seq1 = pF1KE4033.tfa, 726 bp
seq2 = pF1KE4033/gi568815585f_27170945.tfa (gi568815585f:27170945_27373491), 202547 bp

>pF1KE4033 726
>gi568815585f:27170945_27373491 (Chr13)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-181  (100540-100596)   100% ->
182-261  (100695-100774)   100% ->
262-726  (102083-102547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCCGCTCAGCATGTCCGGGCACTTTCTGCTCGCACCCATCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCCGCTCAGCATGTCCGGGCACTTTCTGCTCGCACCCATCCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCTCCTCGGACTACCTACTGCCCAAGGACATCAAACTGGCGGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCTCCTCGGACTACCTACTGCCCAAGGACATCAAACTGGCGGTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCCGGCCGCGTGGGCAAGAGCG         CAATGATCGTGCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 GCGCCGGCCGCGTGGGCAAGAGCGGTG...CAGCAATGATCGTGCGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGACCAAGAGATTCATTGGAGACTATGAACCGAATACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100557 CTGACCAAGAGATTCATTGGAGACTATGAACCGAATACAGGTG...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGCTGTATTCACGGCTGGTCTATGTCGAGGGGGACCAGCTCTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100696 CAAGCTGTATTCACGGCTGGTCTATGTCGAGGGGGACCAGCTCTCCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATCCAGGATACTCCCGGGGGCGTCCAG         ATCCAAGACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100746 AGATCCAGGATACTCCCGGGGGCGTCCAGGTA...CAGATCCAAGACAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTCCCCCAGGTCGTCGATTCCCTGTCCAAATGCGTGCAGTGGGCCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102095 CTCCCCCAGGTCGTCGATTCCCTGTCCAAATGCGTGCAGTGGGCCGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTTCTGCTGGTCTATTCCATCACAGACTATGACAGCTACTTGTCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102145 TTTTCTGCTGGTCTATTCCATCACAGACTATGACAGCTACTTGTCCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GACCCCTTTATCAGCACATCCGGAAGGTCCACCCTGACTCTAAAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102195 GACCCCTTTATCAGCACATCCGGAAGGTCCACCCTGACTCTAAAGCCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCATCATCGTGGGCAACAAGGGGGACCTTTTGCATGCCCGGCAGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102245 GTCATCATCGTGGGCAACAAGGGGGACCTTTTGCATGCCCGGCAGGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACACAGGACGGTATTCAGCTAGCCAATGAGCTGGGCAGCCTGTTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102295 GACACAGGACGGTATTCAGCTAGCCAATGAGCTGGGCAGCCTGTTCCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAATTTCCACTAGCGAAAACTACGAAGATGTCTGTGATGTGTTTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102345 AAATTTCCACTAGCGAAAACTACGAAGATGTCTGTGATGTGTTTCAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCTGCAAAGAAGTGAGCAAGATGCACGGCCTCAGTGGGGAAAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102395 CTCTGCAAAGAAGTGAGCAAGATGCACGGCCTCAGTGGGGAAAGAAGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCCTCCATCATCCCTCGGCCCCGCTCTCCCAACATGCAGGACCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102445 AGCCTCCATCATCCCTCGGCCCCGCTCTCCCAACATGCAGGACCTGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GACGCTTCAAGCAGGCTCTGTCTCCCAAAGTCAAAGCCCCCTCTGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 GACGCTTCAAGCAGGCTCTGTCTCCCAAAGTCAAAGCCCCCTCTGCACTG

    750 
    724 GGG
        |||
 102545 GGG