seq1 = pF1KE4032.tfa, 726 bp
seq2 = pF1KE4032/gi568815591f_30185358.tfa (gi568815591f:30185358_30462431), 277074 bp

>pF1KE4032 726
>gi568815591f:30185358_30462431 (Chr7)

1-469  (100001-100469)   100% ->
470-565  (138285-138380)   100% ->
566-671  (170371-170476)   100% ->
672-726  (177020-177074)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGCCAAACAGAGCGGCCCGGCCGCCGCTAACGGCCGCACGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGCCAAACAGAGCGGCCCGGCCGCCGCTAACGGCCGCACGCGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACTCGGGCTCGGATCTACCTTCCAGTAGCAGCGGAGGCGCCAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTACTCGGGCTCGGATCTACCTTCCAGTAGCAGCGGAGGCGCCAATGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCGGGCGGCGGCGGGGGCGCTCGGGCCGCCGCCGCGGGGAGGTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCGGGCGGCGGCGGGGGCGCTCGGGCCGCCGCCGCGGGGAGGTTCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCAGGTGCCCAGCGCGCACCAGCCCAGCGCCTCCGGCGGCGCCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCAGGTGCCCAGCGCGCACCAGCCCAGCGCCTCCGGCGGCGCCGCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCGCGGCGGCCCCGGCAGCCCCGGCGGCCCCGCGCAGCCGCTCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCGCGGCGGCCCCGGCAGCCCCGGCGGCCCCGCGCAGCCGCTCCCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGGGCCGTGGGGAGCGTGGCGTCGGGGGCCCGCGCGGCGCAGTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGGGCCGTGGGGAGCGTGGCGTCGGGGGCCCGCGCGGCGCAGTCCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCAGCATCCCGAACAGCAGCAGCGGCCCGTACGGCTCGCAGGACTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCAGCATCCCGAACAGCAGCAGCGGCCCGTACGGCTCGCAGGACTCGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACAGCAGCCCTGAGGACGGCGGCGGCGGCCGGGACCGGCCGGTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACAGCAGCCCTGAGGACGGCGGCGGCGGCCGGGACCGGCCGGTGGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGAGCCCCGGCGGGCCGCGCCTGGTGATCGGCTCCTTACCAGCTCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGAGCCCCGGCGGGCCGCGCCTGGTGATCGGCTCCTTACCAGCTCACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCGCCGCACATGTTTGGAG         GATTTAAGTGCCCTGTATGCTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100451 TCGCCGCACATGTTTGGAGGTA...TAGGATTTAAGTGCCCTGTATGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAAATTTGTATCCTCAGATGAAATGGATTTGCATCTTGTAATGTGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138307 AAAATTTGTATCCTCAGATGAAATGGATTTGCATCTTGTAATGTGTTTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAAAGCCACGAATAACCTATAATG         AGGATGTACTGAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 138357 CAAAGCCACGAATAACCTATAATGGTA...CAGAGGATGTACTGAGTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATGCTGGGGAATGTGCAATATGCCTTGAAGAATTGCAGCAGGGAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170388 GATGCTGGGGAATGTGCAATATGCCTTGAAGAATTGCAGCAGGGAGATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TATAGCACGACTGCCTTGTCTATGCATATATCATAAAGG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 170438 TATAGCACGACTGCCTTGTCTATGCATATATCATAAAGGGTA...TAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCATAGATGAATGGTTTGAAGTAAATAGATCTTGCCCTGAGCACCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177022 GCATAGATGAATGGTTTGAAGTAAATAGATCTTGCCCTGAGCACCCTTCA

    750 
    724 GAT
        |||
 177072 GAT