-105190)   100% ->
810-941  (105297-105428)   100% ->
942-1070  (108603-108731)   100% ->
1071-1205  (108811-108945)   100% ->
1206-1332  (109968-110094)   99% ->
1333-1426  (110255-110348)   100% ->
1427-1545  (110468-110586)   100% ->
1546-1563  (111352-111369)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGAGCCGAACAAGACCGAAATCCAGACTCTTTTTAAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGAGCCGAACAAGACCGAAATCCAGACTCTTTTTAAGAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGCGCAGTTCCAACCAACAAG         GCCTGTTTCGACTGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 TCGCGCAGTTCCAACCAACAAGGTG...CAGGCCTGTTTCGACTGCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAAGAATCCGAGTTGGGCCAGCATCACGTACGGTGTTTTCTTGTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100239 CCAAGAATCCGAGTTGGGCCAGCATCACGTACGGTGTTTTCTTGTGCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTGTTCCGGGGTGCACCGCTCCCTGGGCGTCCATCTGAGCTTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100289 GACTGTTCCGGGGTGCACCGCTCCCTGGGCGTCCATCTGAGCTTCATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GTCCACAGAGTTGGATTCCAACTGGAACTGGTTCCAGCTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100339 GTA...CAGGTCCACAGAGTTGGATTCCAACTGGAACTGGTTCCAGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGTGTATGCAGGTCGGCGGGAATGCCAATGCG         ACGGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100972 GGTGTATGCAGGTCGGCGGGAATGCCAATGCGGTA...CAGACGGCTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTCGCCAACATGGATGCACAGCCAATGATGCCAACACCAAATATAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101550 TTTCGCCAACATGGATGCACAGCCAATGATGCCAACACCAAATATAATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGAGCTGCCCAGATGTACCGGGAGAAGATCCGGCAGCTGGGGAGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101600 CCGAGCTGCCCAGATGTACCGGGAGAAGATCCGGCAGCTGGGGAGTGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTGGCTAGGCATGGCACTGAT         CTTTGGATAGACAACATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101650 CCCTGGCTAGGCATGGCACTGATGTA...TAGCTTTGGATAGACAACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGTAGTGCCGTTCCTAATCACTCCCCAGAGAAGAAGGACTCTGATTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 AGTAGTGCCGTTCCTAATCACTCCCCAGAGAAGAAGGACTCTGATTTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACAGAACACACTCAA         CCCCCTGCCTGGGATGCGCCAGCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101824 CACAGAACACACTCAAGTG...CAGCCCCCTGCCTGGGATGCGCCAGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGAGCCTTCAGGGACCCAGCAGCCAGCCCCGTCTACAGAGAGCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103039 CTGAGCCTTCAGGGACCCAGCAGCCAGCCCCGTCTACAGAGAGCAGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGCAC         AGCCGGAGCATGGCCCCAACACAGACCTGCTTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103089 CTGGCACGTG...CAGAGCCGGAGCATGGCCCCAACACAGACCTGCTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CACCTCACCCAAAGCCTCACTGG         AACTGAAAAGCTCCATCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103406 CACCTCACCCAAAGCCTCACTGGGTC...CAGAACTGAAAAGCTCCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTGGCAAGAAGAAGCCAGCAGCAGCTAAGAAAGGG         CTGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104539 TTGGCAAGAAGAAGCCAGCAGCAGCTAAGAAAGGGGTA...CAGCTGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GCCAAGAAAGGCCTAGGGGCCCAGAAGGTGAGCAGCCAGAGCTTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105060 GCCAAGAAAGGCCTAGGGGCCCAGAAGGTGAGCAGCCAGAGCTTCAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GATTGAGCGGCAGGCTCAGGTGGCAGAGAAGCTCCGTGAGCAGCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105110 GATTGAGCGGCAGGCTCAGGTGGCAGAGAAGCTCCGTGAGCAGCAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCGATGCCAAGAAGCAGGCGGAGGAGTCCAT         GGTCGCCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105160 CCGATGCCAAGAAGCAGGCGGAGGAGTCCATGTA...AAGGGTCGCCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATGCGTCTGGCCTACCAGGAGCTCCAGATTGATCGTAAGAAAGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105307 ATGCGTCTGGCCTACCAGGAGCTCCAGATTGATCGTAAGAAAGAGGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAAGCTACAGAATCTGGAAGGGAAGAAGCGAGAGCAGGCAGAAAGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105357 GAAGCTACAGAATCTGGAAGGGAAGAAGCGAGAGCAGGCAGAAAGGTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCATGGGCTTGGTATCCCGAAG         CTCTGTCTCCCACTCCGTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105407 GCATGGGCTTGGTATCCCGAAGGTG...CAGCTCTGTCTCCCACTCCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTGTCTGAGATGCAGGTGATTGAGCAGGAAACCCCAGTGAGTGCAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108622 CTGTCTGAGATGCAGGTGATTGAGCAGGAAACCCCAGTGAGTGCAAAATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CTCTCGCTCGCAGCTGGACTTGTTTGACGATGTTGGTACTTTCGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108672 CTCTCGCTCGCAGCTGGACTTGTTTGACGATGTTGGTACTTTCGCCTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GACCCCCAAA         GTACAAGGACAATCCCTTTTCCTTAGGGGAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108722 GACCCCCAAAGTA...TAGGTACAAGGACAATCCCTTTTCCTTAGGGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AGCTTTGGCTCCCGCTGGGATACAGATGCTGCCTGGGGTATGGACAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108842 AGCTTTGGCTCCCGCTGGGATACAGATGCTGCCTGGGGTATGGACAGGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGAGGAGAAGGAGCCAGAAGTGACCATCTCAAGCATCCGGCCTATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108892 AGAGGAGAAGGAGCCAGAAGTGACCATCTCAAGCATCCGGCCTATTTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAAG         AGCCACAAACCGGAGGGAAGTGGAGAGCCGGAGCTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108942 AAAGGTA...CAGAGCCACAAACCGGAGGGAAGTGGAGAGCCGGAGCTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GGCCTCGAGTCTAGTGAGGCGCGTCAGAAATTCGCAGGAGCCAAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110005 GGCCTCGAGTCTAGTGAGGCGCGTCAGAAATTCGCAGGAGCCAAAGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTCATCTGACATGTTCTTTGGGCGGGAGGTGGATGCGGAG         T
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||>>>...>>>|
 110055 CTCATCTGACATGTTCTTTGGGCGGGAGGTGGATGCAGAGGTA...CAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 ATGAGGCCAGGTCTCGGCTGCAGCAGCTCTCAGGCAGCAGTGCCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110256 ATGAGGCCAGGTCTCGGCTGCAGCAGCTCTCAGGCAGCAGTGCCATCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TCTTCAGACCTCTTTGGGGACATGGATGGAGCTCACGGAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110306 TCTTCAGACCTCTTTGGGGACATGGATGGAGCTCACGGAGCAGGTA...C

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1427   GAAGTGTATCTCTGGGGAACGTGCTGCCTACAGCGGACATTGCCCAGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110466 AGGAAGTGTATCTCTGGGGAACGTGCTGCCTACAGCGGACATTGCCCAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TTAAGCAGGGTGTCAAGTCTGTGGCTGGGAAAATGGCTGTGCTGGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110516 TTAAGCAGGGTGTCAAGTCTGTGGCTGGGAAAATGGCTGTGCTGGCCAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1525 GGTGTGATGAATTCCTTGCAG         GATCGCTACGGTTCCTAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110566 GGTGTGATGAATTCCTTGCAGGTG...CAGGATCGCTACGGTTCCTAC