seq1 = pF1KE4035.tfa, 738 bp
seq2 = pF1KE4035/gi568815579f_8321841.tfa (gi568815579f:8321841_8538543), 216703 bp

>pF1KE4035 738
>gi568815579f:8321841_8538543 (Chr19)

1-176  (100001-100176)   99% ->
177-372  (104769-104964)   100% ->
373-582  (108818-109027)   100% ->
583-738  (116548-116703)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGACGGGTGACTGCTGCCACCTCCCCGGCTCCCTGTGTGACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGACGGGTGACTGCTGCCACCTCCCCGGCTCCCTGTGTGACTGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCAGCCCTGCCTTCTCCAAGGTCGTGGAGGCTACGGGCCTCGGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCAGCCCTGCCTTCTCCAAGGTCGTGGAGGCTACGGGCCTCGGACCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCAGTATGTGGCACAGGTGACTTCAAGGGATGGCCGGCTCCTCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCAGTATGTGGCACAGGTGACTTCAAGGGATGGCCGGCTCCTCTCCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCATCCGTACCTTGGACACACCGAG         TGATGGTCCTTTCTG
        ||||||||| ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100151 GTCATCCGTGCCTTGGACACACCGAGGTG...CAGTGATGGTCCTTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGATCTGCCATGAGGGAGCGAACGGGGAGTGCTTGCTGTCCCCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104784 CCGGATCTGCCATGAGGGAGCGAACGGGGAGTGCTTGCTGTCCCCGTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTGCACCGGCACGCTGGGTGCCGTGCATAAGAGCTGTCTGGAGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104834 GCTGCACCGGCACGCTGGGTGCCGTGCATAAGAGCTGTCTGGAGAAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTTCCTCATCTAACACCAGCTACTGCGAGCTGTGCCACACGGAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 CTTTCCTCATCTAACACCAGCTACTGCGAGCTGTGCCACACGGAGTTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTGGAGAAACGGCCTCGACCCCTCACAGAG         TGGCTGAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104934 AGTGGAGAAACGGCCTCGACCCCTCACAGAGGTA...CAGTGGCTGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCCGGGGCCGCGGACGGAGAAGCGGACACTGTGCTGCGACATGGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108828 ACCCGGGGCCGCGGACGGAGAAGCGGACACTGTGCTGCGACATGGTGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCCTGTTCATCACACCGCTGGCCGCCATCTCAGGCTGGTTGTGCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108878 TTCCTGTTCATCACACCGCTGGCCGCCATCTCAGGCTGGTTGTGCCTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGGGGCCCAGGACCACCTCCGGCTCCACAGCCAGCTGGAGGCCGTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108928 CGGGGCCCAGGACCACCTCCGGCTCCACAGCCAGCTGGAGGCCGTGGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCATTGCCCTCACCATCGCCCTCTTCACCATCTATGTCCTCTGGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108978 TCATTGCCCTCACCATCGCCCTCTTCACCATCTATGTCCTCTGGACGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583          GTCTCCTTCCGCTACCACTGCCAGCTGTACTCCGAGTGGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109028 GTG...CAGGTCTCCTTCCGCTACCACTGCCAGCTGTACTCCGAGTGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAAGACCAACCAGAAAGTTCGCCTGAAGATCCGGGAGGCGGACAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116589 AAAGACCAACCAGAAAGTTCGCCTGAAGATCCGGGAGGCGGACAGCCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGGCCCCCAGCATTCTCCACTGGCAGCTGGACTCCTGAAGAAGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116639 AGGGCCCCCAGCATTCTCCACTGGCAGCTGGACTCCTGAAGAAGGTGGCA

    750     .    :    .
    724 GAGGAGACACCAGTA
        |||||||||||||||
 116689 GAGGAGACACCAGTA