seq1 = pF1KE4028.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KE4028/gi568815597r_155800391.tfa (gi568815597r:155800391_156010806), 210416 bp

>pF1KE4028 708
>gi568815597r:155800391_156010806 (Chr1)

(complement)

7-157  (100001-100151)   99% ->
158-214  (100301-100357)   100% ->
215-288  (106003-106076)   100% ->
289-480  (106305-106496)   99% ->
481-708  (110189-110416)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 AGGTGGCTTTTCCTCGGGGCAACCCAGGAAGGCCCCAAGAGGACAATGGA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGTGGCTTTTCCTCGGGGCAACCGAGGAAGGCCCCAAGAGGACAATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 TTCTGGAACTCGCCCAGTTGGTAGCTGCTGTAGCAGCCCCGCTGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGGAACTCGCCCAGTTGGTAGCTGCTGTAGCAGCCCCGCTGGGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 CACGGGAGTACAAACTAGTGATGCTGGGTGCTGGTGGTGTAGGGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACGGGAGTACAAACTAGTGATGCTGGGTGCTGGTGGTGTAGGGAAGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    157 G         CCATGACCATGCAGTTCATCAGCCACCGATTCCCAGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTA...AAGCCATGACCATGCAGTTCATCAGCCACCGATTCCCAGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 TCATGATCCCACCATTG         AAGATGCTTATAAGATCAGGATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100341 TCATGATCCCACCATTGGTA...TAGAAGATGCTTATAAGATCAGGATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239 GTATTGATGATGAGCCTGCCAATCTGGACATTTTGGATACAGCTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106027 GTATTGATGATGAGCCTGCCAATCTGGACATTTTGGATACAGCTGGACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289          GCAGAGTTTACAGCCATGCGGGACCAGTATATGAGGGCAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106077 GTA...TAGGCAGAGTTTACAGCCATGCGGGACCAGTATATGAGGGCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330 AGAAGGGTTTATCATCTGTTACTCTATCACGGATCGTCGAAGTTTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106346 AGAAGGGTTTATCATCTGTTACTCTATCACGGATCGTCGAAGTTTCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380 AAGTTCGTGAGTTCAAACAGCTTATTTATCGAGTCCGACGTACTGACGAT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106396 AAGTTCGTGAGTTTAAACAGCTTATTTATCGAGTCCGACGTACTGACGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 ACACCTGTGGTTCTTGTGGGAAACAAGTCAGACCTCAAACAGCTAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 ACACCTGTGGTTCTTGTGGGAAACAAGTCAGACCTCAAACAGCTAAGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 G         GTCACCAAGGAAGAAGGATTGGCCTTGGCCCGAGAATTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106496 GGTG...AAGGTCACCAAGGAAGAAGGATTGGCCTTGGCCCGAGAATTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521 GCTGTCCCTTTTTTGAGACATCTGCTGCATACCGCTACTATATTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110229 GCTGTCCCTTTTTTGAGACATCTGCTGCATACCGCTACTATATTGATGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571 GTTTTCCATGCCCTTGTACGGGAGATACGTAGGAAAGAAAAGGAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110279 GTTTTCCATGCCCTTGTACGGGAGATACGTAGGAAAGAAAAGGAGGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    621 ACTGGCCATGGAGAAAAAATCTAAGCCCAAAAACAGTGTATGGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110329 ACTGGCCATGGAGAAAAAATCTAAGCCCAAAAACAGTGTATGGAAGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .
    671 TAAAATCACCATTCCGGAAGAAGAAAGATTCAGTAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110379 TAAAATCACCATTCCGGAAGAAGAAAGATTCAGTAACT